科研布局上设有分子病毒学研究室、分析生物技术研究室、应用与环境微生物研究中心、中国病毒资源与信息中心和新发传染病研究中心。共设有34个研究学科组。拥有病毒学国家重点实验室（与武汉大学共建）、中-荷-法无脊椎动物病毒学联合开放实验室、HIV初筛实验室、中科院农业环境微生物学重点实验室、湖北省病毒疾病工程技术研究中心和中国病毒资源科学数据库等研究技术平台。科技支撑中心由大型设备分析测试中心、单抗实验室、实验动物中心、《中国病毒学》编辑部、网络信息中心组成。管理系统设置综合办公室、组织人事处、科研计划处、财务处和研究生处等五个职能部门。
　　“中国病毒资源与信息中心”拥有亚洲最大的病毒保藏库，保藏有各类病毒1300余株。创建了具有现代化展示手段的我国唯一的“中国病毒标本馆”，集学科性、特色性和科普性于一体，是第一批“全国青少年走进科学世界科技活动示范基地”。
　　武汉病毒所现有生物学博士后流动站1个，微生物学、生物化学与分子生物学2个博士学位授予点和2个硕士授予点。目前拥有在读研究生253人，其中博士生124人，硕士生129人。主办的《中国病毒学》是我国生物学医学核心期刊和病毒学权威刊物，长期被美国BA、CA等国内外文摘刊物和数据库收录。
　　武汉病毒研究所拥有一支以中青年为主体的高水平研究队伍。现有在职职工266人，其中科研岗位189人，拥有博士学位和硕士学位的科研人员的比例达到81%。中科院“百人计划”入选者15人，“国家杰出青年基金”获得者4人，国家“跨世纪百千万工程”第一、二层次人选3人。一批德才兼备的学科带头人脱颖而出，在国际学术舞台崭露头角。
　　武汉病毒研究所将秉承“求真务实、团结协作、勇于创新、追求卓越”的所风，在宁静、优美、和谐的科研环境中创造祖国科技事业的辉煌，努力为我国病毒学发展和国民经济建设做出更大的贡献。