环境科学与工程学院成立于1995年，1996年获得环境科学学科硕士学位授予权，2000年获得环境科学学科博士学位授予权，2003年获得环境工程学科硕士学位授予权。学科点为国家“211工程”和交通部“十五”“十一五”期间重点建设学科，是辽宁省环境科学重点学科。 
    环境科学与工程学院下设环境工程系，拟建海洋资源与环境科学系，设有环境工程研究所、海洋环境工程技术研究所、交通环境工程技术研究所、小空间环境污染治理研究所、资源化与环境技术研究所。有环境工程、环境科学两个二级学科，包括海洋环境污染控制、海洋环境化学与生物、海洋环境监测、海洋环境评价、海洋环境管理与规划五个学术方向。学院拥有中国工程院院士一名及大批留学归国人员和海外专家学者，现有教师40人，其中博士生导师20人、副教授8人、兼职教授10人，在校生350人。目前承担国家自然科学基金重点项目、交通部重点科技项目、省重点攻关项目及省科技基金资助项目多项；还承担大型企业、集团委托的科技攻关项目。
    环境科学与工程学院充分发挥多学科的综合优势，以绿色交通和海洋环境保护为特色，积极推动和促进相关的基础研究和应用技术的发展，力争使科研教学水平在国内领先，并逐渐接近国际先进水平，学院愿与有志于海洋与环境事业的人才在大连海事大学环境科学与工程学院携手奋斗共创辉煌。