学院从1978年创办时起，亦开始筹办研究生教育。1980年经国家教育部批准，眼科学、内科学（血液病）、生物化学等专业招收了首批研究生。1983年止，共有就读研究生14名，已毕业研究生3名。

随后，我院学科建设、研究生教育日趋完善。1985年根据教育部关于“硕士学位研究生招生”文件的有关规定，全国高校开始推荐优秀毕业生免试攻读研究生。1986年，医学院招收了李扬秋、张怡、罗敏、黄文霞等4位免试攻读研究生。为了适应香港、澳门地区生源的要求，1989年，暨大在全国率先招收了15名来自港澳地区的兼读制研究生，其中医学院招收2名。这一改革，为我国研究生教育开辟出一条新路。

1998年，国务院学位委员会批准我院为临床医学专业学位和口腔专业学位授予权试点单位。

2000年，国务院学位委员会批准我院设立临床医学博士后流动站。

1986年授权的硕士点有：外科学、妇产科学、耳鼻喉科学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学等。1990年，医学院授权的硕士学位授予点有组织学与胚胎学、儿科学、神经病学、中西医结合临床（老年）等5个学科。1991年9月，国务院学位委员会批准有权开展授予在职人员硕士学位的学科、专业有：生物化学、病理生理学、传染病学、外科学、妇产科学、眼科学等6个学科。1993年眼科学、病理学（实验肿瘤）获国务院侨办批准成为侨办（部级）重点学科。

至2006年6月，医学院共有博士点6个：内科学（血液病），1984年授权；眼科学，1986年授权；妇产科学，1990年授权；病理学与病理生理学，2003年授权；中西医结合临床，2003年授权；中西医结合一级博士点，2005年授权。硕士点12个：人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、内科学、口腔临床医学、流行病与卫生统计学、中西医结合基础、中西医结合临床、中医内科学、生物化学、生理学。

目前，我院共有1个博士后流动站，6个博士点，12个硕士点。

为适应社会主义经济建设发展的要求和海外、港澳地区的需要，根据目前国内外医学再教育的情况，学院采取了一系列措施，深化研究生教育改革，大力推行在职研究生课程班教育，分别在广州、珠海、深圳、清远等地开办了多形式的研究生教育，2002年招生人数达144人。这种多形式教育从生源地上可体现为国内研究生和海外、港澳台研究生的不同，在培养方式上又体现为全日制教学、兼读制教学及研究生课程教育等。在授课方面，学院也充分为研究生着想，除校本部外，还增设了珠海、深圳、清远等授课点。由此不仅吸收了境外学生，还起到了推动当地医学专业水平发展的积极作用。

经积极争取，1998年我校成为具有“临床专业学位”和“口腔医学专业学位”授予权试点单位之一。我院作为承办单位，1999年第一届培养出临床专业研究生12人，而2002年招生数已达到56人。目前，专业学位的有关细则正在逐步制定，力争在最短的时间内把专业学位试点工作推上正轨，在强手如林的医学教育界彰显特色，占据领先地位。

目前，我院拥有一支由一级教授到青年专家组成的研究生导师队伍。随着大学与地方政府共建医学院附属医院模式的推行，研究生培养工作也随之拓展到深圳、珠海、清远、江门等附属医院。

1978-2006学年度，共培养毕业研究生1027名，其中毕业博士生74人，毕业硕士生868人，研究生班毕业生327人。

学科建设与研究生教育是互为条件的。随着研究生教育的蓬勃发展，我院各学科也不断发展壮大。2003年眼科学、血液病学被批准为国务院侨办重点学科，2003年病理学与病理生理学科被批准为暨南大学重点学科。

暨南大学眼科学学科1978年暨大复办时眼科学硕士点已成立，1986年被批准为暨南大学早期博士点，1991年被侨办和学校批准为眼科研究室，重点进行角膜病研究。在学校的关心和支持下，实验室不断发展， 1999年学校211工程拨款支持眼科学科建设，在2003年被批准为国务院侨办重点学科。共有五个研究方向：1、角膜病及角膜移植方向；2、免疫性眼病的研究方向；3、人工晶状体植入术的研究方向，4、眼鼻相关疾病方向；5、视光学的研究方向。1978年至今，本学科的研究团队已获得了国家科技进步二等奖1次，国家教委科技进步一等奖1次、侨办科技进步一等奖1次、省科技进步二等奖多次。获得了发明专利2项，获得了多项国家自然科学基金、省科技厅重点项目、省科学基金、国务院侨办科研基金、广东省卫生厅基金和广东省中医药局科研课题。先后共有50余名硕士和25名博士在本研究室完成了实验工作。每年发表论文25～30余篇，先后主编专著10部，参编专著11部。在角膜病和角膜移植特别是在异种角膜移植方面处于国际、国内领先的地位，获得了同行的认可。鉴于在眼科学基础研究方面的成绩，1991年～1996年徐锦堂教授被推选为全国角膜病学组的组长。

暨南大学血液病学学科1978年成立，1980年获批为血液病学硕士点，1982年国务院侨办批准成立血液病学研究室，1985年获批为血液病学博士点。1995年，血液病学科被评为广东省“五个一科教兴医”重点建设专科和校级“211工程”重点学科，2003年被批准为国务院侨办重点学科。目前主要研究方向：1、白血病与肿瘤细胞的基因分析与反义基因治疗方向；2、血液肿瘤发病机制及免疫治疗研究方向；3、造血干细胞移植治疗血液病方向。目前有专职研究人员人（具有高级职称6人、中级别人、初级人，具有博士学位4人）。本学科获得国家自然科学基金、国家攀登计划子课题、中德科技合作项目、教育部重点项目、广东省自然科学基金、广东省科技计划项目、广州市科技计划项目等20多项资助。获得各类奖励成果12项，在国内外发表论文300多篇，2001-2005年被SCIE收录26篇，被ISTP收录15篇。申请发明专利6项，授权专利4项。

暨南大学病理学与病理生理学为广东省重点学科，该学科自1978年成立以来，不断发展壮大，已成为一个特色鲜明、具有深厚历史积累、在国内有一定学术地位的基础医学学科。1985年成立硕士点，1986年由国家教委批准成立发热研究室，2003年由国家中医药管理局评审批准为国家中医药重点科研实验室，同年被批准为病理学与病理生理学博士点和暨南大学重点学科。目前，本学科涵盖一个博士点、一个国家中医药科研重点实验室、一批专业研究机构和一个国家级自然科学核心期刊《中国病理生理杂志》编辑部。该学科是中国病理生理学会副理事长、广东省病理生理学会理事长单位，中国病理生理学会炎症发热感染低温专业委员会和广东省病理生理学会挂靠单位，在全国学术界有较高的知名度。经过长期积累在传统研究的基础上已经形成了如下研究方向： 1．中西医结合防治危重病；2．疾病的神经免疫调控与发热机制；3．恶性肿瘤侵袭转移的机理研究；4．白血病分子免疫治疗基础研究。各方向相互支持，形成了基础与临床紧密结合，涵盖医学科学、计算机科学和生物物理学等多个层面的技术优势和中西医结合的特色。形成了一支以中青年骨干为主，朝气蓬勃，团结奋进的的学术团队。共有教授6人，副教授13人，博士11人，硕士学位以上的占人员总数的65%。近五年来承担了国家自然科学基金及省部级科学基金项目40项、厅局级和校基金项目6项，已获得各级科技奖4项奖励。发表论文330多篇，SCI收录 26 篇，；主编、参编专著和高等院校教材12部。获得各项资助经费 630.9 万元，其中承担国家自然科学基金5 项，省部级科学基金32项，培养硕士生59 人，博士生7 人，博士后1 人，千百十人才培养3 人。

学院目前涵盖基础医学、临床医学、口腔医学、护理学、中医学等五个一级学科。学科建设正按“调整方向、突出重点、优化结构、形成特色”的发展方针，充分发挥综合性大学优势，与理工、生物等相关科学渗透，逐步建成一批新兴边缘和重点学科，形成多学科协调发展的科学体系。