有机化学是化学学科中极其重要的二级学科。1952年在全国高校院系调整中，经一大批老一辈化学家的艰苦努力，吉林大学成立了化学系，化学系内设置了有机化学教研室。自2000年新吉林大学成立以来，随着化学学院的建立，在原有机化学教研室的基础上组建了有机化学系和有机化学研究所。有机化学学科经过五十年的发展，目前在科研方面已建成涵盖有机化学所有研究方向的从基础研究到应用开发、从材料科学到生命科学、从国家及省部委纵向课题到与企业合作横向课题的完整的科研体系。1993年，有机化学学科被批准为博士学位授权点，1994年被评为吉林省重点学科。

　　有机化学学科现有教授11人，其中博士生导师9人；副教授1人；讲师6人；工程师3人；助理工程师1人。在科研梯队建设方面，本着在研究中培养人才、在实践中锻炼人才、在教学中塑造人才的崭新的理念，成功地实现了新老交替，使一批年轻的学术带头人脱颖而出。

　　研究方向包括：⑴以茂金属和后过渡金属催化剂设计、合成及均相催化研究为主的金属有机化学。⑵以不对称合成、新型纳米材料及非线性光学材料合成为主的有机合成化学；⑶以东北天然动植物资源中有效成分分离鉴定为主的天然有机化学和有机分析化学。⑷以新药开发为目标的组合化学。⑸以生物抗氧化剂抑制自由基机理研究为主的物理有机化学。⑹以农药合成、精细化学品的合成及工艺研究为主的应用有机化学研究等等。

　　有机化学学科的科研方向在基础研究方面瞄准国际前沿课题，取得了一大批具有影响的科研成果，获得了多项国家及省部级奖励，近年来发表了近百篇SCI论文，许多研究论文发表在国际著名学术杂志上。在应用开发方面直接面向化工生产，课题从生产一线来，成果到生产一线去，将研究和生产紧密结合，有的放矢地开发，与有关化工生产企业建立了长期的合作关系，形成了产学研一体的化工项目开发体系，大大加快了科研成果转化为生产力的步伐。

　　在人才培养方面，有机化学学科已建成从本科生、硕士研究生到博士研究生一整套的人才培养体系，并建成博士后科研流动站，为国内外高级研究人员提供了良好的科研软环境及科研硬件设施。作为日常教学活动，有机化学学科承担着化学学院本科生、研究生的基础教学和实验教学任务，所承担的本科生课程包括了基础有机化学、有机化学实验、有机分析化学、中级化学实验有机化学部分；承担的研究生课程为高等有机化学、有机合成化学、立体化学等等，目前在读博士研究生35人，硕士研究生70人。

　　随着市场经济的建立和发展，有机化学学科的发展前景将越来越广阔，有机化学家将大有用武之地。展望未来，有机化学学科的发展建设目标是：在5～10年内，在省级重点学科的基础上，努力将学科建设成为国家级重点学科，成为国内一流、国际知名的高水平有机化学学科教学和科研基地。