学校现有省部共建教育部重点实验室1个，国家中医药管理局重点研究室3个，国家中医药管理局三级实验室10个，省重点实验室3个，省普通高等学校重点实验室4个，黑龙江省校企合作工程技术中心2个，科技部中医药国际科技合作基地1个，黑龙江省中医药国际科技合作基地1个，黑龙江省科技创新平台1个。“十五”以来，获得各级各类科研课题立项2070项，其中国家“973”项目4项、“863”项目1项；获得各级各类奖励566项，其中国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖6项、高等学校科学研究优秀成果奖（自然科学类）一等奖1项、高等学校科学研究优秀成果奖（科技进步类）一等奖1项、中国中西医结合学会科学技术奖一等奖3项、中华中医药科技进步一等奖2项、黑龙江省科学技术奖（自然科学类）一等奖4项、黑龙江省科学技术奖（科技进步类）一等奖5项，黑龙江省科学技术奖（技术发明类）一等奖1项。学校培养的博士撰写的论文分别于2008年和2012年获得教育部、国务院学位委员会“全国优秀博士学位论文”。在中药血清药物化学研究、中药天然药物药效物质基础研究方面处于国际先进水平，在方剂配伍规律、针灸作用机理研究和中医药治疗内科、妇科、肾病等重大疾病的临床研究方面处于国内领先水平。
　　学校附属第一医院（临床医学院）为国家中医临床研究基地建设单位、国家三级甲等医院、全国示范中医医院。学校附属第二医院（针灸推拿学院）是我省首家获得国家药物临床试验机构认定的中医院，为全国首批现代化中医院建设单位。两附院有国家级重点专科18个、省级重点专科23个。