1996年我所被农业部评为全国农业“百强研究所”，1997年被原国家科委确定为改革与发展重点研究所。2006年，在全国农业科研机构综合能力评估中，我所在全国排名第21位，在农业部直属科研机构中排名第8位，在全国水产行业和黑龙江省（含中直单位）均排名第1位。2003年我所被黑龙江省委省政府授予省级文明单位称号。2002年进入国家非营利性科研机构。自进入科技创新体系以来，综合实力得到了快速发展，已逐步建设成各类设施完善、科研仪器先进的现代化水产研究机构，在冷水性鱼类研究和鱼类生物工程育种方面处于国内领先地位。
　　目前我所按照“突出特色，保持优势，抓住机遇，加快发展”的建设思路，全所职工正以饱满的热情、拼搏的精神，为把黑龙江水产研究所建成“国际一流，国内领先”的水产科研机构而努力奋斗.