2006年开始招收硕士研究生，已培养硕士研究生7名。
田立新  教授
田立新，男，湖北省人。中西医结合主任医师，广州中医药大学教授，中西医结合临床（外科）硕士生导师。中国中西医结合学会普通外科分会委员。广州市优秀中医临床研修人才。
毕业于湖北中医学院和同济医科大学，曾在湖北省人民医院及同济医科大学附属协和医院普外科进修学习。从事医疗、教学、科研工作近二十余年，扎实地掌握中医学和现代医学知识，并能将二者有机地结合起来应用于临床。外科手术操作熟练，掌握了腹腔镜等微创手术，能主刀完成肝胆、胃肠、胰腺、乳腺、甲状腺等器官的各种手术；精通普外科常见病、多发病、疑难病的诊断及治疗，致力于肝胆道结石及消化道肿瘤的综合治疗。
主持广东省中医药局科研课题一项，主持广州市卫生局科研课题三项。在国家及省级杂志发表医学论文近二十篇 。
已培养硕士研究生7名。
王  勇  副教授
王勇，男，湖北省人。副主任医师，广州中医药大学副教授，中西医结合临床（妇科）硕士生导师。广东省第二批名中医师承项目学术继承人。全国西学中骨干人才研修项目培养对象。兼任广州市医师协会青年分会副主任委员，广州市中医药学会妇科分会副主任委员，广州市医学会妇产科分会、生殖医学分会委员。
从事妇产科临床工作20年，擅长腹腔镜子宫全切、次全切、子宫肌瘤及附件类手术，能够熟练完成经腹卵巢癌子宫内膜癌的分期手术、子宫颈癌子宫广泛切除术、盆腔淋巴结切除术、阴式子宫切除术、宫腔镜下子宫内膜息肉切除、纵隔切除等复杂手术。积极倡导西学中，临床运用中医综合治疗妇科月经病有较好的疗效，尤其是对运用经方治疗妇科月经病、围绝经期综合征有较为独特的认识。研究方向为中西医结合防治妇科肿瘤。
曾获中国石化江汉油田科技进步二等奖。

临床医学
硕士生导师：吴江平、周俐
吴江平  教授
吴江平，男，广东省人。主任医师，广州中医药大学教授，临床医学（外科学）硕士生导师。 附属广州中医医院外科主任，第四批全国名老中医师承工作的继承人，兼任广东省中西医结合男科专业委员。
一直从事普通外科、泌尿外科临床、教学和科研工作，目前主要研究前列腺疾病（前列腺增生、前列腺癌）、泌尿系结石、泌尿系肿瘤、泌尿系统先天性疾病。
主持广东省中医药局科研课题“蟾酥注射液抗人体膀胱癌细胞T24、BIU-87的研究”，参与广州市荔湾区科技局科研课题“曲骨穴埋线防治TURP术后膀胱颈痉挛的临床研究”。参与的“接触式激光电切凝前列腺切除临床研究”曾获得广州市卫生局科技三等奖（第三完成人）。发表医学论文科研论文15篇，其中科技核心源期刊4篇。参与编写著作1部。
周  俐  副教授
周俐，女，浙江省人。副主任医师，广州中医药大学副教授，临床医学（内科学）硕士生导师。中国哮喘联盟成员,广州市医疗事故鉴定委员会成员。
从事呼吸内科临床工作教学20年，研究方向：呼吸道疾病及胸腔疾病，中西医结合治疗慢性咳嗽，支气管哮喘，及心肺功能的康复治疗。
主持广东省科技厅和广州市卫生局研科课题各一项，参与省、市科研课题多项，在省级和国家级医学期刊发表医学论文十余篇。

麻醉学
硕士生导师：尧新华
尧新华  教授
尧新华，男，江西省人。主任医师，广州中医药大学教授，麻醉学硕士生导师。附属广州中医医院麻醉科主任，广东省麻醉学会委员、广东省麻醉学会困难气道管理学组委员、广东省麻醉学会老年学组委员、广东省医师协会麻醉科医师分会委员、广州市麻醉学会常委、广州市医师协会危重症医学医师分会常委、广州市疼痛学会委员、广州市血液保护学会委员、广州市医疗事故技术鉴定专家库成员。   
长期从事麻醉学医疗、教学和科研工作。在调控麻醉和手术引起的应激反应、困难气道的管理、手术后疼痛规范化治疗、纠正围术期酸碱平衡失调等方面有较深入的研究。目前主要研究方向为神经病理性疼痛。
已培养硕士研究生2名。

影像医学与核医学
硕士生导师：李晚君。
李晚君  副教授
李晚君，女，广东省人。副主任医师，广州中医药大学副教授，影像医学与核医学硕士研究生导师。附属广州中医医院影像科主任，医技党支部书记。为广东省中西医结合影像专业委员会常务委员、 广东省医学会放射学会委员、广东省医院协会影像专业委员会委员；广州市医师协会放射分会常委、中华医学会广州分会放射科分会委员。
长期从事临床影像临床、科研、教学工作，经验丰富，主要研究方向为CT在中枢神经系统及胸腹部系统中的临床应用。主持研究广州市卫生和计划生育委员会科研课题1项、广东省中医药局科研课题2项，参与多项省市课题研究，其中参与研究的《滋阴降火清胃法治疗特发性中枢性性早熟的临床观察及其作用机理研究》于2012年获得广东省科技进步三等奖。

中药学
博士生导师：郭洁文。
郭洁文  教授
郭洁文，女，广东省人。医学（中药学专业）硕士，主任药师，广州中医药大学教授，中药学博士生导师。现任附属广州中医医院药学部主任。广东省药学会药物化学专业委员会副主任委员，广东省药理学会药品再评价专业委员会常务委员，广东省中医药学会、中华医学会广州分会医院药学专业委员会常务委员。广州市卫生局管优秀科技人才、广州市中医医院院管优秀科技人才。
     擅长结合本院中医验方对治疗心脑血管、肿瘤病中药有效成分筛选，带领的团队对荔枝核中改善胰岛素抵抗防治2型糖尿病有效部位“荔枝核皂苷”与三七中抗心梗后左室重构活性成分“三七总皂苷”系列研究居国内先进水平。
    科研成果推广转化前景良好，作为第一完成人，“荔枝核及其皂苷增强代谢综合症-2型糖尿病及高脂血症胰岛素敏感性作用”获2012年中华中医药学会、2009年广东省、2008年广州市科技三等奖，2008年广东省医院药学科技一等奖；“三七总皂苷对心梗后左室重构的改善作用及机制研究”获2015年广东省科技三等奖、2014年广州市科技二等奖，项目技术已分别被国内多家三甲医院成功推广应用，具有显著的社会和经济效益。
    作为第一发明人，获得5项国家发明专利；国内外发表研究论文近50篇。由于成绩突出被纳入广州市“121人才梯队工程”第三梯队后备人才，广州市医学重点人才，广东省第二批中医师承项目指导老师。
主要研究方向为抗代谢综合症的天然药物开发。
已培养7名学术型硕士研究生（在职1名），其中3名已毕业的分别获得南粤优秀研究生与广州中医药大学优秀毕业生称号；已培养1名全日制博士研究生。