体育系始建于1975年，2009年11月牡丹江师范学院体育系更名为体育科学学院。 1977年开始招收本科生。现有教职员工55人，其中专任教师42人，硕士研究生导师13人，教授10人，副教授17人，博士1人，在读博士1人，硕士15人，在读8人。学院下设体育系、社会体育系、公共体育教学部。本科在校生467人。2005年体育教育训练学学科获得学校首批硕士学位授予权，2007年开始招生，在校研究生67人。

　　学院设有运动解剖、运动生理、运动生物化学、运动心理、运动生物力学、保健康复等7个实验室；拥有标准的塑胶田径场、标准室外篮球场、足球场、排球场、网球场等，有容纳1600人的篮球、排球、羽毛球综合馆；50米标准的游泳馆；1000平方米的体操馆；600平方米的乒乓球馆；300平方米的健美操室。

　　30多年来，体育科学学院不断深化教育教学改革，在专业、课程、实验室、师资队伍、教材、基地建设等方面潜心研究与实践，成效显著。其中，体操评为省级重点课程，体育教育专业评为院重点专业，田径、大学体育评为校精品课，篮球课评为优秀课。体育教育训练学二级学科被评为校重点建设学科，体育学一级学科评为校重点培养建设学科。

　　近三年发表论文多篇，出版专著和教材部，获省部级奖励项，省部级立项项。

　　30多年来，先后为国家培养了近4000余名体育人才，受到省内外用人单位的普遍欢迎和好评。近年来，毕业生考取研究生的比例逐年增多。