甘肃中医学院药学系始建于1985年。经过近三十年的建设，由最初的“中药学”专科专业发展为中药学、药物制剂、中草药栽培与鉴定三个本科专业，其中“中草药栽培与鉴定”专业为全国首次申报的教育部目录外专业，并于2008年成为国家特色专业建设点；2011年7月“药物制剂”专业又成为甘肃省高等学校特色专业建设点。中药学一级学科2004年批准为硕士学位授权点，2009年2月列为博士学位授权建设学科，2010年12月国家教育部批准新增中药学一级学科为专业硕士学位培养单位。
　　药学系现有中药学教研室、药理学教研室、中药炮制学教研室、中药药剂学教研室、中药化学教研室、中药鉴定学教研室、中药资源学教研室、药用植物栽培8个教研室和药学、生药学2个综合实验室。“中药鉴定学”为国家中医药管理局重点学科。“中药鉴定学”、“中药化学”为院级重点学科。“中药学” 、“中药化学”、“中药鉴定学”为省级精品课程，“药用植物学”、 “药用植物栽培学”、“中药药剂学”、“中药药理学”为院级精品课程。
　　药学系拥有一支梯队合理、教学经验丰富的高素质的师资队伍，硕士及以上学历教师达到65％以上，为高质量的人才培养提供了有力保障。
　　药学系将会进一步加大改革力度，提高教育教学质量，不断培养适应社会需求的高水平专业人才。