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哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院研究生导师简介-杨 磊
哈尔滨医科大学 [db:出处]/2016-02-28
>副教授
姓 名:
杨 磊
部 门:
生物数学教研室
职 称:
副教授
学 历:
博士研究生
职 务:
办公电话:
办公地址:
外语学馆411室
Email:
主要研究方向:
不同功能蛋白质的预测,转录因子识别,启动子识别
个人简介
杨磊,博士、副教授,2005年获山西大学材料物理学学士学位,2007年获内蒙古大学物理系生物物理学硕士学位(生物信息学方向),2010年获内蒙古大学物理系生物物理学博士学位(生物信息学方向)。从2005年起师从内蒙古大学李前忠教授从事生物信息学领域的学习和研究工作,并根据我国著名理论生物物理学家罗辽复教授的开题指导意见,在生物信息学的研究方面,积累了丰富的经验。在攻读博士学位期间,以第一作者身份发表多篇SCI论文,2010年以优异的科研成绩获得生物物理学博士学位(硕博连读)。2010年内蒙古大学博士毕业后去哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院工作,主要研究方向为人类蛋白质相互作用网络中必需基因和非必需基因拓扑性质的研究;目前的研究方向主要是基于蛋白质相互作用网络和突变基因的前列腺癌症分型的研究,并研究各个亚型的前列腺癌症与临床数据的一致性、各个亚型的生物学标记和基于突变基因的预测各个前列腺癌症亚型的算法。近期以第一作者或通讯作者身份在《Molecular BioSystems》(SCI影响因子:3.2)、《Genomics》(SCI影响因子:2.8)、《Analytical Biochemistry》(SCI影响因子:2.5)、《Biochemical and Biophysical Research Communications》(SCI影响因子:2.2)、《Journal of Theoretical Biology》(SCI影响因子:2.3)和《Gene》(SCI影响因子:2.1)等杂志上发表论文近10篇。目前已经主持完成厅级项目2项,参与多项国家自然科学基金和省厅级项目的研究工作。
主要承担的课题项目:
1. 黑龙江省教育厅项目,12521303、芋螺毒素超家族和家族的预测及其功能模体的理论研究、2012/01-2014/12、0.5万、已结题、主持。
2. 黑龙江省卫生厅项目,2012797、作用于疾病相关的离子通道的研究与预测、2013/01-2015/12、4万、在研、主持。
主要发表的论文列表:
1. Yang Lei, Hao Dapeng, Wang Jizhe, Lv Yingli, Xudong Xing, Zuo Yongchun*, Jiang Wei*. (2015) Characterization of proteins in S. cerevisiae with subcellular localizations. Molecular BioSystems, accept, (SCI, Impact Factor: 3.2)(第一作者)
2. Zuo Yongchun*, Zhang Shihua, Wang Shanshan, Wu Chengyan, Yang Lei*,Li Guangpeng*. (2015) Discrimination of membrane transporter proteins using K-nearest neighbor method derived from similarity distance of total diversity measure. Molecular BioSystems, 11, 950-957. (SCI, Impact Factor: 3.2)(通讯作者)
3. Yang Lei, Hao Dapeng, Lv Yingli, Zuo Yongchun*, Jiang Wei*. (2015) Genome-wide characterization of essential, toxicity-modulating and no-phenotype genes in S. cerevisiae. Gene, 559, 1-8. (SCI, Impact Factor: 2.1)(第一作者)
4. Yang Lei, Wang Jizhe, Lv Yingli, Hao Dapeng, Zuo Yongchun, Li Xiang*, Jiang Wei*. (2014) Characterization of TATA-containing genes and TATA-less genes in S. cerevisiae by network topologies and biological properties, Genomics, 104 562-571. (SCI, Impact Factor: 2.8)(第一作者)
5. Yang Lei, Wang Jizhe, Wang Huiping, Lv Yingli, Zuo Yongchun, Li Xiang*, Jiang Wei*. (2014) Analysis and identification of essential genes in humans using topological properties and biological information. Gene, 551 138-151. (SCI, Impact Factor: 2.1)(第一作者)
6. Yang Lei, Lv Yingli, Li Tao, Zuo Yongchun*, Jiang Wei*, (2014) Human proteins characterization with subcellular localizations. Journal of Theoretical Biology, 358, 61-73. (SCI, Impact Factor: 2.3)(第一作者)
7. Zuo Yongchun*, Peng Yong, Liu Li., Chen Wei, Yang Lei*, Fan, Guoliang*. (2014) Predicting peroxidase subcellular location by hybridizing different descriptors of Chou’pseudo amino acid patterns. Analytical Biochemistry, 458, 14-19. (SCI, Impact Factor: 2.5)(通讯作者)
8. Yang Lei, Wang Jizhe, Wang Huiping, Lv Yingli, Zuo Yongchun*, Jiang Wei*. (2014) Characterization of essential genes by topological properties in the perturbation sensitivity network. Biochemical and Biophysical Research Communications, 448, 473-479 (SCI, Impact Factor: 2.2)(第一作者)
9. Yang Lei, Wang Jizhe, Wang Huiping, Lv Yingli, Zuo Yongchun, Jiang Wei*. (2014) Analysis and identification of toxin targets by topological properties in protein-protein interaction network. Journal of Theoretical Biology, 349, 82-91. (SCI, Impact Factor: 2.3)(第一作者)
10. Li Leijie, Zhang Liangcai, Liu Guiyou, Feng Rennan, Jiang Yongshuai, Yang Lei, Zhang Shihua* , Liao Mingzhi*, Hua Jinlian*. (2014) Synergistic transcriptional and post-transcriptional regulation of ESC characteristics by core pluripotency transcription factors in protein-protein interaction networks. Plos One, Volume 9 | Issue 8 | e105180. (SCI, Impact Factor: 3.5)(第六作者)
11. Wang Yanqiu, Chen Xiaowen, Jiang Wei, Li Li, Li Wei, Yang Lei, Liao Mingzhi, Lian Baofeng, Lv Yingli, Wang Shiyuan, Wang Shuyuan, Li Xia*. (2011) Predicting human microRNA precursors based on an optimized feature subset generated by GA–SVM. Genomics, 98, 73–78. (SCI, Impact Factor: 2.8)(第六作者)
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