南京中医药大学第二临床医学院以培养针灸推拿、中医美容、运动医疗保健、营养与食疗、中西医结合康复等方面的专门人才为主要方向，设有针灸基础、针灸临床、推拿、实验针灸学、中医美容、养生康复教研室和针灸研究室、教学实验中心，以及针灸研究所、气功研究所等机构，并为国家职业技能鉴定所挂靠单位。针灸学科先后被评为国家教育委员会、国家中医管理局、江苏省重点学科及江苏省重点实验室。本院是全国针灸进修教育基地和国际针灸培训中心的教学单位，并为针灸推拿专业的博士点、硕士点及博士后流动站。多年来为国内外培养了大批针灸专业本科生、研究生（硕士生、博士生）等各层次针灸、推拿及养生康复专业人才。

　　第二临床医学院是集教学、科研和医疗为一体的教学单位，具有较为雄厚的教学实力。主要承担全校针灸推拿、中医美容、运动医疗保健、营养与食疗、中西医结合康复等专业课程的教学工作，并有自己的临床教学实习基地。数十年来，教学成果累累，为我国第一至第五版统编教材《针灸学》的主编单位，规划教材《刺法灸法学》、《推拿手法学》以及新世纪规划教材《针灸治疗学》、《实验针灸学》、《中医养生学》、《推拿手法学》的主编单位和副主编单位。《针灸学》和《刺法灸法学》课程为江苏省级优秀课程，《实验针灸学》和《养生康复概论》为校级优秀课程。《针灸学》课程群获江苏省优秀课程群称号，《推拿学》获校优秀课程群称号。针灸研究所下设分子生物学研究室、电生理研究室、组织形态研究室、生物化学研究室、同位素室和针灸临床研究室等，具有较为完备的研究设施，承担多项国家级、省级科研课题，是省内最大的针灸研究机构。

　　多年来第二临床医学院以针灸重点学科为笼头，不断拓宽专业方向，在人材培养、教材建设、师资培养、文献整理、临床医疗、科学研究及外事教学等方面做出了显著成绩，处于国际、国内的领先地位。