扬州大学农学院前身为江苏农学院，1992年与驻扬其它6所院校合并组建为扬州大学，更名扬州大学农学院。1998年8月，扬州大学按学科群重组二级学院，成立扬州大学农学院。该院办学历史悠久、师资力量雄厚、科研实力强大、研究生招生规模大。
　　
　　目前，该院设有农学、植物保护、园艺、食品科学和农业经济管理等5个系科，涉及4个学科门类、11个一级学科、22个二级学科。其中有省级重点学科4个，校级重点学科2个；有农业部重点开放实验室1个，江苏省重点实验室2个，研究与开发机构18个；有博士点、硕士点11个；有江苏省成教特色专业1个。
　　
　　该院现有教职工230人，其中教授33人，副教授71人，享受政府特殊津贴专家14人，国家级有突出贡献的中青年专家2人，省级有突出贡献的中青年专家4人，省“333”工程第一层次培养对象1人，省优秀学科带头人1人，省级跨世纪学术带头人3人，省优秀青年骨干教师4人；有省高校优秀学科梯队1个；有博士生导师14人，硕士生导师88人。全院目前承担着219名博士、硕士研究生、2600多名本科生与2000多名成教生的教学任务。学院为中国作物学会栽培研究委员会和中国银杏研究会的挂靠单位；与美国、日本、德国、菲律宾、澳大利亚、荷兰、泰国、香港等国家和地区建立了良好的合作关系。
　　
　　该院坚持以教学、科研为中心，坚持“科学研究必须面向经济建设”的方针，主动适应江苏经济建设和社会发展的需要，取得了教学、科研、科技开发推广等方面的显著成绩，促进了学校各项事业的发展。
　　
　　建院以来，学院教学教改工作取得了明显成效，现有省一类优秀课程2门，省二类优秀课程2门；先后取得各类教学成果奖20余项，承担国家、省和学校教研教改项目10多项；编著出版研究生教材近10部，其中由中国工程院院士卢良恕和农业部副部长刘坚作序的《作物群体质量》一书已被教育部研究生工作办公室推荐为全国研究生用书。
　　
　　改革开放以来，该院在作物耕作栽培、遗传育种、植物生理、植物保护、园艺、农产品加工、农业资源与环境、农业经济管理等领域的科学研究均取得了重要成果，先后培育出水稻新品种6个、玉米新品种4个、大麦新品种4个、蔬菜新品种21个、果树新品种2个，研制复配农药新品种28个，创立江苏粮经饲多元结构种植模式与轻型耕作栽培技术、作物叶龄模式、作物群体质量调控、水稻源库调控、水稻节水栽培、水稻抛秧、小麦产量生理调控、稻田套播麦、偏迟熟水稻北移、玉米乳苗栽培等100余项推动农业产业结构调整与大面积生产发展的重要成果。先后获国家级科技成果奖12项（其中国家进步二等奖以上项目6项），省部委级科技成果奖110余项（其中省部委级科技进步一、二等奖40余项）。目前，该院承担研究与发展项目200多项，其中国家“863”高技术、“948”计划、“973”计划、国家攻关、国家农业跨越计划、国家农业综合开发计划、国家自然科学基金项目等国家级项目30多项，省（部）级项目50多项。在作物遗传工程、高新技术育种、精确农业新技术、作物优质调控与农业生态环境保护等方面又获得重要新进展。
　　
　　学院办学始终能坚持联系我省农业生产实际，切实为农业发展服务。学院先后与响水、高邮两个县（市）结成对子，实行产学联合，共同进行农业资源的综合开发。在响水县的老舍、六套地区和高邮市的司徒乡建成了相对稳定的科技推广校外基地。在这两个基地上，学院先后与当地共同承担并圆满完成了江苏省第一、二、三期农业资源开发任务，目前正在进行第四期的开发工作。学院在形成响水、高邮两个重点基地的基础上，并加强了苏中、苏南地区基地的建设。以科技项目的开发与推广为纽带，与锡山、昆山、东台、泰州、灌云、灌南、洪泽、涟水等广大地区开展了形式多样、内容丰富的科技推广工作，与日本最大农药企业石原产业株式会社、姜堰明珠米厂、扬子江制药厂、高邮红太阳集团、泰州红旗良种场、盐城麦芽厂、临海农场、大中农场、方强农场等30多个大中型企业进行产、学、研合作发展研究，加速科技成果转化，提高办学效益，为地方的农业产业结构调整和经济发展起到了重要的促进作用。使农业面貌得到了改造，农业大幅度增产，农民素质不断提高，农民收入持续增长。以响水基地为例，根据第三期农业资源综合开发期结束时统计，实验区农业总产值、粮食总产量和农民收入比开发前分别增长189.5%、71.3%和393.6%.实验区连续荣获江苏省一、二、三期农业科技开发一等奖，被中央和省、市多家新闻单位报道，得到了国务院副总理李岚清的高度赞扬和充分肯定。