真菌学国家重点实验室的发展史可追溯于1953年1月成立的以戴芳澜院士为主任的真菌植病研究室。在此基础上，1956年12月成立中国科学院应用真菌学研究所，并成为于1958年12月成立的中国科学院微生物研究所的建所基础，原“应用真菌研究所”成为微生物所的“真菌研究室”（简称“一室”），邓叔群院士任主任，王云章研究员任副主任。1985年8月，作为中国科学院首批开放实验室之一，“真菌地衣系统学开放研究实验室”在“一室”的基础上成立，魏江春院士任主任，庄文颖院士于1988年回国后任副主任。2001年11月，更名为“中国科学院真菌地衣系统学重点实验室”。2011年10月，科技部正式批准建设“真菌学国家重点实验室”。 实验室以我国真菌资源调查、收集和保藏为基础，开展真菌的生物多样性、系统分类、分子进化、生态功能、遗传发育和代谢调控等基础及应用基础研究，促进我国生命科学进步和生物产业发展。在此基础上，构建涵盖标本、菌种、基因及代谢产物的真菌资源平台，为真菌生物资源的认识和利用、真菌病害的防治提供物质基础和技术支撑。目前实验室的主要研究方向包括：

　　领域1－真菌多样性与系统进化；
　　领域2－真菌群落与物种互作；
　　领域3－真菌遗传与发育；
　　领域4－真菌次级代谢与调控。

　　为了支撑真菌学基础和应用研究，实验室已建立并将进一步完善以下五个公共研究平台：
　　1 真菌资源研究平台(一馆四库)
　　2 真菌分类鉴定和分子生态研究平台
　　3 真菌遗传操作和蛋白表达平台
　　4 真菌次级代谢产物研究平台
　　5 真菌生物信息学分析平台

　　实验室现有固定人员72人，，包括中国科学院院士3人，研究员18人（含院士，其中国家杰出青年基金获得者4人，中科院“百人计划”入选者6人），副研究员16人，助理研究员23人，研究实习员15人；实验室在读研究生93人，在站博士后11人。现任室主任为刘杏忠研究员，副主任为白逢彦、郭良栋研究员。姚一建为中国菌物标本馆馆长。下设实验室办公室，陈玉文任行政主管，齐莎任学术秘书。实验室实行依托单位领导、学术委员会指导、主任副主任提出方案、室务会决议、秘书实施，支部、工会和职代会监督的管理运行机制。