分子病毒中心将以构成严重威胁的人类健康的动物源性传染病病毒和危害农作物的植物病毒为研究对象，利用生物信息学、分子流行病学、分子病毒学以及蛋白质组学等现代生命组学的技术，在病毒基因组遗传与变异规律、病毒与宿主细胞受体的作用机制、病毒功能蛋白与宿主细胞内蛋白相互作用机理等方面开展研究，从而确定病毒功能蛋白基因的遗传变异与致病性、宿主范围、分子生态进化等关系，揭示病毒的分子发生机理，在病毒演化规律、种间屏障突破机制、探讨病毒和与宿主的相互作用以及宿主细胞内蛋白对于病毒感染的分子作用机制。