本实验室前身为“中国科学院湖泊沉积与环境开放实验室”，于1991年经中国科学院批准建立，2006年经国家科技部批准，在原实验室的基础上，筹建“湖泊与环境国家重点实验室”，2009年通过科技部组织的实验室验收，正式成立。
【总体定位】
实验室以探索自然与人文要素驱动下湖泊系统过程及各要素相互作用规律为基础，重点在湖泊形成与演化、湖泊水文与水资源、湖泊生物与生态、湖泊环境与工程、湖泊—流域相互作用与调控五个领域开展前瞻性基础研究与应用基础研究，揭示湖泊环境演变规律，发展湖泊污染治理和生态修复的原理与技术，建立湖泊—流域综合管理的理论与方法。努力将实验室建成学科综合优势显著、特色鲜明、满足解决国家重大生态问题迫切需求的实验室，并建立建成国家知识创新体系中不可替代的国际著名湖泊科学综合研究基地、国家湖泊资源利用与环境治理技术研究中心和湖泊科学研究的一流人才培养基地。
【总体研究目标】
针对现阶段保障湖泊水安全和维系区域生态安全为核心的国家紧迫需求和国际湖泊科学发展方向，实验室以探索自然与人文要素驱动下湖泊环境与生态演变过程及各要素相互作用规律为基础，开展湖泊环境演变规律与驱动机制的基础研究与应用基础研究，发展湖泊水量调控、湖泊污染治理和生态修复的原理与技术，建立湖泊-流域综合管理的理论与方法体系。
【研究方向】
实验室的研究方向包括以下五个方面：
湖泊形成与演化 探索湖泊形成演化过程与驱动要素，研究湖泊沉积与环境演化历史，量化自然因素变化和人类活动对湖泊环境的影响，并进而开展湖泊环境变化模拟与趋势预测，提取环境突变生态转型的早期信号，为湖泊生态安全预警服务。
湖泊水文与水资源 研究湖泊水文动力过程与环境效应，阐明自然和人类活动驱动下的湖泊水循环与水量平衡规律，量化湖泊生态需水量，优化水资源配置，为区域水资源合理利用和调控提供依据。
湖泊生物与生态 研究湖泊生态系统结构与功能演变的基本规律及其在环境干扰下的灾变效应，湖泊生态修复及维持生态系统稳定的原理与技术和湖泊生态系统对全球变化的响应。
湖泊环境与工程 研究湖泊主要污染物在水-土-生介质及界面的分布、迁移、转化以及归趋的行为与机制，围绕湖河水质改善和生态修复目标，重点研发藻类和底泥污染末端控制及其资源化、突发污染事件的应急处置，以及入湖口和湿地生物适应性修复等共性与关键技术。
湖泊-流域相互作用与调控 研究湖泊-流域相互作用的过程、机制与效应，阐明湖泊功能演变特征与趋势，提出湖泊可持续利用模式和保护策略，发展流域综合管理的理论与方法，为湖泊-流域可持续发展提供决策支持。
产污环节
根据以上实验室研究内容分析可知，本实验室涉及到的主要产污环节如下：
(1) 废气：配制实验溶液时产生少量废气，主要污染物为酸雾及挥发性气体
(2) 废水：项目产生的废水主要为实验废水
(3) 噪声：实验室风机、设备运转产生的噪声
(4) 固体废弃物：实验过程中产生的固体废弃物
污染物产生、治理及排放情况
(1) 废气实验室检测化验、配制溶液时产生少量废气，主要污染物为酸雾及挥发性气体，其中大部分通过实验室通风柜、塑料管道等经风机抽至屋顶排空。排气口朝上，并配有防雨顶。通风机柜设于顶楼风机房内，单机风量1500m3/h，共有4台（套）通风系统，排放速率和排放浓度均满足《大气污染物综合排放标准》（GB16297-1996）二级标准。
(2) 废水产生的废水主要为1.清洗废水：实验室使用自来水和纯水，自来水主要用来清洗实验室和实验器具，纯水主要用来配制溶液、稀释溶液和清洗实验器具。出水达到《污水综合排放标准》（GB8978-1996）三级排放标准。2.废液一般为酸碱废液，一般酸碱废液由实验室收集，经中和处理后归集到25L塑料桶储存在所废弃物临时储存库，最后集中交有资质处置的单位进行处理。
(3) 噪声生产的噪声主要是实验室风机、设备运转产生的噪声，其噪声源强约为65～75 dB（A）；所有噪声设备设置在室内，经屏蔽、距离衰减和滤化作用，边界噪声可以达到GB12348-90《工业企业厂界噪声标准》2类区昼间60dB（A）和夜间50 dB（A）标准要求。
(4) 固体废弃物：实验室做实验产生的极少量残渣、消耗或破损的实验用品、空试剂瓶、塑胶手套、滤纸，废气处理装置的活性炭和失效碱液，实验室活动中产生的废物，按照类别分别置于符合国家有关环境保护要求的专用包装物、容器内，最后集中交有资质处置的单位进行处理。
危险化学品仓库
固体废物桶
危险废弃物储存库
