应用科学学院成立于1996年10月20日。原由五系四所七个研究生专业六个本科生专业组成。1998年1月22日由于学科调整，材料物理系、理化系、固体电解质冶金测试技术国家专业实验室、环境断裂开放实验室（教委）、材料失效研究所分别并入材料科学与工程学院和冶金学院。

　　目前应用科学学院由四系一所两中心，一个博士点，十一个研究点和五个本科生专业组成。四个系是数学力学系、物理系、化学系、生物科学与技术系，一所是应用物理所，两个中心是北京科技大学化学分析测试中心和北京科技大学现代物理研究中心。博士点有凝聚态物理，硕士点有应用数学、固体力学、计算数学、运筹学与控制论、凝聚态物理、物理电子学、应用化学、分析化学、生物化工、（合办）、系统工程（合办）、化学工程（工程硕士）；本科生专业包括应用数学、信息与计算科学、应用物理学、应用化学和生物技术。