生物反应工程是一个多学科交叉的新领域，它既是生物技术领域一个重要的分支学科，又是化学工程学科主要的研究领域之一。本研究方向的特色：既围绕阻碍生物技术发展的过程开发问题，运用神经网络和遗传算法耦联开展发酵培养基和发酵过程操作条件优化的研究、开发伴有辅酶再生的多酶连续催化过程（国家自然科学基金29776025、204×××××；福建省自然科学重点项目基金d0120002）、开展定向酶进化、生物转化、生物信息学和蛋白质构效关系研究（国家自然科学基金20276026；福建省科技计划重点项目基金2003i020；福建省自然科学基金c0410011、f00310020、e03100019；福建省青年科技人才创新项目2003j024）；从生物反应工程的角度对动物、植物的细胞，尤其是对动物的生长激素分子生物学进行研究；根据药物新剂型、微胶囊细胞发酵研究所需，研究自组装壳聚糖基纳米微囊的研制（国家自然科学基金20274013；福建省自然科学基金c0310009、e0110027）和生物传感器研制等。几年来，该方向先后出版著作《生物技术过程模型化与控制》和《简明基因工程原理》两部，曾出版译著《酶与发酵工艺学》一部。