针对我省渔业生态环境面临的关键科学技术问题，加强我省渔业生态环境应用基础研究和高新技术研究；立足国内外学科发展前沿，综合应用各相关学科高新技术，多角度、多层次地开展渔业生态环境、生物多样性、珍稀水生生物保护、环境污染效应、及环境污染调控的基础研究、应用基础研究和应用技术研究，为实现我省渔业生态环境良性循环、渔业资源和渔业生产的可持续发展提供科学保证。主要研究方向：
　　1、养殖水域环境容量、污染调控与环境修复技术研究

　　重点研究典型浅海网箱养殖渔场与养殖池塘环境污染机制，提出渔场环境风险评价指标和评估模式；研究增养殖水域环境容量、养殖容量、污染调控及修复技术；研究和开发有益微生物为主的渔业生态环境调节剂和健康水产养殖产品，并投入生产及建立推广示范区；研究人工鱼礁技术；初步研究增养殖水域富营养化与赤潮发生的关系。
　　2、环境污染对渔业资源和养殖种类的影响研究

　　重点研究重要渔场（包括产卵场、索饵场、洄游通道）生态环境变化、水产种质资源和渔业资源变化及主要生物资源种类变化，初步掌握影响渔业资源兴衰的主要环境污染因素及其来源；研究某些人工合成化学物质、渔用药物对主要水产经济种类的影响效应，掌握污染物对水产经济种类各生长发育阶段产生影响的阈值浓度、急性致死浓度和安全浓度，掌握其在水产经济种类体中残存的半衰期及生物学半保留期，为渔业生态环境保护和管理、水产品质量控制提供依据。
　　3、渔业生态环境监测与评价技术研究

　　研究、改进和充实渔业水环境、沉积环境和生物环境常规监测技术，建立规范的渔业环境常规监测技术体系；研究渔业环境质量评价方法、渔业环境生态风险评价指标与综合评价模式；研究GIS技术在渔业生态环境监测中的应用及开发渔业生态环境地理信息数据库；完善和建立贝类毒素PSP、DSP、ASP和西加毒素的HPLC检测技术，并应用于赤潮监测。
　　4、渔业生物多样性及珍稀濒危水生生物的研究与保护

　　研究南海区渔业生物多样性及优势种组成的变化趋势；对于具有重要经济价值的野生渔业资源种群进行遗传多样性评价；研究中华白海豚和小型鲸豚类珍稀濒危水生动物的种群数量和分布状况，重点研究珠江口水域中华白海豚种群数量与分布的变化、人类活动对其行为的影响等。
　　5、渔业环境污染与水产病害发生关系及防治技术研究

　　重点研究环境污染与养殖海水鱼类细菌病及病毒病、养殖对虾病毒病、养殖鲍鱼病害及其它经济贝类病害发生的关系；研究养殖虾类病毒病的垂直传播及其综合防治技术；研究鱼类和贝类病害快速诊断技术。

　　实验室主任：贾晓平研究员（博士生导师）；
　　副主任：林钦研究员（硕士生导师）；
　　实验室学术委员会主任：黄良民研究员（中科院南海海洋研究所党委书记、博士生导师）。