华北理工大学生命科学学院副教授宋小明（Dr.Xiaoming Song）
学习经历
2011.09-2015.07 南京农业大学园艺学院 (博士)
2009.09-2011.07 南京农业大学园艺学院 (硕士)
2005.09-2009.07 河北科技师范学院园艺园林系 (学士)

工作经历
2015.07-至今，华北理工大学生命科学学院生物信息系任职工作。
教学及指导研究生情况
主要讲授分子进化分析、生物数据分析、生物进化论、植物学和基因组学等课程，并指导本科和研究生相关的毕业设计及科研课题。
发表论文及著作
Publications (First or co-first author):
1. Song X, Ma X, Li C, Hu J, Yang Q, Wang T., et al. Comprehensive analyses of the BES1 gene family in Brassica napus and examination of their evolutionary pattern in representative species. BMC Genomics 2018，19:346.
2. Wang Z, Zhao K, Pan Y, Wang J, Song X, Ge W., et al. Genomic, expressional, protein-protein interactional analysis of Trihelix transcription factor genes in Setaria italia and inference of their evolutionary trajectory. BMC Genomics 2018,19: 665. (Co-first author).
3. Guo D, Song X, Yuan M, Wang Z, Ge W, Wang L, Wang J, Wang X. RNA-Seq Profiling Shows Divergent Gene Expression Patterns in Arabidopsis Grown under Different Densities. Frontiers in Plant Science 2017, 8(2001). (Co-first author).
4. Song X, Liu G, Huang Z, Duan W, Tan H, Li Y, Hou X. Temperature expression patterns of genes and their coexpression with LncRNAs revealed by RNA-Seq in non-heading Chinese cabbage. BMC genomics 2016, 17:297.
5. Song X, Wang J, Ma X, Li Y, Lei T, Wang L, Ge W, Guo D, Wang Z, Li C., et al. Origination, Expansion, Evolutionary Trajectory, and Expression Bias of AP2/ERF Superfamily in Brassica napus. Frontiers in plant science2016, 7:1186.
6. Song X, Duan W, Huang Z, Liu G, Wu P, Liu T, Li Y, Hou X. Comprehensive analysis of the flowering genes in Chinese cabbage and examination of evolutionary pattern of CO-like genes in plant kingdom. Scientific reports 2015, 5:14631.
7. Song X, Ge T, Li Y, Hou X. Genome-wide identification of SSR and SNP markers from the non-heading Chinese cabbage for comparative genomic analyses. BMC genomics2015, 16:328.
8. Duan W, Song X, Liu T, Huang Z, Ren J, Hou X, Du J, Li Y. Patterns of evolutionary conservation of ascorbic acid-related genes following whole-genome triplication in Brassica rapa. Genome biology and evolution2015, 7(1):299-313. (Co-first author)
9. Song X, Li Y, Liu T, Duan W, Huang Z, Wang L, Tan H, Hou X. Genes associated with agronomic traits in non-heading Chinese cabbage identified by expression profiling. BMC plant biology2014, 14:71.
10. Song X, Huang Z, Duan W, Ren J, Liu T, Li Y, Hou X. Genome-wide analysis of the bHLH transcription factor family in Chinese cabbage (Brassica rapa ssp. pekinensis). Molecular genetics and genomics2014, 289(1):77-91.
11. Song X, Liu T, Duan W, Ma Q, Ren J, Wang Z, Li Y, Hou X. Genome-wide analysis of the GRAS gene family in Chinese cabbage (Brassica rapa ssp. pekinensis). Genomics2014, 103(1):135-146.
12. Song X, Liu G, Duan W, Liu T, Huang Z, Ren J, Li Y, Hou X. Genome-wide identification, classification and expression analysis of the heat shock transcription factor family in Chinese cabbage. Molecular genetics and genomics2014, 289(4):541-551.
13. Liu T, Song X, Duan W, Huang Z, Liu G, Li Y, Hou X. Genome-Wide Analysis and Expression Patterns of NAC Transcription Factor Family Under Different Developmental Stages and Abiotic Stresses in Chinese Cabbage. Plant Mol Biol Rep2014, 32(5):1041-1056. (Co-first author)
14. Song X, Li Y, Hou X. Genome-wide analysis of the AP2/ERF transcription factor superfamily in Chinese cabbage (Brassica rapa ssp. pekinensis). BMC genomics2013, 14:573.


研究方向
研究方向为基因组学及生物信息学。主要从事比较基因组和功能基因组学研究，包括基因家族分析、全基因组关联分析和物种进化分析等。
1. 十字花科作物基因组测序及重测序分析。对十字花科相关作物进行基因组测序及重测序，鉴定出了数百万的SNP和大量的结构变异，并对十字花科作物的进化及群体结构进行了系统的研究。
2. 全基因组关联分析和基因组选择分析。自主开发并整合已有的软件，对十字花科作物进行全基因组关联和全基因组选择分析，发掘出大量与重要农艺性状相关的SNP位点和候选基因，为进一步的功能验证提供了可靠性极高的候选基因。
3. 转录组和表达谱数据分析。挖掘与十字花科作物不同生长发育时期、不同组织及不同 逆境胁迫处理下的基因表达模式，并构建LncRNA与mRNA基因的共表达调控网络，为功能基因组学提供丰富的数据资源。
4. 基因家族分析。对十字花科和其他重要的植物进行基因家族的研究，揭示基因家族在各个物种进化过程中的进化机制，探究全基因组加倍对基因家族丢失或扩增的影响。构建了基因家族分析流程，为快速的进行基因家族研究提供了便捷条件。
5. 组学数据库的搭建。对重要作物的组学数据以及重要的基因家族进行数据库的搭建，为科研人员提供简单、快捷的分析及查询平台。

项目成果
1.“大白菜耐热性LncRNAs的调控网络分析及功能研究”，国家自然科学基金项目，2019.01-2021.12，项目负责人。
2.“甘蓝型油菜基因组比对图谱的构建及Hsf基因家族的进化研究”，河北省高等学校青年拔尖人才计划项目，2018.01-2020.12，项目负责人。
3.“甘蓝BES1转录因子家族的起源、进化及表达分析”，河北省自然科学基金项目，2017.01-2019.12，项目负责人。
4.“甘蓝型油菜AP2/ERF基因家族的进化分析及耐寒关键基因的挖掘”，唐山市科技支撑计划项目，2015.12-2016.12，项目负责人。
5.“十字花科基因组比对图谱的构建及AP2/ERF基因家族的进化分析”，博士科研启动基金项目，2015.12-2018.12，项目负责人。

荣誉、获奖
1. 2016年博士毕业论文被评为江苏省百篇优秀博士毕业论文。
2. 2015年荣获南京市第十一届自然科学优秀学术论文二等奖。
社会工作

其他信息