为配合“国家级大学生创新创业训练计划”，发挥中科院优质教科资源在本科生培养中的作用，中科院自2015年起实施“中国科学院大学生创新实践训练计划”（简称“科创计划”）。南京土壤所根据项目精神，结合研究所科教融合总体部署，制定了“科创计划”实施方案。通过在导师中大力宣传，积极引导，征集研究方向，再根据专业领域、学科布局等确定发布研究方向10个左右，资助全国高校优秀本科学生约30名到研究所开展6-12月的科研创新实践活动。研究生部积极推进受理项目的申报，组织评审、项目实施与验收等工作。通过两年的实施，参与科创计划的学生得到了锻炼，对该项训练计划给予较高的评价，认为不仅了解接触了中科院高端的研究平台，亲身体验了科研工作的艰苦和严谨，对科研工作有了切身感悟，更重要的是受到指导老师和工作人员科学精神的感召教育，培养了自己的责任心、克服困难的决心和毅力，获得了宝贵的精神财富。
“科创计划”是中科院与教育部2012年联合制定的《科教结合协同育人行动计划》中的一项。近年来，南京土壤所积极推进科教融合计划的实施，扎实开展科研实践计划、大学生夏令营、联合培养大学生、大学生奖学金、科苑学者进中学等多项工作，取得了较好的效果。
