学校现有21个学院，36个科研所和研究中心。有应用经济学、工商管理、中药学3个博士一级学科，涵盖食品科学等16个二级学科博士点。有应用经济学、管理科学与工程、工商管理、公共管理、法学、中药学、药学、海洋科学、机械工程、环境科学与工程、食品科学与工程11个硕士一级学科，涵盖57个二级学科硕士点。有工程硕士、工商管理硕士（MBA）、公共管理硕士（MPA）、会计硕士（MPAcc）、旅游管理硕士（MTA）、中药学硕士、国际商务硕士、资产评估硕士、税务硕士9种硕士专业学位，其中工程硕士设有机械工程、食品工程、制药工程、动力工程、计算机技术、项目管理6个工程领域。隶属经济学、管理学、工学、法学、医学、理学、农学七个学科门类。拥有1个博士后科研流动站（药物研究所）和2个博士后科研工作站（药物研究所、东北亚服务外包研究中心）；1个教育部天然抗肿瘤药物工程研究中心；机械设计制造及其自动化、会计学、商品学、制药工程、食品科学与工程、经济学等6个国家特色专业；省级工程研究中心2个；2个省级重点实验室（食品科学与工程、抗肿瘤药物）；3个省普通高校重点实验室（食品科学与工程、抗肿瘤药物、包装科学与工程技术）；1个国家级实验教学示范中心（经管综合实践中心）；5个省级实验教学示范中心；第三产业发展与创新、产业经济学、食品科学、中药学、企业管理、会计学、财政学、国际贸易学、机械设计及理论（农产品加工技术及装备）、管理科学与工程（物流与供应链管理）10个省级重点学科；旅游管理、商品学、会计学、工商管理、机械设计制造及其自动化、财政学、经济学、制药工程、食品科学与工程、包装工程10个省级重点专业。1个黑龙江省哲学社会科学重点研究基地（财政与税务研究基地）；3个黑龙江省教育厅人文社会科学重点研究基地（市场与流通经济研究中心、法经济学研究中心、现代商品流通研究中心）。