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哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院研究生导师简介-徐良德

哈尔滨医科大学 [db:出处]/2016-02-28

>副教授 姓  名: 徐良德 部  门: 生物信息学教研室 职  称: 副教授、硕士生导师 学  历: 博士研究生 职  务: 副书记、综合办公室主任 办公电话: 0451-86669617 办公地址: 分子生物学馆116室 Email: xuliangde(at)hrbmu.edu.cn 主要研究方向: 重大疾病的生物信息学与计算系统生物学研究 个人简介   徐良德,博士、副教授,哈尔滨医科大学首届基础医学八年制专业毕业,主要从事重大疾病的分子标志物识别和复杂疾病的生物信息学研究、教学工作。在疾病基因遗传定位、基因表达分析、疾病靶向测序分析与疾病风险位点识别等方面形成完整的研究思路,近五年发表SCI论文10篇,单篇最高影响因子达到5.04;主持国家博士后面上基金一等资助、黑龙江省骨干教师项目、哈尔滨市科技创新人才项目等科研课题5项,参与国家863计划等重大科研项目10余项,在研课题经费20余万元;获黑龙江省高校科技进步一等奖、哈尔滨科技成果奖各1项,并积极推进学术交流和产业转化工作,与临床医学、基础医学相关领域学科专家建立起良好的合作关系。   先后承担八(七)年制临床医学、基础医学、五年制临床、生物信息学、生物技术等专业轨道《生物信息学》、《医学信息分析方法》、《基因组信息学》、《生物芯片技术》、《重大疾病计算系统生物学》等多门课程的主讲任务,年均教学工作量180余学时;主持、参与省级教育教学科研和教学改革综合课题6项,参与编写国家十二五规划教材《生物信息学》、《生物信息学理论与医学实践》等教材和专著3部。   兼任哈尔滨医科大学生物信息学院党总支副书记、综合办公室主任,协助院长/书记负责党建、教学、行政管理工作;先后负责组织全国生物信息学与计算系统生物学学术大会、全国生物信息学暑期学校、面向重大疾病的生物信息学研讨班等多项重大学术会议;并配合院长/书记积极推进学院生物医学工程学科与学位建设、计算生物教学改革和面向重大疾病的计算系统生物学产业开发工作。先后获得黑龙江省师德先进个人、黑龙江省教学新秀、哈尔滨医科大学优秀教师、三育人先进个人、十佳青年岗位能手、青年教学能手、优秀组织员、优秀思想政治工作者等省级、校级荣誉称号。   近五年主持的科研课题: (1)中国博士后基金面上项目一等资助,面向靶向测序诊断的生物信息学技术研究(2013M540302),2013.6-2014.12,8万元,中国博士后基金委员会,主持; (2)黑龙江省青年人才骨干,糖尿病血管损伤关联的分子协同机制研究(1254G041),2014.1-2016.12,8万元,黑龙江省教育厅,主持; (3)哈尔滨市科技创新人才专项,重大疾病病理进程的分子定量模拟系统研究(RC2013QN004112),2013.1-2015.12,3万元,哈尔滨市科技局,主持; (4)黑龙江省教育厅面上项目,糖代谢紊乱与糖尿病及其并发症的分子系统研究(12511273),2011.1-2013.12,1万元,黑龙江省教育厅,主持; (5)黑龙江省卫生厅科研课题,糖尿病并发症发生关键分子通路研究(2011-249),2012.1-2014.12,黑龙江省卫生厅,主持。   近五年发表的SCI论文: (1)H Shi, J Xu, G Zhang, L Xu, C Li, L Wang, Z Zhao, W Jiang, Z Guo*, X Li*. Walking the interactome to identify human miRNA-disease associations through the functional link between miRNA targets and disease genes. BMC Systems Biology, 2013. 7(1): p. 101. (SCI IF=3.23) (2)S Zhang§, L Xu§, F Wang, H Wang, B Gong, F Zhang, X Li, Y Wang. Genetic control of primary microRNA insight into cis- and trans-regulatory variations by RNA-seq. Gene, 2013. 517:224-229. (并列一作,SCI IF=2.37) (3)Zhang F. §, B. Gao§, L. Xu§, C. Li, D. Hao, S. Zhang, M. Zhou, F. Su, X. Chen, H. Zhi, and X. Li, Allele-specific behavior of molecular networks: understanding small-molecule drug response in yeast. PLoS One. 2013, 8(1): p. e53581. (并列一作,SCI IF=4.24) (4)Li J. §, L. Wang§, L. Xu§, R. Zhang, M. Huang, K. Wang, J. Xu, H. Lv, Z. Shang, M. Zhang, Y. Jiang, M. Guo, and X. Li, DBGSA: a novel method of distance-based gene set analysis. J Hum Genet. 2013, 57(10): p. 642-53. (并列一作,SCI IF=2.36) (5)Xiao Y. §, C. Xu§, L. Xu§, J. Guan, Y. Ping, H. Fan, Y. Li, H. Zhao, and X. Li, Systematic identification of common functional modules related to heart failure with different etiologies. Gene. 2013, 499(2): p. 332-8. (并列一作,SCI IF=2.37) (6)J Xu, C Li, Y Li, J Lv, Y Ma, T Shao, L Xu, Y.Y. Wang, L. Du, Y.P. Zhang, W. Jiang, C.Q. Li, Y. Xiao, and X. Li, MiRNA-miRNA synergistic network: construction via co-regulating functional modules and disease miRNA topological features. Nucleic Acids Res. 2011, 39(3): p. 825-36. (SCI IF=8.29) (7)L Wang, J Li, R Zhu, L Xu, Y He, R Zhang* and S Rao*, A novel stepwise support vector machine (SVM) method based on optimal feature combination for predicting miRNA precursors. African Journal of Biotechnology. 2011, 10(74):16720-16731. (8)Chen L*§, Zhang L§, Zhao Y§, Xu L§, Shang Y, Wang Q, Li W, Wang H, Li X*: Prioritizing risk pathways: a novel association approach to searching for disease pathways fusing SNPs and pathways. Bioinformatics 2009;25:237-242.(并列一作,SCI IF=5.04) (9)Zhou M, Wang Q, Sun J, Li X*, Xu L, Yang H, Shi H, Ning S, Chen L, Li Y, He T, Zheng Y: In silico detection and characteristics of novel microRNA genes in the Equus caballus genome using an integrated ab initio and comparative genomic approach. Genomics 2009. (SCI IF=3.41) (10)Li C, Li X*, Miao Y, Wang Q, Jiang W, Xu C, Li J, Han J, Zhang F, Gong B, Xu L, SubpathwayMiner: a software package for flexible identification of pathways. Nucleic Acids Res, 2009. (SCI IF=7.49)   主要教材论著: (1)徐良德编委,国家十二五规划教材《生物信息学》第二版第十一章和第十四章,人民卫生出版社,2014。 (2)徐良德参编,卫生部十一五规划教材《生物信息学》第一版《第十五章 单核苷酸多态与人类疾病》,人民卫生出版社,6.2/93.2万字,2010。 (3)徐良德编委,规划教材配套教材《生物信息学学习指导?第十五章 单核苷酸多态与人类疾病》,人民卫生出版社,2.1/23.3万字,2011。 (4)徐良德编委,《生物信息学理论与医学实践?第九章 复杂疾病的系统遗传学分析》,人民卫生出版社,5.5/85.2万字,2013。
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