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哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院研究生导师简介-郭 政
哈尔滨医科大学 [db:出处]/2016-02-28
>教授
姓 名:
郭 政
部 门:
系统生物学教研室
职 称:
教授、博士生导师
学 历:
博士研究生
职 务:
副院长
办公电话:
0451-86620941-116
办公地址:
分子生物学馆124室
Email:
guoz(at)ems.hrbmu.edu.cn
主要研究方向:
肿瘤与神经精神类复杂疾病早期诊断标志;疾病预后及药效标志的识别;炎癌关联与转换机制研究
个人简介
郭政,博导,龙江特聘教授,省优秀中青年专家,哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院,副院长,哈工大计算机专业博士毕业。1996年任副教授,1998年破格晋升为教授。科研方向为系统生物信息学,近10年来,逐步集中于大规模基因芯片表达谱、基因突变,炎癌转化,蛋白质互作网络等方面的研究,并形成了以基因功能模块为基础与特色的系统生物信息学研究策略,进行复杂疾病疾病功能分类及基因功能预测等系列研究。在基因功能模块化分析等方面逐步达到了国际先进水平,在近几年中,研究成果连续发表于《Briefings in Bioinformatics》、《Bioinformatics》(7篇)、《PLoS ONE》、《BMC Bioinformatics》、《BMC Genomics》、《Genomics》、《Molecular Medicine》、《Biotechniques》、《Gene》等国际知名学术期刊。
主持国家自然科学基金5项,省杰出青年基金1项,省科学计划重点项目1项,参与国家高技术研究发展(863计划)1项,973计划前期研究专项1项。省科技进步奖8项(一等奖2项,二等奖3项,三等奖2项,四等奖1项,均为第一名),省高校科学技术一等奖3项,省计划生育委员会科技进步一等奖(第一名),省医药卫生科技进步二等奖(第二名)。获龙江学者特聘教授,省级优秀中青年专家荣誉称号。
曾主编《医学遗传学与遗传流行病学数据分析》、《计算分子生物学与基因组信息学》、《药物、受体与免疫反映动力学数据分析》等著作及教材7部。主持研制的人类家系资料遗传分析系统PPAP已被60多个单位采用,被评论为我国遗传流行病学发展历程中的几个重要事件之一(见中华流行病学杂志1999年第6期,王建华综述“中国的遗传流行病学研究”)。
郭政教授共培养已毕业博士生8名,硕士研究生13名,在读博士生6名和在读硕士研究生11名。毕业的8名博士研究生质量优秀,多数进入到Anderson Cancer Center、美国药品食品管理局(FDA)等美国一流的研究单位,部分研究生的第1作者的SCI影响因子达到了10以上。
学术兼职:
中国医药数学会副理事长,国家自然科学基金委委员,计算生物学与生物信息学专业委员会主任委员,中国生物物理学会生物信息学专业委员会理事,生物信息学编委。
教育经历:
1981.09-1985.07 浙江师范大学基础数学理学学士
1985.09-1988.07 北京大学基础数学理学硕士
1998.11-1999.12 美国NCSU大学生物信息学访问学者
1999.09-2005-07 哈尔滨工业大学计算机应用工学博士
工作经历:
1988.08-1991.08 哈尔滨医科大学 医用数学 助教
1991.09-1996.08 哈尔滨医科大学 医用数学 讲师
1996.09-1998.08 哈尔滨医科大学 系统生物学 副教授
1998.09-2006.02 哈尔滨医科大学 系统生物学 教授
2006.03-现在 哈尔滨医科大学 系统生物学 教授(博士生导师)、哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院副院长
承担课题:
10)项目名称:基于高通量组学数据识别与乳腺癌转移相关的可 重复的疾病标志与功能通路(20112307110011) (2012.1-2014.12)
项目来源:高等学校博士学科点专项科研基金,
说明:课题负责人。经费:12万
完成情况: 在研,按计划进行。
9)项目名称:融合组学挖掘非可控性炎症向癌症转化的分子机制(91029717) (2011.1-2013.12)
项目来源: 国家自然科学基金(重大研究计划),
说明:课题负责人。经费:60万
完成情况: 在研,按计划进行。
8)项目名称:基于癌基因组突变谱解析癌相关生物通路间的协同机制(81071646) (2011.1-2013.12)
项目来源: 国家自然科学基金,
说明:课题负责人。经费:32万
完成情况: 在研,按计划进行。
7)项目名称:解析癌相关基因的功能模块化蛋白质互作网络(JC200808) (2009.1-2011.12)
项目来源: 黑龙江省杰出青年基金,
说明:课题负责人。经费:20万
完成情况: 结题
6)项目名称:复杂疾病的基因表达谱与蛋白质互作网络的功能模块化分析(30670539) (2007.1-2009.12)
项目来源: 国家自然科学基金,
说明:郭政。经费:30万
完成情况: 结题
5)项目名称:复杂疾病靶基因功能识别与网络重建的系统生物信息融合方法研究(2008CB517302) (2008.1-2009.12)
项目来源: 973,
说明:郭政。经费:60万
完成情况: 结题
4)项目名称:基于基因功能模块化概念的基因表达谱数据挖掘技术(30370388) (2004.1-2006.12)
项目来源: 国家自然科学基金,
说明:郭政。经费:23万
完成情况: 结题
3)项目名称:多基因复杂疾病模式识别与特征提取(30170515) (2002.1-2004.12)
项目来源: 国家自然科学基金,
说明:郭政。经费:18万
完成情况: 结题
2)项目名称:国家高技术研究发展(863计划),原位合成基因芯片技术的研发(2002AA2Z2052) (2002.1-2006.12)
项目来源: 国家高技术研究发展,
说明:郭政。经费:620万
完成情况: 结题
1)项目名称:基因功能和药物靶点发现的整合生物信息学分析平台(GB03C602-4) (2003.1-2006.12)
项目来源: 黑龙江省科学计划项目,
说明:郭政。经费:9万
完成情况: 结题
主要著作(主编、主审、编著 等7部):
李霞,郭政(主审)《概率与信息论基础》,哈尔滨出版社,2003年
郭政(主审)《医学统计学》,黑龙江科学技术出版社,2002年
郭 政,李霞主编.《医学信息分析方法》,哈尔滨出版社,2001年
李霞,郭政主编.《医用高等数学》(主编);黑龙江科学技术出版社,2000年
郭政 李霞《计算分子生物学与基因组信息学》,黑龙江科学技术出版社,1998年
李霞,郭政,何颖《药物、受体、酶与免疫反应动力学数据分析》,黑龙江科技出版社,1997年
郭政,何颖,李霞《医学遗传学与遗传流行病学数据分析》,黑龙江科学技术出版社,1996年
主要获奖成果:
《癌风险生物标志物识别的生物信息融合系列方法研究》,黑龙江省科学技术进步奖,一等奖,第2名。(2010年)
《复杂疾病基因挖掘及网络重建方法研究》,黑龙江省政府科技进步(自然科学)2等奖,黑龙江省高校科技一等奖,第2名。(2008年)
《复杂疾病基因作图的模式识别方法研究》黑龙江省科学技术进步奖,一等奖,第2名。(2005年)
《生理系统(药物、受体、酶与免疫)动力学数据分析系统的研制与应用》,获省教委三等奖,第2名。(1998年)
《猪囊虫病系列研究》,获省教委一等奖,省政府三等奖,第2名。(1998年)
《遗传优生计算机咨询、诊断系统的研制与应用》, 获省计生委一等奖,卫生部优秀医学视听教材奖,第2名。(1997年)
《PPAP3.0 人类与医学遗传学群体与家系资料分析计算机系统》,获省教委一等奖,省政府三等奖,第2名。(1996年)
《自动化药物动力学分析系统》, 获省卫生厅二等奖,省政府四等奖,第2名。(1996年)
教学工作:
《生物芯片表达谱分析技术》,研究生教学,20学时/年
《计算系统生物学》,本科生教学,48学时/年
《生物信息学基础》,本科生教学,24学时/年
已发表论文:
37.Wenyuan Zhao,Lishuang Qi,Yao Qin,Hongwei Wang,Beibei Chen,Ruiping Wang,Yunyan Gu,Chunyang Liu,Chenguang Wang,Zheng Guo*: Functional Comparison between Genes Dysregulated in Ulcerative Colitis and Colorectal Carcinoma. PLoS ONE. 2013 Aug. doi:10.1371/journal.pone.0071989. (SCI IF=3.73)
36.Yuannv Zhang,Jiguang Xia,Yujing Zhang,Yao Qin,Da Yang,Lishuang Qi,Wenyuan Zhao,Chenguang Wang,Zheng Guo*: Pitfalls in experimental designs for characterizing the transcriptional, methylational and copy number changes of oncogenes and tumor suppressor genes. PLoS ONE. 2013 Mar. doi:10.1371/journal.pone.0058163. (SCI IF=3.73)
35.Yunyan Gu, Hongwei Wang, Yao Qin, Yujing Zhang, Wenyuan Zhao, Lishuang Qi, Yuannv Zhang, Chenguang Wang and Zheng Guo*: Network analysis of genomic alteration profiles reveals co-altered functional modules and driver genes for glioblastoma. Mol. BioSyst. 2013 Jan. doi: 10.1039/C2MB25528F. (SCI IF=3.35)
34.Dong Wang,Yuannv Zhang,Yan Huang,Pengfei Li,Mingyue Wang,Ruihong Wu,Lixin Cheng,Wenjing Zhang,Yujing Zhang,Bin Li,Chenguang Wang,Zheng Guo*: Comparison of different normalization assumptions for analyses of DNA methylation data from the cancer genome. Gene. 2012 Jul.; doi:10.1016/j.gene.2012.06.075. (SCI IF=2.196)
33.Dong Wang,Lixin Cheng,Yuannv Zhang,Ruihong Wu,Mingyue Wang,Yunyan Gu,Wenyuan Zhao,Pengfei Li,Bin Li,Yujing Zhang,Hongwei Wang,Huang Yan,Chenguang Wang and Zheng Guo*: Extensive up-regulation of gene expression in cancer: the normalised use of microarray data. Mol. BioSyst. 2011 Dec; doi:10.1039/C2MB05466C. (SCI IF=3.35)
32.Yunyan Gu, Wenyuan Zhao, Jiguang Xia, Yuannv Zhang, Ruihong Wu, Chenguang Wang, Zheng Guo: Analysis of pathway mutation profiles highlights collaboration between cancer-associated superpathways. Hum Mutat 2011.(SCI IF=5.956)
31.Dong Wang, Lixin Cheng, Mingyue Wang, Ruihong Wu, Pengfei Li, Bin Li, Yuannv Zhang, Yunyan Gu, Wenyuan Zhao, Chenguang Wang, Zheng Guo*: Extensive increase of microarray signals in cancers calls for novel normalization assumptions. Computational Biology and Chemistry. 2011 Jun.;doi:10.1016/j.compbiolchem.2011.04.006. (SCI IF=1.551)
30.Yunyan Gu, Da Yang, Jifeng Zou, Wencai Ma, Ruihong Wu, Wenyuan Zhao, Yuannv Zhang, Hui Xiao, Xue Gong, Min Zhang,Jin Zhu and Zheng Guo: Systematic interpretation of comutated genes in large-scale cancer mutation profiles. Mol Cancer Ther 2010, 9(8):2186-2195.(SCI IF=4.953)
29.Xue Gong, Ruihong Wu, Yuannv Zhang, Wenyuan Zhao, Lixin Cheng, Yunyan Gu, Lin Zhang, Jing Wang, Jing Zhu, Zheng Guo: Extracting consistent knowledge from highly inconsistent cancer gene data sources. BMC Bioinformatics 2010, 11:76.(SCI IF=3.428)
28.Xue Gong, Ruihong Wu, Hongwei Wang, Xinwu Guo, Dong Wang, Yunyan Gu, Yuannv Zhang, Wenyuan Zhao, Lixin Cheng, Chenguang Wang and Zheng Guo: Evaluating the consistency of differential expression of microRNA detected in human cancers. Mol Cancer Ther 2011, 10(5):752-760.(SCI IF=4.953)
27.Min Zhang, Lin Zhang, Jing Zou, Chen Yao, Hui Xiao, Qing Liu, Jing Wang, Dong Wang, Chenguang Wang, Zheng Guo: Evaluating reproducibility of differential expression discoveries in microarray studies by considering correlated molecular changes. Bioinformatics 2009, 25(13):1662-1668.(SCI IF=4.926)
26.Wencai Ma, Da Yang, Yunyan Gu, Xinwu Guo, Wenyuan Zhao, Zheng Guo: Finding disease-specific coordinated functions by multi-function genes: insight into the coordination mechanisms in diseases. Genomics 2009 Aug;94(2):94-100.(SCI IF=3.327)
25.Min Zhang, Chen Yao, Zheng Guo, Jinfeng Zou, Lin Zhang, Hui Xiao, Dong Wang, Da Yang, Xue Gong, Jing Zhu, Yanhui Li and Xia Li: Apparently low reproducibility of true differential expression discoveries in microarray studies. Bioinformatics 2008, 24(18):2057-2063. (SCI IF=4.328)
24.Da Yang, Yanhui Li, Hui Xiao, Qing Liu, Min Zhang, Jing Zhu, Wencai Ma, Chen Yao, Jing Wang, Dong Wang, Zheng Guo and Baofeng Yang: Gaining confidence in biological interpretation of the microarray data: the functional consistence of the significant GO categories. Bioinformatics 2008, 24(2):265-271. (SCI IF=4.328)
23.Zheng Guo, Yongjin Li, Xue Gong, Chen Yao, Wencai Ma, Dong Wang, Yanhui Li, Jing Zhu, Min Zhang, Da Yang and Jing Wang: Edge-based scoring and searching method for identifying condition-responsive protein-protein interaction sub-network. Bioinformatics 2007, 23(16):2121-2128. (SCI IF=5.039)
22.Jing Zhu, Jing Wang, Zheng Guo, Min Zhang, Da Yang, Yanhui Li, Dong Wang, Guohua Xiao: GO-2D: identifying 2-dimensional cellular-localized functional modules in Gene Ontology. BMC Genomics 2007, 8:30. (SCI IF=4.18)
21.Mingzhu Zhu, Lei Gao, Zheng Guo, Yanhui Li, Dong Wang, Jing Wang, Chenguang Wang: Globally predicting protein functions based on co-expressed protein-protein interaction networks and ontology taxonomy similarities. Gene 2007, 391(1-2):113-119. (SCI IF=2.871)
20.Lei Gao, Xia Li, Zheng Guo, Mingzhu Zhu, Yanhui Li, Shaoqi Rao: Widely predicting specific protein functions based on protein-protein interaction data and gene expression profile. Sci China C Life Sci 2007, 50(1):125-134. (SCI IF=0.635)
19.YanHui Li, Zheng Guo, WenCai Ma, Da Yang, Dong Wang, Min Zhang, Jing Zhu, GuoCai Zhong, YongJin Li, Chen Yao and Jing Wang.: Finding finer functions for partially characterized proteins by protein-protein interaction networks. Chinese Science Bulletin 2007, 52(24). (SCI IF=0.7699)
18.Jing Zhu, Zheng Guo, Min Zhang, Da Yang, Jing Wang, Chenguang Wang: Interaction of cellular-localized signature modules in response to prostate cancer. Progress In Natural Science 2007. (SCI IF=0.508)
17.Jian-zhen Xu, Min Zhang, Zheng Guo, Xia Li and Shao-qi Rao,Peeling off the hidden genetic heterogeneities of cancers based on disease-relevant functional modules,Molecular Medicine. 2006 12(1-3): 25–33. (SCI IF=2.708)
16.Dong Wang, Yingli Lv, Zheng Guo, Xia Li, Yanhui li, Jing zhu, Jian-zhen Xu, Shaoqi Rao, Baofeng Yang, Effects of replacing the unreliable cDNA microarray measurements on the disease classification based on gene expression profiles and functional modules, Bioinformatics, 2006,22(23);2883-2889 (SCI IF=4.894)
15.Min Zhang, Jing Zhu, Zheng Guo, Xia Li, Da Yang and Shaoqi Rao. Identifying disease feature genes based on cellular localized gene functional modules and regulation networks, Chinese Science Bulletin,2006,51(15):1848-1856 (SCI IF=0.722)
14.Zheng Guo, Tianwen Zhang, Xia Li, Qi Wang, Jianzhen Xu, Hui Yu, Jing Zhu, Haiyun Wang, Chenguang Wang, Topol EJ, Qing Wang, Shaoqi Rao.Towards precise classification of cancers based on robust gene functional expression profiles. BMC Bioinformatics. 2005, 6:58. (SCI IF=4.958)
13.Hui Yu, Lei Gao, Kang Tu, Zheng Guo. Broadly predicting specific gene functions with expression similarity and taxonomy similarity.Gene 2005,6;352:75-81.(SCI IF=2.694)
12.Tu Kang,Yu Hui,Guo Zheng and Li Xia. Mining association rules of GO function classes and gene expression difference, Progress in Biochemistry and Biophysics, 2004. (SCI IF=0.222)
11.Zheng Guo, Xia Li, Shaoqi Rao, Kathy L Moser, Tianwen Zhang, Binsheng Gong.Multivariate Sib-pair Linkage Analysis of Longitudinal Phenotypes by Three Stepwise Analysis Approaches,2003;BMC Genetics 2003, 4(Suppl 1):S24.(SCIIF=2.230)
10.张敏,朱晶,郭政,李霞,杨达,利用亚细胞位置特异的基因功能模块与表达调控网络识别疾病特征基因,科学通报,2006.51(13):1545-1551。(EI)
9.高磊,郭政,李霞,朱明珠,李彦辉,结合蛋白质互作与基因表达谱信息大范围预测基因的精细功能,中国科学(C),2006.36(5):441-450。(EI)
8.朱明珠,郭政,李霞,刘帅,李彦辉,高磊,基因功能预测问题中的样本不平衡处理,中国生物医学工程学报2006.25(2):158-162。(EI)
7.郭政,张田文,王琦,李霞,基于基因功能表达谱的疾病分类——抗基因缺失稳健性,高技术通讯,2005.15(6):50-54。(EI)
6.郭政,张田文,李霞,喻辉,屠康,功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub,哈尔滨工业大学学报,2005.37(5):599-603。(EI)
5.郭政,王琦,李霞,基于功能模块的基因表达谱聚类分析,同济大学学报,2006.34(2):264-269。(EI)
4.吕莹丽,王栋,郭政,于梁梁,李彦辉,朱晶,王晨光,Oligo基因芯片的异常值处理对有监督疾病分类的影响,中国生物医学工程学报,2008.27(1):69-75。(EI)
3.杨达,李强,郝晓峰,李崇前,吕莹丽,王栋,钟国才,张敏,郭政,根据基因功能与表达谱研究抑郁症大鼠的病理机制,高技术通讯,2007.17(5):529-534。(EI)
2.喻辉,郭政,李霞,屠康,与实验条件相关的基因功能模块聚类分析方法,生物物理学报,2004.20(3):225-232。(EI)
1.徐建震,郭政,李霞,李永进,刘帅,屠康,结合基因功能分类体系Gene Ontology筛选聚类特征基因,生物物理学报,2005.21(3):187-194。(EI)
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