2020年4月30日发布的2020自然指数年度榜单（Nature Index 2020 annual tables）显示，南京大学位居全球科研机构第13位、全球高校第9位、中国高校第4位，调整后的贡献份额增长幅度在全球前20高校中列第6位。

在化学领域，南京大学位列全球高校第2位，也是中国高校第2位。

在地球与环境科学领域，南京大学位列全球高校第2位，中国高校第1位。

在物理领域，南京大学列全球高校第11位，中国高校第5位。