ESI全球前1%学科是针对22个专业领域，通过计算过去10年的论文数、引文数、篇均被引频次等指标，对国家/地区、科研机构和科学家的学术水平进行全面衡量评选出来的。ESI全球排名前1%学科数量是反映科研机构创新能力、学术声誉和国际影响力的重要指标，被世界大学学科排行榜、教育部学科评估等普遍采用。我所“农业科学”和“环境科学与生态学”2个学科进入全球前1%行列是研究所过去10年来优化调整学科布局、加强学科建设、大力提升创新能力与核心竞争力的重要成果。
自进入并实施中科院知识创新工程以来，研究所提出了“以湿地生态环境和区域农业生态为重点研究领域，形成基于地表系统过程的湿地科学和农业生态学自主创新体系，全面提升为国家生态安全、粮食安全以及东北区域可持续发展提供理论基础和技术支撑的能力，将研究所建成具有国际先进水平的国家湿地科学研究中心、东北区域农业研究中心和东北亚区域地理研究中心，建成特色鲜明的地理学与农业生态学人才培养基地”的发展目标，并顺利完成创新二期任务。
2008年，我所根据国际科学前沿和国家重大科技需求，审时度势，前瞻布局，对主要学科领域进行战略调整，提出“以解决国家粮食安全、生态安全和区域可持续发展中的重大科技问题为主要目标，将区域农业作为优先发展的重点领域，强化湿地科学领域在国内的优势地位，加强区域环境研究，提高遥感与地理信息技术的支撑能力，提升区域发展的决策咨询能力”的创新发展思路。随后，研究所所确立了新的发展定位“重点开展农业生态、湿地生态、遥感与地理信息、环境与区域发展等学科领域研究，为保障国家粮食安全、区域生态安全和东北老工业基地振兴做出基础性、战略性和前瞻性贡献”，制定了“十二五”期间两项重大突破和四项重点培育的“一二四”发展战略实施方案，学科更加凝练、目标更加明确。到“十二五”结束，我所顺利完成“一二四”发展规划全部任务目标，研究所进入新的发展阶段。
2015年，研究所启动实施中科院“率先行动”计划农业领域特色研究所，并开启了“面向创新2020”的“十三五”时期“一三五”发展战略规划，结合服务于国家现代农业和生态文明建设的“特色研究所”目标任务，制定了三个重大突破和五个重点培育的战略任务，发展方向更加清晰，任务更加精准，可操作性更强。2018年，特色研究所试点工作以优异的成绩通过院里考核，“一三五”规划任务正在稳步推进。特色研究所建设以来，我所进一步聚焦目标，学科发展取得长足进步，提升了支撑国家粮食安全、生态安全和区域可持续发展的能力。
近10年来，我所学科建设与创新成果培育取得显著成效。目前研究所拥有地理学、生态学、环境科学与工程、农业资源与环境、作物学5个一级学科博士与硕士学位授权点；建有作物分子设计育种国家地方联合工程中心、中国科学院和国家林草局联合共建的国家湿地研究中心、中科院湿地生态与环境重点实验室、中科院黑土区农业生态重点实验室和中科院大豆分子设计育种重点实验室；承担国家“973”计划项目、国家科技支撑计划项目、国家重点研发计划项目、国家科技基础性工作专项等项目10项，国家自然科学基金年均40项，科研经费从“十一五”期间的年均4400万元跃升到目前年均2亿元以上；在Nature, Science, Nature Genetic, PNAS, the Plant Cell等国际著名期刊发表研究论文，SCI论文数从“十一五”期间的年均75篇增加到目前的年均300篇，一区二区论文约占40%；第一单位获得国家科技进步二等奖2项、省部级一等奖17项；研究所的核心竞争力和创新能力得到极大加强。
“农业科学”和“环境科学与生态学”进入全球前1%行列标志着我所的这两个学科已进入国际高水平学科行列，实现了我所学科建设的历史性突破，是我所学科建设和科学研究重大进展的标志性成果，具有里程碑的意义。我所将继续聚焦农业科学、环境科学与生态学等学科的国际前沿，汇聚优质资源，巩固加强基础学科，重点建设优势学科，为建设国内一流、国际上有重要影响、具有鲜明学科与区域特色、不可替代的地学与农学交融的综合性研究机构奠定坚实的学科基础。
