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哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院研究生导师简介-宁尚伟

哈尔滨医科大学 [db:出处]/2016-02-28

>副教授 姓  名: 宁尚伟 部  门: 生物信息学教研室 职  称: 副教授 学  历: 博士研究生 职  务: 办公电话: 0451-86650721-17 办公地址: 分子生物学馆101室 Email: ningsw(at)ems.hrbmu.edu.cn 主要研究方向: 复杂疾病相关的非编码RNA研究 个人简介   宁尚伟,博士、副教授,临床医学博士后。2003年哈尔滨医科大学首届生物信息学专业本科生,2013年获哈尔滨医科大学生物物理学博士学位。2013年晋升为讲师,2014年破格晋升为副教授。发表SCI论文20余篇,累计影响因子超过70,近期研究成果连续发表在《Nucleic Acids Research》(SCI影响因子:8.808)、《European Journal of Human Genetics》(SCI影响因子:4.319)、《PLoS One》(SCI影响因子:3.534)、《BMC Bioinformatics》等杂志上。目前主持国家自然科学基金青年项目、中国博士后基金面上项目、黑龙江省博士后基金面上项目等多项课题的研究工作。   自2008年起师从李霞教授从事生物信息学领域的学习和研究工作,主要研究方向为人类复杂疾病相关的非编码RNA识别、microRNA和lncRNA相关遗传多态研究、非编码RNA相关生物网络的构建以及生物信息学平台和软件开发等。目前已开发了8个生物学软件和数据库,其中,LincSNP数据库发表后迅速被评为“highly accessed”文章,受到国际著名期刊的多次引用和评论,包括《Nature Reviews Endocrinology》、《Oncogene》、《Nucleic Acids Research》等。2014年受邀在“第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会”上作专题报告,并获优秀报告一等奖。   教育经历: 2008/09-2013/06,哈医大生物信息学院,博士(导师:李霞,硕博连读) 2003/09-2008/06,哈尔滨医科大学,生物信息科学与技术学院,学士   工作经历: 2014/09-至今,哈尔滨医科大学,生物信息科学与技术学院,副教授 2013/07-2014/09,哈尔滨医科大学,生物信息科学与技术学院,讲师   主持及参加的科研项目: 1、国家自然科学基金青年项目,31401090、恶性肿瘤风险lncRNA多态位点识别及其功能注释研究、2015/01-2017/12、24万元、在研、主持。 2、中国博士后基金面上项目, 2015M571432、长链非编码RNA多态性在恶性肿瘤转移中的功能研究、2016/01-2017/12、5万元、在研、主持。 3、黑龙江省博士后基金, LBH-Z14148、基于新一代测序数据的恶性肿瘤相关lncQTL识别及其调控模式研究、2015/01-2016/12、7万元、在研、主持。 4、国家重点基础研究发展计划(973计划):2014CB910504、衰老与代谢相关疾病风险通路区域和关键节点识别的系统生物学研究、180万、在研、参加。 5、国家自然科学基金青年项目,31100948、基于功能组学的人类恶性肿瘤风险microRNA系统识别与优化、2012/01-2014/12、18万元、结题、参加。 6、教育部高等学校博士学科点专项科研基金,20102307120027、疾病代谢子通路融合挖掘及网络分析方法研究、2011/01-2013/12、3.6万元、结题、参加。 7、黑龙江省自然科学基金面上项目,D201114、基于功能网络系统识别人类恶性肿瘤风险小分子RNA、2012/01-2014/12、5万元、结题、参加。   近五年发表的SCI论文: [1] Shangwei Ning, Peng Wang, Jingrun Ye, Xiang Li, Ronghong Li, Zuxianglan Zhao, Xiao Huo, Li Wang, Feng Li and Xia Li*. A global map for dissecting phenotypic variants in human lincRNAs. Eur J Hum Genet 2013, 21(10):1128-1133. (SCI影响因子: 4.225,第一作者) [2] Hui Zhi, Shangwei Ning, Xiang Li, Yuyun Li, Wei Wu, Xia Li*. A novel re-annotating strategy for dissecting DNA methylation patterns of human long intergenic non-coding RNAs in cancer. Nucleic Acids Research 2014, 42(13):8258-8270. (SCI影响因子: 8.808,并列一作) [3] Shangwei Ning, Zuxianglan Zhao, Jingrun Ye, Peng Wang, Hui Zhi, Ronghong Li, Tingting Wang and Xia Li*. LincSNP: a database for linking phenotype-associated SNPs to human large intergenic non-coding RNAs. BMC Bioinformatics 2014, 15:152. (SCI影响因子: 2.672,第一作者) [4] Peng Wang, Shangwei Ning, Yunpeng Zhang, Ronghong Li, Jingrun Ye, Zuxianglan Zhao, Hui Zhi, Tingting Wang, Zheng Guo* and Xia Li*. Identification of lncRNA-associated competing triplets reveals global patterns and prognostic markers for cancer. Nucleic Acids Research, 2015. (SCI影响因子: 8.808,并列一作) [5] Shangwei Ning, Zuxianglan Zhao, Jingrun Ye, Peng Wang, Hui Zhi, Ronghong Li, Tingting Wang, Jianjian Wang, Lihua Wang and Xia Li. SNP@lincTFBS: a database of polymorphisms in transcription factor binding sites of human lincRNAs. Plos One 2014, 9(7):e103851. (SCI影响因子: 3.534,第一作者) [6] Ronghong Li, Xiang Li, Shangwei Ning, Jingrun Ye, Lei Han, Chunsheng Kang* and Xia Li*. Identification of a core miRNA-pathway regulatory network in glioma by therapeutically targeting miR-181d, miR-21, miR-23b, β-catenin, CBP, and STAT3. Plos One 2014, 9(7):e101903. (SCI影响因子: 3.534,并列一作) [7] Peng Wang, Shangwei Ning, Hui Zhi, Yunpeng Zhang, Yue Liu, Jizhou Zhang, Maoni Guo, Dongli Li and Xia Li*. miRSponge: a manually curated database for experimentally supported miRNA sponges and ceRNAs. DATABASE-The Journal of Biological Databases and Curation, 2015. (SCI影响因子: 4.457,并列一作) [8] Peng Wang, Shangwei Ning, Qianghu Wang, Ronghong Li, Jingrun Ye, Zuxianglan Zhao, Yan Li, Teng Huang, Xia Li*. mirTarPri: improved prioritization of microRNA targets through incorporation of functional genomics data. Plos One 2013, 8(1):e53685. (SCI影响因子: 3.534,并列一作) [9] Xia Li*, Qianghu Wang, Yan Zheng, Sali Lv, Shangwei Ning, Jie Sun, Teng Huang, Qifan Zheng,Huan Ren, Jin Xu, Xishan Wang and Yixue Li. Prioritizing human cancer microRNAs based on genes’functional consistency between microRNA and cancer. Nucleic Acids Research 2011, 39(22):e153. (SCI影响因子: 8.808) [10] Qianghu Wang, Weisha Liu, Shangwei Ning, Jingrun Ye, Teng Huang, Yan Li, Peng Wang, Hongbo Shi and Xia Li*. Community of protein complexes impacts disease association. Eur J Hum Genet 2012, 20(11):1162-7. (SCI影响因子: 4.225) [11] Yuze Cao, Jianjian Wang, Huixue Zhang, Qinghua Tian, Lixia Chen, Shangwei Ning, Peifang Liu, Xuesong Sun, Xiaoyu Lu, Chang Song, Shuai Zhang, Bo Xiao,* and Lihua Wang*. Detecting key genes regulated by miRNAs in dysfunctional crosstalk pathway of Myasthenia Gravis. BioMed Research International 2015. (SCI影响因子: 2.706) [12] Sali Lv, Yan Li, Qianghu Wang, Shangwei Ning, Teng Huang, Peng Wang, Jie Sun, Yan Zheng, Weisha Liu, Jing Ai and Xia Li*.A novel method to quantify gene set functional association based on gene ontology. J R Soc Interface 2012, 9(70):1063-72. (SCI影响因子: 4.259) [13] Yan Li, Teng Huang, Yun Xiao, Shangwei Ning, Peng Wang, Qianghu Wang, Xin Chen, Chaohan Xu, Donglin Sun, Xia Li * and Yixue Li *. Prioritising risk pathways of complex human diseases based on functional profiling. Eur J Hum Genet 2012, 21(6):666-672. (SCI影响因子: 4.225) [14] Lili Yang, Jianjian Wang, Xuesong Sun, Yuze Cao, Shangwei Ning, Huixue Zhang, Lixia Chen, Ronghong Li, Qinghua Tian, LiHua Wang, Weizhi Wang and Xia Li. Identifying polymorphic ‘switch’ that influences miRNAs’ regulation to myasthenia gravis risk pathway miRSNPs ‘switch’ myasthenia gravis risk pathway. Plos One 2014, 12;9(8):e104827. (SCI影响因子: 3.534) [15] QiangHu Wang, Meng Zhou, Jie Sun, Shangwei Ning, Yan Li, Li Chen, Yan Zheng, Xiang Li, Sali Lv, Xia Li*. Systematic analysis of human microRNA divergence based on evolutionary emergence. FEBS Letters 2011, 585(1):240-248. (SCI影响因子: 3.601) [16] Meng Zhou, Qianghu Wang, Jie Sun, Xia Li*, Liangde Xu, Haixiu Yang, Hongbo Shi, Shangwei Ning, Li Chen, Yan Li, Taotao He, Yan Zheng. In silico detection and characteristics of novel microRNA genes in the Equus caballus genome using an integrated ab initio and comparative genomic approach. Genomics 2009, 94(2):125-131. (SCI影响因子: 3.166)   参与编写的教材: 1、参与李霞教授主编《生物信息学》,全国八年制规划教材,人民卫生出版社,第十六章 2、参与李霞教授主编《生物信息学理论与医学实践》,人民卫生出版社,第三章 3、参与李霞教授主编《生物信息学》(第二版),国家“十二五”规划教材,人民卫生出版社,第七章   获得的奖励与荣誉: 1、获得2014年哈尔滨医科大学教师讲课大赛二等奖,校级 2、获得2014年生物信息学院教师讲课大赛一等奖,院级 3、获得2014年“第六届全国生物信息学大会”报告一等奖 4、获得2014年生物信息学院优秀科研工作者,院级 5、获得2013年博士研究生国家奖学金,国家级 6、获得2013年黑龙江省优秀毕业研究生,省级 7、获得2013年联邦教育医学奖学金,校级 8、获得2013年哈医大优秀毕业博士研究生,校级 9、获得2012年哈医大优秀研究生干部,校级 10、获得2012年生物信息学院优秀共产党员,学院 11、获得2011年哈尔滨医科大学优秀研究生,校级 12、获得2011年生物信息学院优秀研究生,学院
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