基本信息科学研究论文专著教育教学
基本信息


工作经历
1992年9月～1996年6月哈尔滨工业大学医院外科医师1996年6月～1997年6月日本名古屋市立大学病理研究员2003年3月～2006年12月日本东京农业大学发育生物学研究员2006年4月～至今哈尔滨工业大学发育生物学教授


教育经历
1987年9月～1992年7月哈尔滨医科大学临床医学学士1997年6月～1998年3月日本国立新泻大学生物研究生1998年4月～2000年3月日本国立新泻大学生体机能专攻硕士2000年4月～2003年3月日本国立新泻大学生物圈科学博士


研究领域
非编码RNA的功能分析

基于基因编辑技术的超级增强子功能研究

表观遗传学（基因组印记机制，DNA甲基化）

环境因素的表观遗传学效应及健康风险评价

奖项成果
2013年度 黑龙江省高校科学技术奖 一等奖
2013年度黑龙江省科学技术奖 三等奖（自然）

2017年度 黑龙江省高校科学技术奖 二等奖

2017年度 黑龙江省科学技术奖 二等奖（自然）

主要任职
中国细胞生物学学会 常务理事

中国动物学会细胞及分子显微技术学分会 常务理事

黑龙江省细胞生物学会秘书长

《Plos one》学术编辑

《哈尔滨工业大学学报》committee member

《生物技术》committee member

科研项目

项目名称Dlk1-Dio3印记区域内母本甲基化差异甲基化区Meg8-DMR的功能研究

项目来源国家自然基金面上项目

开始时间2018-01-01

结束时间2021-12-31

项目经费60

担任角色负责

项目类别纵向项目

项目状态进行中



项目名称mir-341、mir-1188、mir-370 在小鼠发育中的表达与调控机制的研究

项目来源国家自然科学基金

开始时间2010-01-01

结束时间2012-12-01

项目经费32

担任角色负责

项目类别纵向项目

项目状态完成



项目名称印记基因的机器学习方法预测及候选印记基因的实验鉴定 及功能分析

项目来源国家自然科学基金

开始时间2012-01-01

结束时间2015-12-01

项目经费55

担任角色负责

项目类别横向项目

项目状态完成



项目名称基于RNA-seq数据识别胚胎发育相关的lncRNA及新候选lncRNA的鉴定机功能研究

项目来源国家自然科学基金

开始时间2014-01-01

结束时间2017-12-01

项目经费80

担任角色负责

项目类别横向项目

项目状态完成



项目名称特定的转录因子重组蛋白诱导成纤维细胞直接重编程软骨细胞及其安全性的研究

项目来源国家自然科学基金

开始时间2013-01-01

结束时间2016-12-01

项目经费80

担任角色参与

项目类别横向项目

项目状态完成



项目名称长非编码RNA Rian/Irm在小鼠骨骼肌发育中的功能研究

项目来源国家自然科学基金

开始时间2013-01-01

结束时间2013-12-01

项目经费15

担任角色参与

项目类别横向项目

项目状态完成



项目名称小鼠1号染色体新印记基因的鉴定及差异甲基化区分析

项目来源国家自然科学基金(青年)

开始时间2012-01-01

结束时间2014-12-01

项目经费25

担任角色参与

项目类别横向项目

项目状态完成



项目名称DLK1-Dio3印记簇长非编码RNA在小鼠早期胚胎发育中的功能研究

项目来源国家自然科学基金（青年）

开始时间2013-01-01

结束时间2015-08-01

项目经费24

担任角色参与

项目类别横向项目

项目状态完成



项目名称小鼠锌指蛋白CTCF对印记表达的mir-341、 mir-118的调控机制的研究

项目来源国家自然科学基金（青年）

开始时间2012-01-01

结束时间2014-12-01

项目经费22

担任角色参与

项目类别横向项目

项目状态完成



项目名称关于改善重组蛋白质诱导iPS细胞效率的研究

项目来源国家自然科学基金

开始时间2011-01-01

结束时间2011-12-01

项目经费10

担任角色负责

项目类别纵向项目

项目状态完成



项目名称纳米二氧化硅（SiO2）对小鼠生殖系统的表观遗传学效应

项目来源黑龙江省自然科学基金

开始时间2012-10-01

结束时间2014-12-01

项目经费5

担任角色负责

项目类别横向项目

项目状态完成



项目名称小鼠12号染色体新印记基因的分离、印记鉴定及其DMR分析

项目来源黑龙江省自然科学基金

开始时间2011-01-01

结束时间2013-12-01

项目经费5

担任角色参与

项目类别横向项目

项目状态完成



项目名称 microRNA gene Mirg的表达与调控机制的研究

项目来源黑龙江省留学回国人员科技项目择优资助资金

开始时间2008-10-01

结束时间2011-12-01

项目经费5

担任角色负责

项目类别纵向项目

项目状态完成



项目名称印记基因Rian的表达与调控机制的研究

项目来源教育部留学归国人员科研启动基金

开始时间2008-08-01

结束时间2009-08-01

项目经费2.5

担任角色负责

项目类别纵向项目

项目状态完成



项目名称miR370在小鼠胚胎发育及肿瘤细胞中的功能研究

项目来源中国博士后科学基金

开始时间2012-01-01

结束时间2014-12-01

项目经费5

担任角色参与

项目类别横向项目

项目状态完成



项目名称环境雌激素对小鼠生殖系统的表观遗传学效应

项目来源国家重点实验室自主课题

开始时间2010-07-01

结束时间2012-06-01

项目经费10

担任角色负责

项目类别纵向项目

项目状态完成



研究领域
发育生物学表观遗传学研究方向及简要说明
1. 基因组的印记机制：主要研究哺乳动物的基因组的印记机制。包括CpG岛的预测及DNA甲基化分析；发育关联的新印记基因的预测、鉴定、分离及功能分析；通过转基因和基因敲除技术进行模式动物的制作，研究正常及孤雌生殖的发育机制等。
2. 非编码RNA的功能分析：分离鉴定控制哺乳动物生殖细胞、胚胎及其干细胞发育的非编码RNA；建立非编码RNA的功能研究教学平台，阐明一批关键非编码RNA在生殖发育、干细胞发育等过程中的控制网络和信号传导途径；筛选出潜在的药物靶点蛋白。
3. 基因编辑:主要研究内容是利用CRISPR技术，进行疾病关联基因、肿瘤特异性的超级增强子及发育关联的差异甲基化调控区等的编辑工作。并利用显微注射技术构建动物模型，研究其功能。
4. 环境激素的表观遗传学效应及健康风险评价: 主要研究由环境雌激素导致的小鼠生殖系统异常，并通过异常表达的基因，及其DNA甲基化、组蛋白乙酰化等表观遗传学分 析，以期探索环境雌激素所导致的生殖系统的表观遗传学改变。并对暴露人群的健康影响作出客观的评价。

团队成员
见研究室网页：http://202.97.205.78/wu

论文期刊

论文标题CpG_MPs: identification of CpG methylation patterns of genomic regions from high-throughput bisulfite sequencing data

作者 Su, Jianzhong, Yan, Haidan, Wei, Yanjun, Liu, Hongbo, Liu, Hui, Wang, Fang, Lv, Jie, Wu, Qiong, Zhang, Yan

期刊名称Nucleic Acids Research

期卷41(1), 201



论文标题Expression and Imprinting Analysis of AK044800, a Transcript from the Dlk1-Dio3 Imprinted Gene Cluster During Mouse Embryogenesi

作者Zhengbin Han, Qi Liu, Zhijun Huang, Wei Cui, Yijun Tian, Weili Yan, and Qiong Wu*

期刊名称Mol. Cells

期卷35, 1-10,



论文标题miR-370 is stage-specifically expressed during mouse embryonic 4 development and regulates Dnmt3a

作者Liu Qi, He Hongjuan, Gu Ning, Han Zhengbin, Xing Yanjiang, Zeng Tiebo, Huang Zhijun, Wu Qiong ？

期刊名称FEBS Letters

期卷587 (2013)



论文标题Genome-wide identification of Polycomb target genes in human embryonic 2 stem cells

作者Xue Xiao a, Zhe Li b, Hongbo Liu a, Jianzhong Su a, Fang Wang a, Xueting Wu a, Hui Liu a, 4 Qiong Wu c, Yan Zhang a

期刊名称GENE

期卷38149



论文标题Expression profile of mouse Mterfd2, a novel component of the mitochondrial transcription termination factor (MTERF) family.

作者Xu Q, Zhang F, He H, Xu S, Li K, Liu S, Li Y, Wu Q.*

期刊名称Genet Syst.

期卷86(4):269-



论文标题DiseaseMeth: a human disease methylation database

作者Jie Lv1,2, Hongbo Liu1, Jianzhong Su1, Xueting Wu1, Hui Liu1, Boyan Li1, Xue Xiao1,Fang Wang1, Qiong Wu2,* and Yan Zhang1,*

期刊名称NUCLEIC ACIDS RESEARCH

期卷40期: D1 页



论文标题Conservation of genomic imprinting at the NDN, MAGEL2 and MEST loci in pigs

作者Zhang FW, Han ZB, Deng CY, He HJ, Wu Q*

期刊名称Genes Genet Syst

期卷87(1):53-8



论文标题Expression patterns of ubiquitin conjugating enzyme UbcM2 during mouse embryonic development.

作者Xing Yanjiang, He Hongjuan, Gu Tiantian, Zhang Yan, Huang Zhijun, Wu Qiong*

期刊名称Gene expression

期卷15(4):163-



论文标题Expression of macro non-coding RNAs Meg8 and Irm in mouse embryonic development

作者Gu, Tiantian, He, Hongjuan, Han, Zhengbin, Zeng, Tiebo, Huang, Zhijun, Liu, Qi, Gu, Ning, Chen, Yan, Sugimoto, Kenkichi, Jiang

期刊名称Acta Histochemica



论文标题Spatiotemporal expression pattern of Mirg, an imprinted non-coding gene, during mouse embryogenesis.

作者Han Z, He H, Zhang F, Huang Z, Liu Z, Jiang H, Wu Q.*

期刊名称J Mol Histol.



论文标题Identification and Characterization of Long Non-coding RNAs Related to Mouse Embryonic Brain Development From Available Transcri

作者Jie Lv,Wei Cui,Hongbo Liu, Hongjuan He, Youcheng Xiu, Jing Guo, Hui Liu, Qi Liu, Tiebo Zeng, Yan Chen, Yan Zhang, Qiong Wu *

期刊名称Plos one

期卷接收



论文标题Expression analysis of AK003491, an imprinted noncoding RNA, during mouse development.

作者Zeng TB, He HJ, Zhang FW, Han ZB, Huang ZJ, Liu Q, Wu Q.*

期刊名称Genes Genet Syst.



论文标题Long non-coding RNA identification over mouse brain development by integrative modeling of chromatin and genomic features.

作者 Lv, Jie; Liu, Hongbo; Huang, Zhijun; Su, Jianzhong; He, Hongjuan; Xiu, Youcheng; Zhang, Yan..; Wu, Qiong*

期刊名称Nucleic Acids Research

期卷2013 Dec 1



论文标题Quantitative epigenetic co-variation in CpG islands and co-regulation of developmental genes

作者Hongbo Liu , Yanjun Chen , Jie Lv , Hui Liu , Rangfei Zhu , Jianzhong Su , Xiaojuan Liu , Yan Zhang, Qiong Wu*

期刊名称Scientific Reports

期卷已接收



论文标题Neural-specific expression of miR-344-3p during mouse embryonic development.

作者Liu Q, He H, Zeng T, Huang Z, Fan T, Wu Q*.

期刊名称J Mol Histol.

期卷[Epub ahea



论文标题Dynamic expression pattern of Pde4d and its relationship with CpG methylation in the promoter during mouse embryo development.

作者Huang Z, Han Z, Cui W, Zhang F, He H, Zeng T, Sugimoto K, Wu Q*

期刊名称Biochem Biophys Res Commun.

期卷2013 Nov 2



论文标题EpiDiff: Entropy-based quantitative identification of differential epigenetic modification regions from epigenomes.

作者Zhang Y, Su J, Yu D, Wu Q, Yan H.

期刊名称Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc.

期卷2013 Jul;2



论文标题Role of FGF10 on tumorigenesis by MS-K.

作者Sugimoto K, Yoshida S, Mashio Y, Toyota N, Xing Y, Xu H, Fujita Y, Huang Z, Touma M, Wu Q.

期刊名称Genes Cells.

期卷 [Epub ahe



论文标题DevMouse, the mouse developmental methylome database and analysis tools.

作者Liu H, Zhu R, Lv J, He H, Yang L, Huang Z, Su J, Zhang Y, Yu S, Wu Q*.

期刊名称Database (Oxford).

期卷2014:bat08



论文标题Spatiotemporal expression of retrogene-host pair Mcts2/H13 in mouse embryo, and Mcts2 has no influence on H13 transcription patt

作者Huang Z, Han Z, Zhang F, He H, Yu S, Wu Q*.

期刊名称Acta Histochem.

期卷2014 Mar;1



论文标题MetaImprint: an information repository of mammalian imprinted genes.

作者Wei Y, Su J, Liu H, Lv J, Wang F, Yan H, Wen Y, Liu H, Wu Q*, Zhang Y*.

期刊名称Development

期卷Epub ahead



论文标题Identification and characterization of long intergenic non-coding RNAs related to mouse liver development

作者Lv J, Huang Z, Liu H, Liu H, Cui W, Li B, He H, Guo J, Liu Q, Zhang Y, Wu Q.*

期刊名称Mol Genet Genomics.



论文标题Identification of 4438 novel lincRNAs involved in mouse pre-implantation embryonic development.

作者Lv J, Liu H, Yu S, Liu H, Cui W, Gao Y, Zheng T, Qin G, Guo J, Zeng T, Han Z, Zhang Y, Wu Q*

期刊名称Mol Genet Genomics

期卷290卷, pp 6



论文标题DNA methylation dynamics of a maternally methylated DMR in the mouse Dlk1-Dio3 domain.

作者Zeng TB, He HJ, Han ZB, Zhang FW, Huang ZJ, Liu Q, Cui W, Wu Q*.

期刊名称FEBS Lett.

期卷2014 Dec 2



论文标题MiR-1188 at the imprinted Dlk1-Dio3 domain acts as a tumor suppressor in hepatoma cells.

作者Cui W, Huang Z, He H, Gu N, Qin G, Lv J, Zheng T, Sugimoto K, Wu Q*.

期刊名称Mol Biol Cell.

期卷 26(8):141



论文标题Chromatin modifications and genomic contexts linked to dynamic DNA methylation patterns across human cell types.

作者Yan H, Zhang D, Liu H, Wei Y, Lv J, Wang F, Zhang C, Wu Q, Su J, Zhang Y.

期刊名称Sci Rep.

期卷2015 Feb 1



论文标题MicroRNA-137 upregulation increases bladder cancer cell proliferation and invasion by targeting PAQR3.

作者Xiu Y, Liu Z, Xia S, Jin C, Yin H, Zhao W, Wu Q*.

期刊名称PLoS One.

期卷2014 Oct 1



论文标题Expression patterns of long noncoding RNAs from Dlk1-Dio3 imprinted region and the potential mechanisms of Gtl2 activation durin

作者Han Z, Yu C, Tian Y, Zeng T, Cui W, Mager J, Wu Q*.

期刊名称Biochem Biophys Res Commun.

期卷2015 May 2



论文标题Preclinical optimization of a broad-spectrum anti-bladder cancer tri-drug regimen via the Feedback System Control (FSC) platform

作者Liu Q, Zhang C, Ding X, Deng H, Zhang D, Cui W, Xu H, Wang Y, Xu W, Lv L, Zhang H, He Y, Wu Q, Szyf M, Ho CM, Zhu J.

期刊名称Sci Rep.

期卷2015 Jun 1



论文标题Identification and Epigenetic Analysis of a Maternally Imprinted Gene Qpct.

作者Guo J, He H, Liu Q, Zhang F, Lv J, Zeng T, Gu N, Wu Q*

期刊名称Mol Cells.

期卷Epub ahead



论文标题Systematic identification and annotation of human methylation marks based on bisulfite sequencing methylomes reveals distinct ro

作者Liu H

期刊名称Nucleic Acids Res.

期卷2016 Jan 8



论文标题SEA: a super-enhancer archive.

作者Wei Y

期刊名称Nucleic Acids Res.

期卷2016 Jan 4



论文标题Inhibition of blood vessel formation in tumors by IL-18-polarized M1 macrophages.

作者Xing Y

期刊名称Genes Cells.

期卷2016 Jan 2



论文标题Aquaporin-1, a New Maternally Expressed Gene, Regulates Placental Development in the Mouse.

作者Guo J, He H, Liu H, Liu Q, Zhang L, Liu B, Sugimoto K, Wu Q*.

期刊名称Biol Reprod.

期卷Epub ahead of print



论文标题Target Delivery of a Novel Antitumor Organoplatinum(IV)-Substituted Polyoxometalate Complex for Safer

作者Sun T, Cui W, Yan M, Qin G, Guo W, Gu H, Liu S*, Wu Q*.

期刊名称Adv Mater.

期卷Epub ahead of print



论文标题Computational identification of putative lincRNAs in mouse embryonic stem cell.

作者Liu H, Lyu J, Liu H, Gao Y, Guo J, He H, Han Z, Zhang Y, Wu Q.

期刊名称Sci Rep.



论文标题Highly fluorescent hyperbranched BODIPY-based conjugated polymer dots for cellular imaging.

作者Du R, Cui S, Sun Z, Liu M, Zhang Y, Wu Q, Wu C, Guo F, Zhao L.

期刊名称Chem Commun (Camb).



论文标题Baicalin inhibits breast cancer development via inhibiting I？B kinase activation in vitro and in vivo

作者YANG GAO1*, HUI LIU1*, HONGZHI WANG2*, HAILONG HU1, HONGJUAN HE, NING GU, XIAO HAN, QIAN GUO, DONG LIU, SHUANG CUI, HONGJIANG SHAO, CHENGJUN JIN and QIONG WU*

期刊名称INTERNATIONAL JOURNAL OF ONCOLOGY

期卷53: 2727-2736



出版物

出版物名称小鼠发育生物学实验

作者主编：吴琼

出版时间,完成时间2015年12月

出版社哈尔滨工业大学出版社


讲授课程
生命科学导论创新研修课：印记基因的鉴定和功能分析生命科学基础与应用表观遗传学

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