基础课部成立于1984年，下设中医基础理论、中医诊断学、方剂学、医史文献与各家学说、解剖学与组织胚胎学、生理学、病理学、病原生物学与免疫学、生物学、生物化学、预防医学等11个教研室及1个医学基础实验教学中心。有《中医基础理论》、《中医诊断学》、《中医各家学说》、《医用生物学》、《方剂学》、5门省级精品课程；《病原微生物与寄生虫学》、《医学免疫学》、《》3门学院精品课程。中医基础理论、中医诊断学、方剂学、中医医史文献与各家学说及中西医结合基础5个学科分别于2003年和2005年被国务院学位办批准为硕士学位培养点，并从2004年开始招收硕士研究生，现有硕士生导师21人。

　　一、师资队伍

　　基础课部拥有一支思想素质好、学术水平高、结构比较合理的师资队伍。现有专任师师77人，其中教授 人，副教授 人，占39.47%；讲师29人，占38.16%；助教17人，占22.37%。具有博士、硕士以上学位教师41人，占55%，其中具有博士学位的教师3人，占专任教师总数的4%，具有硕士学位的38人, 占专任教师总数的51%。在职教师攻读博士5人、攻读硕士学位10人。实验技术人员15人，其中高级实验师1人，实验师4人，助理实验师8人，高级实验技工2人。我部教师中享受国务院政府特殊津贴专家1人，甘肃省政府参事2人，1人入选“甘肃省名中医”，1人入选甘肃“555”创新人才工程第二层次。78人次被评为全国、省级、院级先进个人，其中荣获全国首届“中医药传承特别贡献奖”及 “2005-2006年度全国社会服务工作突出贡献奖”各1人；2人分别荣获全国教科文卫体系统“优秀工会工作者”和全国优秀共青团干部；1人荣获甘肃省“老教授兴陇贡献奖”；1人荣获甘肃省优秀女科技工作者；3人荣获全省高校青年教师成才奖；1人荣获全省高等学校招生工作先进个人；1人荣获省优秀青年及省青年科技创新优秀奖。荣获甘肃省参事建议二等奖1项。1人被甘肃省教科文卫工会评为“甘肃省师德标兵”，2人被评为学院“师德先进个人”。

　　二、教学基础条件

　　基础课部所属医学基础实验教学中心是我院各专业本、专科学生及硕士研究生等基础医学实验教学的主要基地。总面积2629.2m2，其中实验教学用学生实验室28间，面积1960m2，实验教学辅助用房560 m2。200.00元以上教学仪器设备有1863台套，总价值359.5万元，其中800.00元以上教学仪器设备1126台套，价值331.5万元；完好率达95％以上。

　　三、课程建设与教学改革

　　基础课部一贯重视课程建设与教学改革。2005年和2006年系部组织各教研室对所承担的必修课程按照《甘肃中医学院课程指标体系评估方案》进行了自评自建，所有课程均达到合格标准，同时经过系部教学工作指导委员会评审，确定《中医基础理论》、《中医诊断学》、《方剂学》、《医用生物学》、《中医各家学说》、《微生物与寄生虫学》和《医学免疫学》7门课程为系部优秀课程，在此基础上，《方剂学》、《微生物与寄生虫学》和《医学免疫学》3门课程已被评为院级精品课程，《中医基础理论》、《中医诊断学》、《中医各家学说》》和《医用生物学》4门课程被评为省级精品课程。同时鼓励教师从事教学研究与教学改革，并积极申报教改项目。近年来，我部承担了“强化解剖学实验教学、建立人体标本馆”、“基础医学教学实验室功能性整合及运行体系的建立”、“病原生物学与免疫学实验考核体系的建立”等30项教学研究项目。荣获甘肃省教学成果1、2等奖各1项，
教育厅级教学成果奖3项，学院教学成果奖14项；撰写了教学管理和教学研究论文44篇，其中8篇在学院第1、2、3届教学改革与教学研究学术讨论会中进行大会交流。
基础课部广泛动员专业技术人员积极申报各级各类科研课题。2003-2006年，基础课部教师立项科研课题77项，通过省级鉴定课题41项，获奖11项；在国内外学术期刊发表科研论文203篇，编著出版科技专著、教材35部。