本实验室地处风景秀丽的厦门海滨，依托单位是国家海洋局第三海洋研究所(海洋三所)，具有从事海洋生物资源研究开发的天然优势，也是我国唯一的“中国大洋生物基因研究开发基地”。本实验室原为第三海洋研究所生物工程实验室，由徐洵研究员于1991组建成立，也是我国第一个从事海洋生物基因工程研究的实验室。因在海洋病原生物的分子生物学研究、海水鱼类生长激素基因工程研究，以及海洋环境污染的生物检测技术研究方面成绩突出，1997年被评为国家海洋局重点实验室。2004年成为国家科技部、厦门市共建的国家重点实验室培育基地。

　　近年来，实验室在深海极端微生物资源以及对虾病毒与抗病机制研究方面做了大量创新性工作。在国内外率先破译对虾白斑杆状病毒基因组密码；建立了海洋药源生物资源库；建立了相对完整的深海极端微生物研究体系，成为国际上少数具有该项研究能力的实验室；构建了第一个深海沉积物未培养微生物大片段基因组文库，分离、鉴定了近千株深海极端微生物；在国内率先建立了国内唯一的深海微生物菌种及基因资源库，在此基础上将努力建设国家级的海洋微生物资源保藏中心；近期还与中科院上海药物所、中国海洋大学、北京大学、香港科技大学等著名院所开展合作研究，开展了深海活性物质的研究；还与厦门市政府共建了厦门海洋生物基因工程中试平台。我们的目标是将实验室建设成为国家级的重点实验室和国际上有影响力的深海微生物资源研究开发、保藏机构，并以此为核心，推动厦门市乃至全国深海生物技术成果的转化，成为国家级的聚集和培养海洋技术人才的中心之一。