中医基本理论研究所承担着研究院的大部分科研和研究生培养工作，也是中医药基本理论和中医药开发研制的重要基地。本研究室长期从事中医基础理论研究，并具有长期稳定的研究方向，如药效学、 毒理学（药物长期毒性、急性毒性研究）。对中医基础理论的特质、理论思维、研究现状、发展趋势和研究方法都具有一定的认识，已形成基础理论内涵和学术思想研究体系，并结合临床，研究中医辨证论治基本规律，为临床提供"理法方药"综合运用的方法和思路，以提高临床疗效为最终研究目标。在证候的病理生理基础研究方面也已形成特色，结合现代科学技术手段与证候动物模型，通过整体、器官组织、细胞、分子等层次，揭示中医证候的科学内涵。在病证相关性研究方面，对证候在疾病中的发生发展和演变的规律及症状与证候相关性进行研究。

　　本研究所现有科研人员5名，其中副研究员2名，助理研究员2名，研究实习员1名。40岁以下青年教师均具有博、硕士学位，学科队伍的职称、学历、年龄结构均较合理。

　　研究所拥有先进的仪器设备，现代化的技术手段，为中医药基本理论的提高升华，中医药现代化研究做出了突出贡献。研究所面积80m2，布局紧凑，结构合理，环境优越，具有良好的实验科研环境。并配有MK3酶标仪、XZ-4小鼠自主活动计数器、A-6半自动生化仪、四导生理记录仪、AL204电子天平、LBY-NU4血小板聚集仪等大中型仪器设备，总价值20余万元。 目前承担参与多项各级科研项目，其中科技部重大创新项目1项，黑龙江省攻关课题3项，黑龙江省中医管理局课题2项，黑龙江省教委课题1项，黑龙江中医药大学校基金1项；获黑龙江省政府科技进步三等奖1项，黑龙江省高校科学技术二等奖3项 ；出版著作2部；发表论文30余篇其中1篇被SCI收录。研究所现已对部分国内国外的科研机构和高等院校及高新技术企业实行开放并准备进一步接纳从事中医药基础理论科学研究的国内外科学家和专业技术人员来中药基本理论研究所进行客座教授、访问学者或专题研究等各种形式的科学研究工作。已有韩国、日本等国学者来我室进行过学术交流，为中医药作用研究与应用和世界接轨并走出国门打下基础