高等教育研究所成立于1986年，是广东省最早的两个以高等教育为研究对象的研究机构之一。1994年9月至2003年12月，著名教育家潘懋元教授作为本学科的带头人和名誉所长，为汕头大学高等教育学学科建设倾注了大量的精力。1995年起，与厦门大学联合培养高等教育学硕士研究生，1997年成为高等教育学硕士授权点。

学科建设不断深化并已逐步形成特色，大学课程与教学研究在国内居于领先地位；作为国内最早开展民办高等教育研究的学科点，也对我国民办高等教育的研究起到了积极的推动作用。目前，在依托单位高等教育研究所的基础上，拓展研究领域，将教育经济与管理研究中心、公共管理学系、人力资源开发与管理中心、大学生心理卫生中心、基础医学（医学教育）博士后流动站等学术与咨询机构进行整合，共同进行研究和研究生的培养，已形成一个多学科研究高等教育的格局。学科水平在广东省始终位于前列，是广东省重要的高等教育研究基地和高等教育研究人才的培养基地。

本学科本着“立足广东，面向全国，密切联系东南亚和港澳台，加强队伍建设，重视人才培养，激励科学研究，促进学术交流”的指导思想，已形成以大学课程与教学理论及管理为主干，以多元办学体制与民办高等教育、高等教育政策与社会发展、认知心理学与心理学咨询等为支撑的高等教育学学科研究方向。现有教授（研究员）9名，形成了以学术带头人、研究骨干、主要研究合作者、稳定的学术交流合作单位和硕士研究生参与的学科梯队。与厦门大学、华中科技大学、香港大学、香港中文大学等海内外名校的学术机构有广泛而深入的合作。已完成各级学科科研课题30多项，其中国家级课题7项，部委级11项，省厅级15项，获得省级以上奖励20余项。