医学院创建于1958年，是井冈山大学最早设置的教学学院之一。学院现设基础医学部、临床医学系、中医学系、口腔医学系、药学系和公共卫生系，现有药学、临床医学、中医学、口腔医学、预防医学等五个本科专业，全日制在校学生1800余人，来自全国30个省市自治区。另有临床医学专业留学生255余人。学院师资力量雄厚，全院教职工133人，其中博士12人，在读博士2人，硕士39人，在读硕士17人；正高职称20人，副高职称42人，其中省级名师1人，省中青年骨干教师6人，省“百千万人才工程”1人，校级学术带头人5人，兼职硕士研究生导师3人。聘请了日本昭和大学齿学部新谷悟教授、加拿大西安大略大学医学院博士生导师闵卫平教授、悉尼大学医学院病理系博士生导师包士三教授、英国伦敦大学儿童健康研究所柯遐义博士等人为客座教授，聘请了同济大学医学院党委书记姜成华教授、同济大学研究生院副院长康九红教授为兼职教授。

　　学院教学科研实力雄厚，现有省级教学团队1个（临床医学专业基础课程教学团队）、省级双语教学示范课程1门（系统解剖学）、校级基础教学实验示范中心1个（基础医学实验教学示范中心），校级精品课程群2个（系统解剖学等课程群和预防医学等课程群），校级精品课程4个（生理学、病理生理学、病理学和中医诊断学），校级教学团队1个（系统解剖学课程群教学团队），校双语教学示范课程2门（系统解剖学和中医诊断学），学生创新实验项目8项，设有基础医学实验中心、临床医学综合实验室、药学综合实验室、口腔医学综合实验室、预防医学综合实验室、中医综合实验室和中医中药标本陈列室、解剖标本陈列室、中草药植物园等教学平台；现有江西省医学领先学科建设计划1个（循证医学），校重点建设一级学科1个（临床医学），校重点二级学科1个（循证医学），校重点建设二级学科4个（内科学、外科学、病理与生理学、生药学），校一般扶持学科3个（流行病与卫生统计学、法医学、肿瘤学）；拥有中国循证教育部网上合作研究井冈山大学分中心、吉安市医药生物技术重点实验室、吉安市医疗纠纷争议尸验中心、井冈山大学神经退行性疾病与衰老研究中心和井冈山大学实验动物中心等教学科研平台，为进行医药学各领域研究搭建了良好平台；近3年来获国家自然科学基金3项，国家科技支撑计划课题子课题2项，省部级科研项目40余项，市厅级科研项目100余项，获批科研经费600余万元；装备了激光扫描共聚焦显微镜、离子荧光成像系统、多色多通道实时定量PCR仪、生物安全柜、气相色谱仪、凝胶成像分析系统、微型台式高速冷冻离心机等一批供科研、教学使用的仪器设备，总价值1000余万元。

　　附属医院为三等甲级医院，设备精良，技术力量雄厚。教学医院、实习医院80余所，总床位数26000余张。

　　学院注重学生综合素质和科研创新能力的培养，引导学生自主申报大学生创新实验项目和参与教师科研项目，使学生在主持或参与科研项目过程中经受科学思想、科学态度、科学方法的系统训练，提高学生创新能力，成功获批井冈大学大学生创新实验项目8项，并均圆满完成研究任务。

　　学院非常注重与国内外知名高校和科研院所进行合作交流，特别是与同济大学医学院，中国医学科学院在教学科研等方面建立了广泛而深入的合作，并取得了很好的成效。如自2010年来，同济大学对口支援井冈山大学联合培养本科生，药学专业优秀学生到中国医学科学院药物研究所实习及完成毕业论文等等。目前正在积极与英国伦敦城市大学生命科学院洽谈药学专业中外合作办学项目。

　　学院高度重视学生考研工作，积极鼓励和支持学生报考研究生，尽力为学生考研提供条件。每年邀请专家举办考研新政策剖析专题讲座，开展大学生励志报告会，邀请心理专家帮助考研同学调整考研心态，举办考研经验交流会。学院考研工作成效显著，2011年被学校评为考研先进单位，近三年共有近百名学生考取了同济大学、北京大学、南方医科大学、中南大学、中山大学、天津中医药大学、福建医科大学、广州医学院、广东医学院、南昌大学等国内著名院校和科研单位。毕业生专业功底扎实，动手能力强，受到用人单位的普遍好评。2011届临床专业学生在第二届全国医学院校临床技能大赛（华东区）中获三等奖。