导师姓名：张秀清
性别：女
职称：研究员
招生专业：微生物学
招生层次：招收博士研究生
招生专业所属院系：生物科学与工程学院
研究方向：基因组学
联系电话：
电子邮件：zhangxq@genomics.org.cn
备注：华大基因联合培养
导师简介：
张秀清，女，1990获得厦门大学海洋系海洋生物专业学士学位，1994获得北京师范大学生物系遗传学专业硕士学位，2002获得丹麦AarhusUniversity人类遗传学系博士学位，现就职于中国科学院北京基因组研究所。

张秀清多年来从事人类基因组大规模测序与组装、基因鉴定与定位分析以及基因结构与功能研究。建立了“外显子捕获（exontrapping）等定位克隆技术”，并克隆到定位于5p13的人类NUP155基因全长cDNA与全基因，为人类基因组计划“1%项目”和“水稻全基因组测序项目”主要参加者之一。一直从事人类染色体疾病的基因组重排研究。参与水稻全基因组oligo芯片设计和高密度芯片的制作。成功研制了分辨率为1Mb人类全基因组BAC芯片，正应用于乳腺癌和结肠癌的研究。在国内外有影响的期刊上发表论文十余篇。

主持研究项目情况
基金归口基金类别承担情况课题名称
国家“863”重大专项子课题负人癌症的基因组重排研究
国家“863”重大专项项目负责人超级杂交稻（籼稻）基因组测序
国家自然基金面上项目项目负责人人类基因组“北京区域”整合图的建立
国家自然基金面上项目项目负责人应用SAGE大规模鉴定水稻基因组中的新基因
国家自然基金青年基金项目负责人全基因组规模筛选中国人群SNP的研究
中国科学院知识创创工程子课题负责人杂交稻杂种优势分子机理的研究及相关基因的克隆
北京自然基金面上项目项目负责人大规模测序技术用于高通量HLA分型的研究

代表性论文

Wang,X.Zhang…YangH,WangJ.ThediploidgenomesequenceofanAsianindividual.Nature456:60-65,2008.

Highhydrostaticpressuretreatmentofporcineoocytesbeforehandmadecloningimprovesdevelopmentalcompetenceandcryosurvival.Y.Du,L.Lin,M.Schmidt,IB.Bøgh,PM.Kragh,C.B.Sørensen,J.Li,S.Purup,C.Pribenszky,M.Molnár,M.Kuwayama,X.Zhang,H.Yang,L.Bolund&G.Vajta.CloningandStemCells(inpress，2008).

Simplifiedcryopreservationofporcineclonedblastocysts.DuY,ZhangY,LiJ,KraghPM,KuwayamaM,IedaS,ZhangX,SchmidtM,BoghIB,PurupS,PedersenAM,VillemoesK,YangH,BolundL,VajtaG.Cryobiology.2007.54,181-188.

Pigletsbornfromvitrifiedclonedblastocystsproducedwithasimplifiedmethodofdelipationandnucleartransfer.Y.Du,J.Li,PM.Kragh,Y.Zhang,M.Schmidt,I.BBøgh,X.Zhang,S.Purup,AL.Jørgensen,AM.Pedersen,K.Villemoes,H.Yang,L.Bolund,G.Vajta.CloningandStemCells9.2007.469-476

Highhydrostaticpressure(HHP):anewwaytoimproveinvitrodevelopmentalcompetenceofporcinematuredoocytesaftervitrification.Du,Y.,Pribenszky,Cs.,Molnár,M.,Zhang,X.,Yang,H.,Kuwayama,M.,Pedersen,A.M.,Villemoes,K.,Bolund,L.,Vajta,G.Reproduction135.2007,13-20.

ZhangX,SnijdersA,SegravesR,ZhangX,NiebuhrA,AlbertsonD,YangH,GrayJ,NiebuhrE,BolundL,PinkelD:HighResolutionMappingofGenotype-PhenotypeRelationshipsinCriduChatSyndromeusingArrayCGH.TheAmericanJournalofHumanGenetics76:312,2005.

BaoJ,LeeS,ChenC,ZhangX,ZhangY,LiuL,ClarkT,WangJ,CaoM,YangH,WangS,YuJ:SerialAnalysisofGeneExpressionStudyofaHybridRiceStrain(LYP9)andItsParentalCultivars.
PlantPhysiology138:1216,2005.

LeeS,BaoJ,ZhouG,ShapiroJ,XuJ,ShiR,LuX,ClarkT,JohnsonD,KimY,WingC,TsengC,SunM,LinW,WangJ,YangH,WangJ,DuW,WuC,ZhangX,WangS:Detectingnovellow-abundanttranscriptsinDrosophila.RNA11:939,2005.

DuY,KraghPM,ZhangX,PurupS,YangH,BolundL,VajtaG:HighOverallinvitroEfficiencyofPorcineHandmadeCloningCombiningPartialZonaDigestionandOocyteTrisectionwithSequentialCulture.CloningStemCells7：199－205,2005.

MaL,ChenC,LiuX,JiaoY,SuN,LiL,WangX,CaoM,SunN,ZhangX,BaoJ,LiJ,PedersenS,BolundL,ZhaoH,YuanL,WongGK,WangJ,DengXW,WangJ：AmicroarrayanalysisofthericetranscriptomeanditscomparisontoArabidopsis.GenomeResearch15:1274-83,2005.

ZhangX,YangH,YuJ,ChenC,ZhangG,BaoJ,DuY,KibukawaM,LiZ,WangJ,HuS,DongW,WangJ,GregersenN,NiehuhrE,BolundL:Genomicorganization,transcriptvariantsandcomparativeanalysisofthehumannucleoporin155(NUP155)gene.Gene288:9,2002.

Yu,Jetal:ADraftSequenceoftheRiceGenome(OryzasativaL.ssp.indica).Science296:79,2002.

YuJetal:Adraftsequenceofrice(oryzasativassp.indica)genome.ChineseScienceBulletin46:1937,2001.

Zhang,X,YangH,CorydonMJ,ZhangXX,KorenbergJR,ChenX-N,LaporteJ,GregersenN,NiebuhrE,LiuG,BolundL:Localizationofahumannucleoporin155(Nup155)genetothe5p13regionandcloningofitscDNA.Genomics57:144,1999.