计算机工程系成立于2000年6月，现拥有“计算机科学与技术”、“软件工程”、“通信工程”、“教育技术学”、“数字媒体”五个专业。“计算机科学与技术”专业源于广西工学院1987年的专科专业“计算机应用与维护”，1994年改为本科“计算机及应用”。1998年根据教育部关于本科生宽口径培养的精神，又调整为“计算机科学与技术”专业。“通信工程”专业设立于2002年9月，“教育技术学”专业原属学院教育技术系，后因学校内部院系调整于2004年9月合并到我系。软件工程源于应用技术学院2004年9月创办的应用本科专业“计算机科学与技术（软件工程）”，2006年9月划拨到我系。2007年底，我系申报的“数字媒体”专业获教育部审批，2008年开始招生。
　　
　　计算机工程系现有学生1260人，设5个专业教研室、一个计算机基础教学教研室，全系教职员工64人，专任教师46人，其中教授4名，副教授及高级工程师12名，博士、硕士共38名。

　　“计算机应用技术”学科2004年被确定为学校重点建设学科，通过多年来的建设，该学科形成较强的研发能力和较好的研究队伍。近5年来，发表学术论文300余篇，SCI、EI、ISTP收录20多篇，出版专著、教材10多部，获省部级科技进步奖1项及其它奖3项，专利4项，完成包括国家自然科学基金项目在内的省级及以上科研项目10余项。计算机工程系拥有7个实验室和一个实验实训中心，实验设备总值600多万元，实验室面积达1380平方米，另有90平方米供学科建设及科研专用。

　　计算机工程系向来坚持知识、能力、素养协调发展的人才培养目标，注重理论基础教学，增强自学后劲，加强实践环节，强化动手能力，培养学生创新精神，近年来为全国各省市的地方经济建设和社会发展输送了大量的高级应用技术人才。