计算机工程学院办学历史悠久，已为社会培养了4000余名各层次毕业生。目前计算机工程学院设有计算机科学与技术和电子信息科学与技术等两个专业，其中计算机科学与技术专业是南京工程学院的特色专业，现设有 “网络技术”、“多媒体技术”、“软件工程”、“计算机应用”、“嵌入式系统” 、“软件测试”和“信息安全”等多个专业方向，在校本科生1500余人。2005年，“计算机科学与技术专业主动适应市场需求的人才培养模式的探索与实践”获江苏省高等教育教学成果二等奖。计算机工程学院现有教师50余人，学术梯队结构合理，教学质量过硬。高级职称的教师14人，具有博士、硕士学历的教师占教师总数的71%，院学术带头人1人，院中青年优秀骨干教师4人，江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师4人。计算机工程学院各专业实践教学体系完整，设施先进。近年来，本院先后建成了江苏省示范性基础实验中心——“计算机基础与应用实验中心”和极具工程应用特色的网络技术综合、软件工程、系统结构与设计、媒体技术、EDA/SOPC、DSP和信号传输与处理等专业实验室等；和多家IT企业签订了实习基地协议，建立了长期友好合作关系，使本院学生具有了良好的工程实验和实训条件。计算机工程学院的人才培养目标为：培养适应社会经济发展需要的，知识、能力、素质协调发展，理论联系实际，富有创新精神的计算机和电子信息方面综合素质高、实践能力强、面向生产、管理、经营和服务的应用型高级专门人才。在“加强基础、强化应用、软硬结合、办出特色”的人才培养思想指导下，强调人才培养要实现“三个适应”，形成“三种能力”，即适应社会主义市场经济的需要，适应江苏省及长江三角洲经济建设和社会发展的需要，适应计算机技术快速发展的需要，形成较强的适应能力、竞争能力、自学和创新能力。在人才培养方案的制定过程中，强调以教学为主，融工程实践和人文素质为一体，汲取国内外同类应用型高校的先进办学经验，注重计算机技术和电子信息技术与工程实际相结合，以培养工程实践能力为办学特色，以市场需求和提高毕业生的市场竞争力为导向，实施工程应用型高级人才培养方案。计算机工程学院十分注重开展多渠道、多层次、多形式的国际交流与合作。与国内外IT培训认证机构开展合作，实现了部分课程转换，既取得学分，又取得认证证书，学生的竞争力明显提高；与爱尔兰、英国和新加坡等国的多所国际知名大学建立了交流合作关系。计算机工程学院在注重培养学生工程应用能力的同时，还着重注意提高学生的综合素质，提高学生的事业心和主人翁责任感。毕业生理论基础扎实、工程实践能力强、勤奋踏实作风硬、综合素质全面发展。毕业生走上社会后，受到普遍欢迎和好评，就业率名列前茅。