南京中医药大学中医药研究院是南京中医药大学设立的从事中医药研究的专职科研机构。该院以中药新药开发、中医内科急难症与中医药文献为主要研究方向，拥有4个研究所和1个研究中心，即中医文献研究所、中医内科急难症研究所、中药研究所、药用菌与中药生物技术研究所、基础医学实验中心。设有3个文献研究室、一个国家级中药药理规范化实验室和多个功能实验室，以及资料室、微机室。配备有数百万元的精密仪器设备和2万余册图书资料。全院有正高职称9人，副高职称18人，1/3的人员具有硕士、博士学位，既有以周仲瑛、宋立人等教授为学科带头人的著名中医药学专家，又有一大批在科研、教学、临床等方面能独挡一面的中青年学术骨干，有2人被遴选为国家新药评审委员会委员。是一个具备技术力量强，仪器设备精，人员素质高的临床、药学、基础医学、大型中医药工具书编纂等综合科学研究机构。

　　中医药研究院近几年来共承担省级以上科研课题40余项，出版专著30余部，科研成果先后获得国家科技进步奖3项、国家中医药管理局科技进步二等奖、江苏省科技进步二等奖多项。主编的《中华本草》作为国家中医药管理局重大科研课题，被卫生部列为向国庆50周年献礼的重大成果之一，并在人民大会堂举行隆重的出版发行座谈会，李鹏委员长亲笔为此题词为：本草大成，利泽千秋，造福人类。2000余万字的《中医方剂大辞典》也已面世，获得了国家中医药管理局科技进步一等奖。

　　中医药研究院作为卫生部南京中医药大学临床药理基地任务的承担部门之一，近年来接受了卫生部下达的4个中药新药的Ⅱ期临床试验的牵头负责工作；在短短几年内研制新药5种，如抗肝癌一类中药新药金克槐耳冲剂及槐耳菌质等。

　　中医药研究院在做好科研工作的同时，还为中医药学的发展培养了一大批博士后、博士、硕士中医药高级专门人才。该院现有博士、硕士学位点各4个，为中医药的发展和培养人才作出了贡献。