为解决上述科学问题，中国科学院沈阳应用生态研究所通过采集从北到南三个地区（海伦，常熟，鹰潭）三种典型稻田土壤剖面（0-100cm），通过磷脂脂肪酸研究方法（PLFA），研究稻田土壤微生物生物量，多样性及种群结构随剖面的变化规律，进而阐明影响这种变化的主要环境因子。研究人员发现，土壤总微生物生物量和多样性随剖面显著降低，特别是0-40cm深度，但各主要微生物类群（细菌，真菌，放线菌，革兰氏阴性细菌，革兰氏阳性细菌）生物量随剖面的变化规律不同，细菌和真菌生物量在0-40cm深度显著降低，然后在40-100cm深度逐渐增加。而放线菌生物量的变化与真菌和细菌生物量的变化规律相反。随着深度的增加，革兰氏阳性细菌的比例增加，而革兰氏阴性细菌的比例减少。通过CCA和相关分析，发现地区和深度对稻田土壤微生物种群结构都有显著影响，且深度的影响较大，其中影响微生物种群结构深度变化的环境因子主要有土壤养分和含水量，而pH，海拔和气候是影响地区间微生物种群变化的主要环境因子。
该研究揭示了稻田土壤微生物生物量，多样性和种群结构随剖面的变化规律，阐明了影响微生物剖面分布格局的主要环境因子。相关研究丰富了土壤微生物生物地理学的理论知识，对今后农田土壤微生物功能研究具有一定指导意义。
该研究结果已发表在国际学术期刊GEODERMA (Li et al. Changes in the soil microbial phospholipid fatty acid profile with depth in three soil types of paddy fields in China. 2017 290: 69-74) 上。该研究得到了中国科学院战略性先导科技专项（B类）课题“ 典型农田土壤微生物分布格局与演替规律”的资助。
稻田土壤微生物生物量随剖面的变化规律
稻田土壤微生物多样性随剖面的变化规律
影响稻田土壤微生物种群结构的环境因子分析
