导师姓名
魏彦杰
性别
男
职称
副研究员
专业名称
计算生物/生物信息
导师类别
□博导□硕导
所在单元
高性能计算
是否兼职
□是□否
招生专业
□物理化学（含化学物理）□生物化学与分子生物学□信号与信息处理□模式识别与智能系统□计算机应用技术□材料工程□电子与通信工程□控制工程□计算机技术□生物工程
研究方向
计算生物/生物信息学
在研课题
蛋白质结构预测；蛋白质折叠与折叠病；基因拼接算法。
个人简历
魏彦杰，博士，副研究员，2011年8月中科院深圳先进技术研究院引进人才。魏彦杰于2004年7月毕业于四川大学应用物理系，同年8月赴美国密歇根理工大学攻读生物物理学博士学位。他师从随机优化领域专家UlrichHansmann教授，利用蒙特卡洛随机优化方法研究蛋白质的热动力学和结构特性；分别于2006年和2007年获得理学硕士和博士学位。他在2008年3月到2011年7月期间任美国普林斯顿大学化学与生物工程系博士后研究员，师从美国工程院院士，世界著名全局优化领域专家ChristodoulosA.Floudas教授，用全局优化知识以及数学建模方法预测蛋白质的三维结构。
主要科研成果及所获荣誉
发表高质量学术论文10余篇，包括Proteins，JournalofPhysicalChemistryB等著名期刊。在美国期间曾参与了美国自然科学基金，美国健康研究院,美国环境保护机构EPA等若干科研项目。担任JournalofChemicalPhysics期刊,ICPADS2012,ICIC2012等审稿人。
其他
联系方式
邮箱
yj.wei@siat.ac.cn
电话
0755-86392359
个人主页
备注
-----------------------------------------------------------------
Name
YanjieWei
Positions
AssociateProfessor
Academictitle
AssociateProfessor
E-mail
Yj.wei@siat.ac.cn
Phone
0086-755-86392359
PersonalWebsite
Resume
EDUCATION：
PHDinComputationalBiophysics8/2004-12/2007
Depart.ofPhy.,MichiganTechnologicalUniversity,Houghton,MIUSA
OverallGPA:4
B.SinAppliedPhysics09/2000-07/2004
CollegeofPhysicalScience/Technology
SichuanUniversity,Chengdu,SichuanProvince,P.R.China
OverallGPA:3.8/4
RESEARCHINTERESTS:
ProteinFoldingandstructureprediction;Bioinformatics;deterministicandstochasticoptimization;
PROFESSIONALEXPERIENCE:
AssociateProfessorAug.2011topresent
CenterforHighPerformanceComputing,ShenzhenInstitutesofAdvancedTechnology,ChineseAcademyofSciences,Shenzhen,China
Focus:proteinstructureprediction,proteinfolding,geneassembly,geneclassification
Post-doctoralResearchAssociateMar.2008toJun.2011
Advisor:Dr.ChristodoulosA.Floudas
DepartmentofChemicalandBiologicalEngineering,PrincetonUniversity,Princeton,NJUSA
Focus:proteinstructurepredictionusingdeterministicoptimizationmethod.
GraduateResearchAssistantAug.2004toDec.2007
Advisor:Dr.UlrichHansmann
Depart.ofPhy.,MichiganTechnologicalUniversity,Houghton,MIUSA
Focus:proteinfoldingproblemsusingmulticanonicalMonteCarlosamplingalgorithm.
Visitingscientist---Jul.2005toAug.2005,Jun.2006toJul.2006,May.2007toAug.2007
JohnVonNeumannInstituteforComputingatJuelich,Germany
CONFERENCES/MEETINGS:
Presentedatalk‘ComputationalOptimizationandProteinFolding’atCUHK-SIATworkshop,Shenzhen,China,Dec6th.2011
ParticipatedinHPCChina2011,Jinan,Shangdong,China,Oct26thtoOct29th,2011
ParticipatedinconferenceSCA2011(SuperComputerApplication，ChineseAcademyofSciences)，Qingdao,Shandong,China,Nov6thtoNov9th,2011
Presentedatalk‘NewAdvancesintheFirstPrinciplesProtein3DStructurePredictionMethodASTRO-FOLD’atAICHEannualmeeting,SaltLakeCity,Utah,Nov.7-12,2010.
Presentedaninvitedtalk‘ResidueContactPredictionanditsImpactonProtein3DStructurePrediction’atAmericanChemicalSocietyannualmeetinginSanFrancisco,CA,Mar.21thto25th,2010.
PresentedaposterSide-chainOrderinginHomopolymersatFromComputationalBiologytoSystemBiology(CBSB07)WorkshopheldinJuelich,Germany,May.2ndto4th,2007.
PresentedaposteratQuantitativeComputationalBiophysicsWorkshopholdinTallahassee,Florida,Feb18thto21th,2007
PresentedaposteratThefifthAsia-PacificBioinformaticsConferenceholdinHongKong,China,Jan14thto17th,2007
PresentedaposteratFromComputationalBiologytoSystemBiologyWorkshopholdinJuelich,Germany,July6thto9th,2006
ParticipatedinMidwestComputationalStructuralBiologyWorkshop,Augusta,Michigan,USA,Apr30thtoMay1st,2005
Direction
ComputationalBiology/Bioinformatics
Achievements
Dr.Weihasbeenpublished12papersinpeer-reviewedjournals,suchasProteins,JournalofChemicalPhysics,JournalofPhysicalChemistryB,ChemicalEngineeringSci.,etc.Hehaspresentedhisworksatvariousconferencesandworkshops,suchasaninvitedtalkatACS2010annualconference.Healsoservesasareviewerforseveraljournalsandconferences,includingJournalofChem.Phy.,ICIC2012,ICPADS2012etc.
Article
·[1]Y.Wei,W.NadlerandU.H.E.Hansmann,BackboneandSidechainOrderinginasmallProtein,J.Chem.Phys.2008,128:025105.
·[2]Y.Wei,W.NadlerandU.H.E.Hansmann,OntheHelix-coilTransitioninAlanine-basedPolypeptidesinGasPhase,J.Chem.Phys.2007,126:204307
·[3]P.Kar,Y.Wei,U.H.E.HansmannandS.Höfinger,SystematicStudyoftheBoundaryCompositioninPoissonBoltzmannCalculations,J.Comp.Chem.2007,28:2538
·[4]Y.Wei,W.NadlerandU.H.E.Hansmann,Side-chainandbackboneorderinginhomopolymers,J.Phys.Chem.B2007,111:4244
·[5]Y.Wei,W.NadlerandU.H.E.Hansmann,Sidechainandbackboneorderinginapolypeptide,J.Chem.Phys.2006,125:164902.
·[6]RajgariaR,WeiY,FloudasCA,Contactpredictionforbetaandalpha-betaproteinsusingintegerlinearoptimizationanditsimpactonthefirstprinciples3dstructurepredictionmethodASTRO-FOLD,Proteins:StructureFunctionandBioinformatics2011,78(8):1825-1846
·[7]Y.Wei,J.ThompsonandC.A.Floudas,CONCORD:AconsensusmethodforproteinsecondarystructurepredictionviaMixedIntegerLinearOptimization,Proc.R.Soc.A,2012,468(2139):831-850.
·[8]Wei,Y.;Floudas,C.A.Enhancedinter-helicalresiduecontactpredictionintransmembraneproteins.ChemicalEngineeringScience2011,66,4356-4369
·[9]A.Subramani,Y.Wei,C.A.Floudas，ASTRO-FOLD2.0:Anenhancedframeworkforproteinstructureprediction，AICHEJournal，publishedonlineMay31,2011.DOI:10.1002/aic.12669
·[10]Y.Wei,W.NadlerandU.H.E.Hansmann,Side-ChainOrderinginHomopolymers,in:U.H.E.Hansmann,J.Meinke,S.Mohanty,O.Zimmermann(Eds.),FromComputationalBiophysicstoSystemsBiology(CBSB07),NICSeriesVol.36,Jülich(2007),p.297-300
·[11]Y.Wei,W.NadlerandU.H.E.Hansmann,Side-ChainOrderinginHomopolymers,in:U.H.E.Hansmann,J.Meinke,S.Mohanty,O.Zimmermann(Eds.),FromComputationalBiophysicstoSystemsBiology(CBSB07),NICSeriesVol.36,Jülich(2007),p.297-300.
·[12]ParimalKar,YanjieWei,UlrichH.E.HansmannandSiegfriedHöfinger,TheInfluenceofMolecularSurfaceCompositionontheOutcomeofPoissonBoltzmannCalculationsPerformedtoObtainSolvationFreeEnergies,in:J.Meinke,S.Mohanty,O.ZimmermannandU.H.E.Hansmann(Eds),FromComputationalBiophysicstoSystemsBiology2006,NICSeriesVol.34,Jülich(2006);p.161-164
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深圳先进技术研究院研究生导师介绍魏彦杰
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导师姓名谢晓华性别男职称助理研究员专业名称计算机科学与技术/计算机应用技术导师类别□博导R硕导所在单元可视计算研究中心是否兼职□是R否招生专业□物理化学（含化学物理）□生物化学与分子生物学□信号与信息处理□模式识别与智能系统R计算机应用技术□材料工程□电子与通信工程□控制工程□计算机技术□生物工程研 ...深圳先进技术研究院 深圳先进技术研究院 免费考研网 2012-11-04深圳先进技术研究院研究生导师介绍谢小辉
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