经济学院是南京审计学院重要的基础学科聚集地。经济学院的设立体现了“以经济学为基础，以管理学为主体，经、管、法、文、理、工相互支撑”的学科发展思路。现设有经济学（创新人才基地班）、国际经济与贸易学、财政学和税务四个本科专业。现有一个国家特色专业建设点――财政学专业，两个省级重点建设学科――国民经济学和政治经济学，两个省级特色专业――财政学专业和国际经济与贸易学专业，一个校级重点建设学科――财政学。依托经济学院设有一个校级研究机构――国民经济研究所，三个内设研究机构――财政与税收经济研究所、经济发展研究中心、分工与超边际研究所。
2009年，经济学院两大学科――理论经济学和应用经济学被国务院学位办列为硕士研究生授权建设学科，2011年7月顺利通过江苏省学位办的中期检查验收。届时，两大学科将会有八个方向具有硕士研究生招生资格，这些方向分别为：社会主义市场经济运行、马克思主义经济理论与应用、分工—交易与超边际经济分析、经济发展理论与中国经济发展、国民经济宏观调控、国际贸易理论与政策、财政理论与政策、产业经济理论与政策。

　　经济学院现有全日制本科生1746人。师资力量雄厚，现有专任教师73人，其中：教授17人、副教授30人、博士(含在读)55人；有42人次先后获得不同层次的殊荣，其中：1人为国务院特殊津贴专家，1人为部级有突出贡献的中青年专家，1人为教育部经济学教学指导委员会专家委员，4人为江苏省“333工程”培养人选，3人为江苏省普通高校“青蓝工程”学术带头人选。近年来，全院教师出版著作教材27部，发表论文470篇，完成国家级、省部级科研课题近50项，获得各类科研和教学奖90余项。