广东海洋大学于1998年获得硕士学位授予权，1999年水产养殖和水产品加工及贮藏工程两学科开始招生硕士研究生。学校现有海洋生物学、水产养殖、渔业资源、水产品加工及贮藏工程、农产品加工及贮藏工程、食品科学、马克思主义中国化研究、机械制造及其自动化、作物遗传育种、植物病理学、动物遗传育种与繁殖、动物营养与饲料科学、农业经济管理和行政管理等14个硕士学位授权点和1个农业推广专业学位点，涵盖理学、工学、农学、法学和管理学等5个学科门类。
目前全校有教授及相当职称120人，副教授及相当职称391人；兼职博士生导师13人，硕士生导师125人；具有博士学位130人。入选广东省高等学校“千、百、十”工程省级培养对象6人、校级培养对象64人。近三年共承担各类科研项目共512项，其中国家自然科学基金、国家973计划、国家863计划等国家级项目30项。拥有科研经费7300万元，获得省部级科研奖励14项。在水产经济动物的高效养成技术、病害防治、珍珠培育、高值化加工利用等方面处于国内领先水平。
全校各类在校硕士研究生数为606人，其中全日制硕士研究生467人，在职专业学位硕士研究生139人。学校有省级重点学科1个，省级重点扶持学科2个，广东省名牌专业2个。学校建有广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室、广东省教育厅水产品深加工重点实验室、广东省教育厅南海水产经济动物增养殖重点实验室、农业部南方对虾质量安全控制实验室和南美白对虾遗传育种中心。拥有占地150亩的东海岛海洋生物研究基地。这些实验室（中心）为学校的研究生培养和科学研究构建了较为完善的工作平台。
