张锐

Submitted on 周一, 10/30/2017 - 20:50


性别
男

电子邮件
zhangrui3@mail.sysu.edu.cn

职称
教授

导师类型
博士生导师

学科方向
0710生物学-10生物化学与分子生物学
0710生物学-Z1生物信息学


研究方向
最新消息
本实验招收2021年生物信息学方向硕士生2名，欢迎感兴趣的学生联系和报考！
实验室2020度招聘博士后两名。详细信息请见：https://mp.weixin.qq.com/s/wF6pzAcbqp2TsTdLgi_uXQ
研究方向：RNA表观遗传学，基于RNA编辑的疾病治疗，生物信息学
了解基因表达调控机制的进化和功能对我们了解生物正常发育、物种内和物种间表型差异的遗传学基础、以及各种基因调控紊乱所导致的人类疾病有重大科学意义。动物转录后水平的基因调控机制中有两种重要的调控机制，分别是 RNA编辑和修饰（即RNA表观遗传调控）介导的调控机制。?我们实验室通过多种生物技术手段（包括高通量测序技术（high-throughput sequencing），生物信息学（bioinformatics）和分子细胞生物学(molecular and cell biology)的结合，以人、小鼠和果蝇为对象，揭示RNA表观遗传调控的进化，功能以及在器官发育和肿瘤发生发展中所起的作用。
致病基因突变主要通过破坏蛋白编码基因的剪切和蛋白结构功能。通过修复致病突变治疗疾病是当前生物医学研究急需解决的科学问题之一。目前针对特定位点突变导致的疾病主要从基因组水平（比如CRISPR/Cas9单碱基编辑系统）修复。CRISPR/Cas9系统可以直接从基因组水平修复突变位点，但这一系统在DNA和RNA水平都有脱靶效应，并且Cas9蛋白本身会刺激细胞免疫反应，极大的限制了其临床应用，靶向药物因为其开发难度。我们实验室致力于开发RNA层面的定点RNA编辑工具，用于修复致病突变修复。这一系统在RNA水平修复突变，具有可控和可逆性，不影响基因组稳定性，并且只导入RNA而非蛋白，不会诱导免疫反应，在科研和临床上比其他系统比如CRISPR/Cas9系统具有一系列优势性。
实验室也致力于建立和拓展新的实验技术（二代高通量测序技术相关的各类RNA研究技术）和相关生物信息学分析方法，以及基于三代测序计算（nanopore测序技术）的一系列计算分析方法，并探讨其在基于高通量功能筛选的神经细胞活性调控和各类神经系统疾病（智力发育迟缓、自闭症、抑郁症和精神分裂等疾病）研究中的应用。
研究生招生
?实验室欢迎热爱相关研究的优秀学生来了解其硕士和博士研究生招生计划。
?实验室的宗旨是：“Enjoy Science”。实验室的研究生培养目标是：瞄准有开拓性的研究课题，系统严密的训练科研能力(比如critical thinking，writing和presentation）。实验室会提供先进的科研实验条件，资助研究生参加国内外学术会议以开阔视野，跟国内外其他实验室相互合作，以使每一位研究生有机会作出第一流的研究工作，为他（她）们将来成为优秀科学家或者企业人才奠定基础、提供通道。
?实验室坚持宁缺勿滥的原则，鼓励和甄选最优秀的学生跟导师共同工作。实验室希望招收的学生要独立自主，热爱科学，对相关方向有强烈兴趣，对自己有较高的期望值。希望每一位有兴趣报考的同学能尽早与实验室联系，同时提交一份详细的简历和大学成绩单。
欢迎感兴趣报考的学生直接联系张锐教授（zhangrui3@mail.sysu.edu.cn），实验室地址：新港西路中山大学生物楼4楼420室。
实验室人员
特聘副研究员：宋玉龙
博士后：黄涛
科研助理：诸葛福艳
博士研究生：何修驹（中山大学），刘建恒（中山大学），陈婉颖（中山大学），付强（中山大学），赵天璇（兰州大学）
硕士研究生：罗慧 (吉林大学)，李文卿（中国农业大学），张钰森（中山大学）,曹勇（天津大学），孙远帆（兰州大学）
已毕业学生
李丽诗，赵雪泥，黄子超，杨文兵，章辉，史欣蕊
研究生获奖情况
陈婉颖：研究生国家奖学金，有害生物控制与资源利用国家重点实验室“杰出研究生”二等奖
李丽诗：有害生物控制与资源利用国家重点实验室“杰出研究生”一等奖
实验室activity见：


个人经历
中山大学“****”引进人才，理学博士，教授，博士生导师。 2003年毕业于四川大学生科院, 获学士学位。2009年于中科院昆明动物所获得博士学位，在宿兵研究员指导下研究小RNA的进化和功能。2009年-2011年期间分别在伦敦皇家学会会员Stephen Cohen教授和台湾中研院院士Chung-I Wu教授实验室从事小RNA进化领域研究工作。2011年-2015年在美国斯坦福大学医学院遗传系Jin Billy Li教授实验室做博士后，通过发展微流控技术、高通量测序相关高新生物技术研究RNA编辑的进化和功能。

讲授课程
Evolutionary Biology of Genes and Genomes,本科，逸仙学院
走进干细胞的世界/ Approaches to stem cells，本科生，公选课
进化基因组学，研究生，生科院

学术成就
目前已在Nature, Science, Nature Methods, Nature Genetics, Nature Structural & Molecular Biology,?Cancer Cell, Genome Research,? Genome biology等重要学术杂志发表多篇论文。荣获一系列科研奖项，包括Stanford Dean’s Fellowship，中国全国优秀博士学位论文提名奖，中科院优秀博士学位论文奖和中科院院长奖等。
担任Genome Research, Nature Communications, Trends in Genetics, PLOS Genetics, Molecular Biology and Evolution, Nucleic Acids Research等知名SCI期刊的审稿人，国自然基金评审人。

承担课题
中山大学****(2015-2017)
国家级人才项目(2015-2018)
国家自然基金面上项目(2016-2019)
国家自然基金重大计划培育项目(2017-2019)
珠江人才计划创新创业团队[子课题] (2017-2021)
广东省重大科技专项（前沿与关键技术创新方向）(2017-2019)
国家重点研发计划生殖健康及重大出生缺陷防控研究子课题 (2018-2020)
国家重点研发计划蛋白质机器与生命过程调控研究子课题 (2020-2025)

论文专著
11.?Jianheng Liu*, Tao Huang*,#, Yusen Zhang*, Tianxuan Zhao*, Xueni Zhao, Wanying Chen, Rui Zhang# (2021) Sequence- and structure-selective mRNA m5C methylation by NSUN6 in animals. National Science Review.
10.?Hui Zhang*, Qiang Fu*, Xinrui Shi*, Ziqing Pan, Wenbing Yang, Zichao Huang, Tian Tang, Xionglei He, Rui Zhang (2020) Human A-to-I RNA editing SNP loci are enriched in GWAS signals for autoimmune diseases and under balancing selection. Genome Biology. (2020) 21:288
9. Yulong Song*, Wenbing Yang*, Qiang Fu, Liang Wu, Xueni Zhao, Yusen Zhang, Rui Zhang?(2020) irCLASH reveals RNA substrates recognized by human ADARs. Nature Structural & Molecular Biology,??s41594-020-0398-4.??(同期评论文章：It takes two (and some distance) to tango: how ADARs join to edit RNA.?Nature Structural & Molecular Biology,?https://www.nature.com/articles/s41594-020-0411-y)
8. Yulong Song*, Lishi Li*, Wenbing Yang, Qiang Fu, Wanying Chen, Zeng Fang, Wen Li#, Nannan Gu#, Rui Zhang#. (2020) Sense-antisense miRNA pairs constitute an elaborate reciprocal regulatory circuit. Genome Research. doi:10.1101/gr.257121.119.
7. Hui Zhang*, Xinrui Shi*, Tao Huang*,#, Wanying, Chen, Nannan Gu, Rui Zhang#. (2020) Dynamic landscape and evolution of m6A methylation in human, Nucleic Acid Research. doi: 10.1093/nar/gkaa347.
6. Kun Liao, Shuye Deng, Liyan Xu, Wenfeng Pan, Shiyu Yang, Fufu Zheng, Xingui Wu, Hongrong Hu, Zhijun Liu, Junhang Luo, Rui Zhang, Dong-Ming Kuang, Jiajun Dong, Yi Wu, Hui Zhang, Penghui Zhou, Jin-Xin Bei, Yang Xu, Yin Ji, Peng Wang, Huai-Qiang Ju, Rui-Hua Xu, Bo Li (2020) A Feedback Circuitry between Polycomb Signaling and Fructose-1, 6-Bisphosphatase Enables Hepatic and Renal Tumorigenesis, Cancer Research. 10.1158/0008-5472.CAN-19-2060.
5. Tao Huang*, Wanying Chen*, Jianheng Liu*, Nannan Gu, Rui Zhang?(2019) Genome-wide identification of mRNA 5-methylcytosine in mammals. Nature Structural & Molecular Biology, 26, 380-388?(同期评论文章：Getting a hold on cytosine methylation in mRNA. Nature Structural & Molecular Biology 26, 339–340)
4. Lishi Li *, Yulong Song *, Xinrui Shi, Jianheng Liu, Shaolei Xiong, Wanying Chen, Qiang Fu, Zichao Huang, Nannan Gu#, Rui Zhang# (2018) The landscape of miRNA editing in animals and its impact on miRNA biogenesis and targeting. Genome Research.?28:?132-143
3. Rui Zhang*,#, Patricia Deng*, Dionna Jacobson, Jin Billy Li# (2017) Evolutionary analysis reveals regulatory and functional landscape of coding and non-coding RNA editing.?PLOS Genetics journal.pgen.**. (Highlighted by Science: The evolution of edited RNA transcripts http://science.sciencemag.org/content/355/6331/1278.4?)
2. Meng How Tan*, Qin Li*, et al. (2017) Dynamic landscape and regulation of RNA editing in mammals. Nature 550, pages 249–254
1. eGTEx Project (2017) Enhancing GTEx by bridging the gaps between genotype, gene expression, and disease. Nature Genetics 49(12):1664-1670
?
2015 and before:
19. Gokul Ramaswami *, Patricia Deng *, Rui Zhang, Mary Anne Carbone, Trudy F.C. Mackay, Li Jin Billy (2015) Genetic mapping uncovers cis-regulatory landscape of RNA editing. Nature Communications. 6:8194. doi: 10.1038/ncomms9194?
18. Leng Han*, Lixia Diao*, Shuangxing Yu*, Xiaoyan Xu*, et al (2015) The Genomic Landscape and Clinical Relevance of A-to-I RNA Editing in Human Cancers.?Cancer Cell 28 (4), 515–528?
17. Manuel A Rivas?et al?(2015) Effect of predicted protein-truncating genetic variants on the human transcriptome.?Science 348 (6235), 666-669?
16. Yael Baran et al. (2015) The landscape of genomic imprinting across diverse adult human tissues. Genome Research, gr. 192278.115?
15. Tomas Babak, Brian DeVeale,?Emily K Tsang, Yiqi Zhou,?Xin Li, Kevin S Smith, Kim R Kukurba, Rui Zhang, Jin Billy Li, Derek van der Kooy, Stephen B Montgomery and Hunter B Fraser (2015) Genetic conflict reflected in tissue-specific maps of genomic imprinting.? Nature Genetics 47 (5), 544-549?
14. Anne L. Sapiro, Patricia Deng, Rui Zhang, Jin Billy Li (2015) Cis regulatory effects on A-to-I RNA editing in related Drosophila species. Cell Reports, 11:697-703?
13. Guojing Liu*, Rui Zhang*, Jin Xu, Chung-I Wu and Xuemei Lu (2014) Functional conservation of both CDS- and 3’-UTR-located microRNA binding sites between species.??Mol Biol Evol doi: 10.1093/molbev/msu323?
12. Kimberly R. Kukurba, Rui Zhang, Xin Li, Kevin S. Smith, David A. Knowles, Meng How Tan, Robert Piskol, Monkol Lek, Michael Snyder, Daniel G. MacArthur, Jin Billy Li and Stephen B. Montgomery (2014) Allelic expression of deleterious protein-coding variants across human tissues.? PLOS Genetics? 10(5):e**.doi:10.1371/journal.pgen.**?
11. Rui Zhang, Xin Li, Gokul Ramaswami, Kevin S Smith, Gustavo Turecki, Stephen B Montgomery and Jin Billy Li (2014) Quantifying RNA allelic ratios by microfluidic multiplex PCR and sequencing. Nature Methods 11:51–54?
10.? Xin Hong, Hung Thanh Nguyen, Qingfeng Chen, Rui Zhang, Zandra Hagman, P Mathijs and Stephen Cohen (2014) Opposing activities of the Ras and Hippo pathways converge on regulation of YAP protein turnover. EMBO Journal, DOI: 10.15252/embj.?
9. Lily Bazak, Ami Haviv, Michal Barak, Jasmine Jacob-Hirsch, Patricia Deng, Rui Zhang, Farren J Isaacs, Gideon Rechavi, Jin Billy Li, Eli Eisenberg and Erez Y Levanon (2013) A-to-I RNA editing occurs at over a hundred million genomic sites, located in a majority of human genes.?Genome Res doi:10.1101/gr.164749.113?
8. Jin Xu*, Rui Zhang*, Yang Shen, Guojing Liu, Xuemei Lu and Chung-I Wu (2013) The evolution of evolvability in microRNA target sites in vertebrates. Genome Res 23:1810-1816?
7. Gokul Ramaswami*, Rui Zhang*, Robert Piskol, Liam P Keegan, Patricia Deng, Mary A O'Connell and Jin Billy Li (2013) Identifying RNA editing sites using RNA sequencing data alone. Nature Methods 10:128–132?
6. Yang Shen, Yang Lv, Lei Huang, Wensheng Liu, Ming Wen, Tian Tang, Rui Zhang, Eric Hungate, Suhua Shi and Chung-I Wu (2011) Testing hypotheses on the rate of molecular evolution in relation to gene expression using microRNAs. PNAS 108:15942-15947?
5. Wanzhong Ge, Yawen Chen, Ruifen Weng, Singfee Lim, Marita Buescher, Rui Zhang and Stephen M. Cohen (2011) Overlapping functions of microRNAs in control of apoptosis during Drosophila embryogenesis. Cell Death Differ 19:839-846?
4. Xiaodong Fang*, Yanfeng Zhang*, Rui Zhang*, Lixin Yang, Ming Li, Kaixiong Ye, Xiaosen Guo, Jun Wang and Bing Su (2011) Genome sequence and global sequence variation map with 5.5 million SNPs in Chinese rhesus macaque. Genome Biol 12:R63?
3. Rui Zhang, and Bing Su (2008) MicroRNA regulation and the variability of human cortical gene expression. Nucleic Acids Res 36:4621-4628?
2. Rui Zhang, Yinqiu Wang and Bing Su (2008) Molecular evolution of a primate-specific microRNA family. Mol Biol Evol 25:1493-1502?
1. Rui Zhang, Yi Peng, Wen Wang and Bing Su (2007) Rapid evolution of an X-linked microRNA cluster in primates. Genome Res 17:612-617?
*Co-first authors
#Co-corresponding authors