姓名：张锐
性别：男
电子邮件：zhangrui3@mail.sysu.edu.cn
职称：教授
导师类型：博士生导师
学科方向
0710生物学-09细胞生物学
0710生物学-10生物化学与分子生物学
0710生物学-Z1生物信息学
研究方向
RNA表观遗传学，生物信息学，比较基因组学
个人经历
?????? 中山大学“****”引进人才，理学博士，教授，博士生导师。
?????? 2003年毕业于四川大学生科院, 获学士学位。2009年于中科院昆明动物所获得博士学位，在宿兵研究员指导下研究小RNA的进化和功能。
?????? 2009年-2011年期间分别在伦敦皇家学会会员Stephen Cohen教授和台湾中研院院士Chung-I Wu教授实验室从事小RNA进化领域研究工作。
?????? 2011年-2015年在美国斯坦福大学医学院遗传系Jin Billy Li教授实验室做博士后，通过发展微流控技术、高通量测序相关高新生物技术研究RNA编辑的进化和功能。
讲授课程
Evolutionary Biology of Genes and Genomes,本科，逸仙学院
走进干细胞的世界/ Approaches to stem cells，本科生，公选课
进化基因组学，研究生，生科院
学术成就
目前已在Nature, Science, Nature Methods, Nature Genetics, Cancer Cell, Genome Research, Nature Communications, PNAS, Cell Reports, PLOS Genetics, The EMBO Journal, Genome biology, Molecular Biology and Evolution, Nucleic Acids Research等重要学术杂志发表多篇论文。荣获一系列科研奖项，包括Stanford Dean’s Fellowship，中国全国优秀博士学位论文提名奖，中科院优秀博士学位论文奖和中科院院长奖等。
担任Genome Research, Nature Communications, Trends in Genetics, PLOS Genetics, Molecular Biology and Evolution, Nucleic Acids Research等知名SCI期刊的审稿人，国自然基金评审人。
实验室简介
?实验室的主要研究方向是动物中RNA编辑和修饰介导的表观遗传调控体系。实验室通过多种生物技术手段（包括高通量测序技术（high-throughput sequencing），生物信息学（bioinformatics）和分子细胞生物学(molecular and cell biology)的结合，以人、小鼠和果蝇为对象，揭示这些基因调控机制的进化，正常功能以及在肿瘤发生发展中所起的作用。
实验室也致力于建立和拓展新的实验技术（高通量测序技术相关技术）和生物信息学方法，用于肿瘤和药物基因组学相关的临床检验。
实验室目前已建立起与Stanford多个实验室，基于高通量测序的疾病检测公司的合作关系。
博士后/特聘副研究员招聘
?????? 实验室常年招聘RNA生物学/进化生物学/生物信息学方向博士后或者特聘副研究员。要求为已获得或短期内可获得生物学、生物信息学等相关专业博士学位，以及有独立从事课题研究的能力，具有强烈的研究兴趣，良好的合作与团队精神。合同为年薪制，年薪23至30万。欢迎感兴趣的学生直接联系张锐教授。（zhangrui3@mail.sysu.edu.cn）。
研究生招生
?????? 实验室欢迎热爱相关研究的优秀学生来了解其硕士和博士研究生招生计划。
?????? 实验室的宗旨是：“Enjoy Science”。实验室的研究生培养目标是：瞄准有开拓性的研究课题，系统严密的训练科研能力(比如critical thinking，writing和presentation）。实验室会提供先进的科研实验条件，资助研究生参加国内外学术会议以开阔视野，跟国内外其他实验室相互合作，以使每一位研究生有机会作出第一流的研究工作，为他（她）们将来成为优秀科学家或者企业人才奠定基础、提供通道。
?????? 实验室会对每一个学生都实行高投入的政策，因此，将坚持宁缺勿滥的原则，鼓励和甄选最优秀的学生跟导师共同工作。实验室希望招收的学生要独立自主，热爱科学，对相关方向有强烈兴趣，对自己有较高的期望值。希望每一位有兴趣报考的同学能尽早与实验室联系，同时提交一份详细的简历和大学成绩单。此后，双方将进行进一步的交流，经过讨论发现有共同的科研兴趣和方向后再报考。
?????? 此外，实验室还将为研究生提供优良的生活待遇。
?????? 欢迎感兴趣报考的学生直接联系张锐教授（zhangrui3@mail.sysu.edu.cn）。
实验室人员
特聘副研究员：宋玉龙，黄涛
客座特聘副研究员：顾南南
科研助理：诸葛福艳
博士研究生：李丽诗，杨文兵，章辉，史欣蕊，何修驹，刘建恒，陈婉颖，付强
硕士研究生：赵雪泥，赵天璇，黄子超
本科实习生：潘子晴，李新成
承担课题
国家自然基金面上项目(2016 – 2019)，60万
国家自然基金重大计划培育项目(2017 – 2019)，100万
珠江人才计划创新创业团队[五个课题组] (2017 – 2021)，2000万
广东省重大科技专项（前沿与关键技术创新方向）(2017-2019)，300万
国家重点研发计划生殖健康及重大出生缺陷防控研究子课题 (2018-2020)，210万
论文专著
21. Lishi Li *, Yulong Song *, Xinrui Shi, Jianheng Liu, Shaolei Xiong, Wanying Chen, Qiang Fu, Zichao Huang, Nannan Gu#, Rui Zhang# The landscape of miRNA editing in animals and its impact on miRNA biogenesis and targeting. (2017) Genome Research (IF = 14.6).
20. Rui Zhang*,#, Patricia Deng*, Dionna Jacobson, Jin Billy Li# (2017) Evolutionary analysis reveals regulatory and functional landscape of coding and non-coding RNA editing PLOS Genetics http://dx.doi.org/10.1371/journal.pgen.** (IF = 7.5)
Highlighted by Science: The evolution of edited RNA transcripts http://science.sciencemag.org/content/355/6331/1278.4
19. Gokul Ramaswami *, Patricia Deng *, Rui Zhang, Mary Anne Carbone, Trudy F.C. Mackay, Li Jin Billy (2015) Genetic mapping uncovers cis-regulatory landscape of RNA editing. Nature Communications. 6:8194. doi: 10.1038/ncomms9194 (IF = 11.5)
18. Leng Han*, Lixia Diao*, Shuangxing Yu*, Xiaoyan Xu*, Jie Li, Rui Zhang, Yang Yang, Henrica M.J. Werner, Karina A. Eterovic, Yuan Yuan, Jun Li, Nikitha Nair, Rosalba Minelli, Yiu-Huen Tsang, Lydia W.T. Cheung, Kang Jin Jeong, Jason Roszik, Zhenlin Ju, Scott Woodman, Yiling Lu, Kenneth L. Scott, Jin Billy Li , Gordon B. Mills, Han Liang (2015) The Genomic Landscape and Clinical Relevance of A-to-I RNA Editing in Human Cancers Cancer Cell 28 (4), 515–528? (IF = 23.5)
17. Manuel A Rivas, Matti Pirinen, Donald F Conrad, Monkol Lek, Emily K Tsang, Konrad J Karczewski, Julian B Maller, Kimberly R Kukurba, David S DeLuca, Menachem Fromer, Pedro G Ferreira, Kevin S Smith, Rui Zhang, Fengmei Zhao, Eric Banks, Ryan Poplin, Douglas M Ruderfer, Shaun M Purcell, Taru Tukiainen, Eric V Minikel, Peter D Stenson, David N Cooper, Katharine H Huang, Timothy J Sullivan, Jared Nedzel, Carlos D Bustamante, Jin Billy Li, Mark J Daly, Roderic Guigo, Peter Donnelly, Kristin Ardlie, Michael Sammeth, Emmanouil T Dermitzakis, Mark I McCarthy, Stephen B Montgomery, Tuuli Lappalainen, Daniel G MacArthur (2015) Effect of predicted protein-truncating genetic variants on the human transcriptome Science 348 (6235), 666-669 (IF = 33.6)
16. Yael Baran, Meena Subramaniam, Anne Biton, Taru Tukiainen, Emily K Tsang, Manuel A Rivas, Matti Pirinen, Maria Gutierrez-Arcelus, Kevin S Smith, Kim R Kukurba, Rui Zhang, Celeste Eng, Dara G Torgerson, Cydney Urbanek, Jin Billy Li, Jose R Rodriguez-Santana, Esteban G Burchard, Max A Seibold, Daniel G MacArthur, Stephen B Montgomery, Noah A Zaitlen, Tuuli Lappalainen (2015) The landscape of genomic imprinting across diverse adult human tissues Genome Research, gr. 192278.115 (IF = 14.6)
15. Tomas Babak, Brian DeVeale,?Emily K Tsang, Yiqi Zhou,?Xin Li, Kevin S Smith, Kim R Kukurba, Rui Zhang, Jin Billy Li, Derek van der Kooy, Stephen B Montgomery and Hunter B Fraser (2015) Genetic conflict reflected in tissue-specific maps of genomic imprinting? Nature Genetics 47 (5), 544-549 (IF = 29.3)
14. Anne L. Sapiro, Patricia Deng, Rui Zhang, Jin Billy Li (2015) Cis regulatory effects on A-to-I RNA editing in related Drosophila species. Cell Reports, 11:697-703 (IF = 8.3)
13. Guojing Liu*, Rui Zhang*, Jin Xu, Chung-I Wu and Xuemei Lu (2014) Functional conservation of both CDS- and 3’-UTR-located microRNA binding sites between species? Mol Biol Evol doi: 10.1093/molbev/msu323 (IF = 9.1)
12. Kimberly R. Kukurba, Rui Zhang, Xin Li, Kevin S. Smith, David A. Knowles, Meng How Tan, Robert Piskol, Monkol Lek, Michael Snyder, Daniel G. MacArthur, Jin Billy Li and Stephen B. Montgomery (2014) Allelic expression of deleterious protein-coding variants across human tissues? PLOS Genetics? 10(5):e**.doi:10.1371/journal.pgen.** (IF = 7.5)
11. Rui Zhang, Xin Li, Gokul Ramaswami, Kevin S Smith, Gustavo Turecki, Stephen B Montgomery and Jin Billy Li (2014) Quantifying RNA allelic ratios by microfluidic multiplex PCR and sequencing. Nature Methods 11:51–54 (IF = 32)
10.? Xin Hong, Hung Thanh Nguyen, Qingfeng Chen, Rui Zhang, Zandra Hagman, P Mathijs and Stephen Cohen (2014) Opposing activities of the Ras and Hippo pathways converge on regulation of YAP protein turnover. EMBO Journal, DOI: 10.15252/embj. (IF = 10.4)
9. Lily Bazak, Ami Haviv, Michal Barak, Jasmine Jacob-Hirsch, Patricia Deng, Rui Zhang, Farren J Isaacs, Gideon Rechavi, Jin Billy Li, Eli Eisenberg and Erez Y Levanon (2013) A-to-I RNA editing occurs at over a hundred million genomic sites, located in a majority of human genes Genome Res doi:10.1101/gr.164749.113 (IF = 14.6)
8. Jin Xu*, Rui Zhang*, Yang Shen, Guojing Liu, Xuemei Lu and Chung-I Wu (2013) The evolution of evolvability in microRNA target sites in vertebrates. Genome Res 23:1810-1816 (IF = 14.6)
7. Gokul Ramaswami*, Rui Zhang*, Robert Piskol, Liam P Keegan, Patricia Deng, Mary A O'Connell and Jin Billy Li (2013) Identifying RNA editing sites using RNA sequencing data alone. Nature Methods 10:128–132 (IF = 32)
6. Yang Shen, Yang Lv, Lei Huang, Wensheng Liu, Ming Wen, Tian Tang, Rui Zhang, Eric Hungate, Suhua Shi and Chung-I Wu (2011) Testing hypotheses on the rate of molecular evolution in relation to gene expression using microRNAs. PNAS 108:15942-15947 (IF = 9.2)
5. Wanzhong Ge, Yawen Chen, Ruifen Weng, Singfee Lim, Marita Buescher, Rui Zhang and Stephen M. Cohen (2011) Overlapping functions of microRNAs in control of apoptosis during Drosophila embryogenesis. Cell Death Differ 19:839-846 (IF = 8.2)
4. Xiaodong Fang*, Yanfeng Zhang*, Rui Zhang*, Lixin Yang, Ming Li, Kaixiong Ye, Xiaosen Guo, Jun Wang and Bing Su (2011) Genome sequence and global sequence variation map with 5.5 million SNPs in Chinese rhesus macaque. Genome Biol 12:R63 (IF = 10.8)
3. Rui Zhang, and Bing Su (2008) MicroRNA regulation and the variability of human cortical gene expression. Nucleic Acids Res 36:4621-4628 (IF = 9.1)
2. Rui Zhang, Yinqiu Wang and Bing Su (2008) Molecular evolution of a primate-specific microRNA family. Mol Biol Evol 25:1493-1502 (IF = 9.1)
1. Rui Zhang, Yi Peng, Wen Wang and Bing Su (2007) Rapid evolution of an X-linked microRNA cluster in primates. Genome Res 17:612-617 (IF = 14.6)
*Co-first authors
#Co-corresponding authors