国家海洋局第三海洋研究所（简称海洋三所），创建于1959年, 隶属于国家海洋局，为国家公益类综合型海洋科学研究机构。主要从事海洋生物、化学、地质、动力、遥感、声学、环境与生态、极地与深海科学、全球变化科学等学科的研究与应用。

　　海洋三所现有在职职工400余人，其中，中国工程院院士1人，入选国家“百千万人才工程”2人，入选福建省“百千万人才工程”3人，享受政府特殊津贴专家6人、厦门市拔尖人才2人，副高级职称以上科技人员126人，具有硕士、博士学位人员224人（约占总职工人数的60%），是国务院学位委员会批准的硕士学位授予单位，并建有博士后科研工作站，先后与美、德、法、日等30多个国家和我国台湾、香港等地区的有关机构建立了交流与合作关系。出版中国自然科学核心期刊《台湾海峡》。

　　海洋三所拥有4大研究领域，16个研究方向，10个研究部门（含2个国家海洋局重点实验室），以及面向服务经济社会建设为主的国家海洋生物资源综合用工程技术研究中心、厦门海洋工程勘察设计研究院、海洋珍稀动植物保护研究中心。目前，海洋三所正在积极筹建漳州科技兴海基地、平潭国家海岛研究中心等机构。

　　海洋三所在海洋生物技术与资源开发、海洋—大气化学与全球变化研究、海洋生态系统与环境保护、台湾海峡与热带边缘海应用海洋学等主要领域的研究独具特色，居国内先进水平。

　　海洋三所持有《中华人民共和国计量认证合格证书》，甲级《海域使用论证资格证书》、甲级《建设项目环境影响评价资格证书》、甲级《工程勘察证书（海洋工程勘察综合类）》、甲级《工程设计证书（海洋工程设计—沿海工程）》、甲级《海域使用测量资质证书》、甲级《测绘资质证书》等各类技术服务证书。