生物制药工程是生物技术与化学、药理学等多学科交叉融合的实用型应用技术，近年来取得了令人注目的迅速发展。它的研究几乎涉及到生命及其相关学科的所有前沿领域，已经成为现代生命科学应用研究中的重要组成部分。本研究方向的特色：以陆地植物及海洋微生物为研究对象，发现和制备新型功能药物等，研究它们的结构、功能以及合成改性等。目前该方向通过研究海洋真菌活性成分抑制酰基辅酶a-胆固醇酰基转移酶（国家自然科学基金20276015、福建省自然科学基金f00310021）研究作为药物的海洋天然产物的结构、活性和功能；研究多肽与蛋白药物/介入治疗聚肽与假聚肽控释给药体系（（国家自然科学基金39800040、c9910005）和聚精氨酸—几丁聚糖复合基介入治疗性药物控释载体（国家自然科学基金30370415、福建省自然科学基金e03100020）以研究天然产物的改性、合成及功能；通过研究功能型金属卟林合成及其对木质素降解（福建省自然科学基金c2010017）合成制备新型功能物质等。本方向依托福建临海的自然地理环境，研究新型海洋活性物质的获取、合成、结构与活性关系等。