个人简介：?????? 现任中山大学医学院教授，博士生导师。在中山大学生命科学学院，于2006本科毕业，2011年获得博士学位。2011年至2015年在美国密歇根大学张建之教授实验室，从事博士后研究工作。2015年底获聘中山大学“****”引进人才，并于2016年初入选国家高层次引进人才青年项目。
?????? 目前以（共同）第一作者或通讯作者的身份发表具有高影响力的学术论文多篇，分别刊登在Science 、Nature Genetics 、Nat.Ecol.Evol.、Mol. Biol. Evol.?(5篇)、Genome Biology 、Genome Research 、PNAS、Cell Systems、Genom.Proteom.Bioinf. 、J Genet.Genomics.等杂志。
?????? 研究兴趣集中在运用高通量测序技术研究关键的生物学基础问题，重点围绕基因组染色体这一重要的生物学研究对象，对基因组位置与结构调控基因突变、基因表达，细胞表型和表型异质性的机制和演化规律进行一系列科学研究。
导????师：博士导师
学科专业：基础医学专业 分子医学方向 遗传方向
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重要学术研究成果与贡献：????? ?本人利用了传统的基因技术，结合测量基因组、转录组、蛋白质组、表观遗传学数据、基因组三维空间数据等高通量测序技术，以及计算建模等生物信息学方法，在分子水平对最基本的生物学问题进行研究与解释。目前在以下三个主要方面，取得了突破性的进展：
???? ?? 1、基因组位置与结构影响基因突变率。突变是所有生物无可避免的最基本的生命事件，长期以来生物学家对其发生的规律和机制进行了大量的研究。本人从基因组位置的角度出发，从以下三个方面，核小体覆盖度水平、DNA的转录水平以及新生RNA的折叠水平，对影响突变率的非随机因素进行了系列的研究。由于被突变所产生的遗传变异，能通过自然选择等分子进化过程，引起生物性状的演化。上述研究提示从突变和适应度的角度，研究实现蛋白质序列进化模式，将能为研究病原微生物的流行性与耐药性的演化过程提供崭新的技术与理论基础。
?????? ?2、性染色体连锁基因的表达具有剂量效应。由于哺乳动物的Y染色体退化，X连锁基因与常染色体基因之间出现了基因拷贝数的剂量失衡。1967年国际知名生物学家Ohno提出假设，X连锁基因的表达量必须提高两倍才能与常染色体基因达到表达平衡。为了精确检验上述假设，本人从单倍体、单细胞、多物种等进行了多角度研究。这些原创的研究成果是对性染色体剂量补偿效应的全新认识，为性染色体的起源与演化的学科发展提出了崭新的研究思路和研究方向。
?????? ?3、位置效应及其外部性影响基因表达和细胞适应性。一个基因改变了基因组（即使是在同一染色体上）的位置，它的表达和表型也会发生变化，这一现象称为位置效应。目前对位置效应的研究已超过100年，但是基因组水平上的相关证据还存在缺陷；并且目前还没有研究报道位置效应与邻近位置的相互关系，这里称为位置效应的外部性。因此申请人重新对位置效应及其外部性进行了精确测定，并发现位置效应能够控制染色体空间结构的形成，位置效应的外部性甚至能对外源基因和宿主的命运产生影响。这些结果为基因工程的改良奠定了基础，同时提示病毒整合入宿主基因组的位置鉴定将对了解病理程度和预期治疗效果具有重要的指导意义。
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学术论著：26.??? Gui Q*，Deng S*，Zhou Z，Cai W，Zhang X，Shi W，Cai X，Jiang W, Cui Z, Hu Z# and Chen X#. Transcriptome Analysis in Yeast Reveals the Externality of Position Effects.Mol. Biol. Evol.(In press)
25.??? Yu G, Zhu H, Chen X# and Yang JR#. Specificity of RNA Folding and its Association with Evolutionarily Adaptive mRNA Secondary Structures. Genom Proteom Bioinf. 2021 Feb.
24.??? Mo N, Zhang X, Shi W, Yu G, Chen X # and Yang J#. Bidirectional genetic control of phenotypic heterogeneity and its implication for cancer drug resistance. Mol Biol Evol. 2020 Dec.
23.??? Chen J, Wang M, He X, Yang J# and Chen X #. The Evolution of Sex Chromosome Dosage Compensation in Animals. J Genet Genomics. 2020 Nov.
22.???? Yuan M, Yang X, Lin J, Cao X, Chen F, Zhang X, Li Z, Zheng G, Wang X, Chen X # and Yang J#. Alignment of Cell Lineage Trees Elucidates Genetic Programs for the Development and Evolution of Cell Types. iScience. 2020 Jul.
21.?????Liu L, Wang Y, Zhang D, Chen Z, Chen X, Su Z and He X. The Origin of additive genetic variance driven by positive selection. Mol Biol Evol. 2020 Apr.
20.?????Chen F, Wu P, Deng S, Zhang H, Hou Y, Hu Z, Zhang J#, Chen X# and Yang JR#. Dissimilation of synonymous codon usage bias in virus-host coevolution due to translational selection. Nat Ecol Evol. 2020 Mar.
19.?????Yang JR# and Chen X#. Dosage sensitivity of X-linked genes in human embryonic single cells. BMC genomics. 2019 Jan.
18.?????Duan C*, Huan Q*, Chen X*, Wu S, Carey LB, He X and Qian W. Reduced intrinsic DNA curvature leads to increased mutation rate. Genome Biol. 2018 Sep. (*Co-first authors)
17.?????Chen X,?Zhang J. The X to autosome expression ratio in haploid and diploid human embryonic stem cells.?Mol Biol Evol. 2016 Sep.
16.?????Chen X, Zhang J. The genomic landscape of position effects on protein expression level and noise in yeast.?Cell Syst. 2016 May.
15.?????Chen X, Yang JR, Zhang J. Nascent RNA folding mitigates transcription associated mutagenesis.?Genome Res. 2015 Oct.
14.?????Chen X, Zhang J. No X-chromosome dosage compensation in human proteomes.?Mol Biol Evol. 2015 Feb.
13.?????Chen X, Zhang J. Mutation accumulation experiment supports elevated mutation rates at highly transcribed sites. (Letter to Editor)?PNAS. 2014 Sep.
12.?????Yang JR,?Chen X, Zhang J. Codon-by-codon modulation of translational speed and accuracy via mRNA folding.?PLoS Biol. 2014 Jul.
11.?????Chen X, Zhang J. Why Are Genes Encoded on the Lagging Strand of the Bacterial Genome??Genome Biol Evol. 2013 Nov.
10.?????Chen X, Zhang J. No Gene-Specific Optimization of Mutation Rate in Escherichia coli.?Mol Biol Evol.?2013 Mar.
9.?????Park C,?Chen X, Yang JR, Zhang J. Differential requirements for mRNA folding partially explain why highly expressed proteins evolve slowly.?PNAS. 2013 Feb.
8.?????Chen X, Zhang J. The ortholog conjecture is untestable by the current Gene Ontology but is supported by RNA sequencing data.?PLoS Comput Biol. 2012 Nov.
7.?????Chen X, Chen Z, Chen H, Su Z, Yang J, Shi S, He X. Nucleosomes suppress spontaneous mutations base-specifically in eukaryotes.?Science. 2012 Mar.
6.?????He X,?Chen X, Xiong Y, Chen Z, Wang X, Shi S, Wang X, Zhang J. He et al. reply.?Nat Genet. 2011 Nov.
5.?????Yang G, Zhou R, Tang T,?Chen X, Ouyang J, He L, Li W, Chen S, Guo M, Li X, Zhong C, Shi S. Gene expression profiles in response to salt stress in Hibiscus tiliaceus.?Plant Mol Biol Rep.?2011 Sep.
4.?????Yang G,?Chen X, Tang T, Zhou R, Chen S, Li W, Ouyang J , He L, Shi S. Comparative genomics of two ecologically differential populations of Hibiscus tiliaceus under salt stress.?Funct Plant Biol.?2011 Mar.
3.?????Xiong Y*,?Chen X*, Chen Z, Wang X, Shi S, Wang X, Zhang J, He X. RNA sequencing shows no dosage compensation of the active X-chromosome.?Nat Genet.?2010 Dec. (*Co-first authors)
2.?????Chen X, Shi S, He X. Evidence for gene length as a determinant of gene coexpression in protein complexes.?Genetics. 2009 Oct.
1.?????Zhou R, Zeng K, Wu W,?Chen X, Yang Z, Shi S, Wu CI. Population genetics of speciation in nonmodel organisms: I. Ancestral polymorphism in mangroves.?Mol Biol Evol.?2007 Dec.
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获奖及荣誉：中山大学“****”引进人才项目，项目负责人（项目经费300万，2016.07-2018.12）
国家高层次引进人才青年项目，项目负责人（项目经费300万，2017.01-2019.12）
国家高层次引进人才青年项目广东省配套经费，项目负责人（项目经费50万，2017.10-2020.12）
国家重点研发计划《组织干细胞突变的形成和演化规律研究》项目，子课题负责人（课题经费678万，2017.07-2021.12）
国家自然科学基金面上项目，项目负责人（项目经费60万，2018.01-2021.12）
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