MicroRNA是真核生物中普遍存在的一类具有基因调控功能的内源小RNA。植物的microRNA在生长发育中发挥重要功能，影响器官发育、形态建成、环境适应等重要生物学过程，日益成为作物分子育种的重要基因资源。得益于测序技术的发展，关于植物microRNA的数据与日俱增。为系统权威地提供植物microRNA的注释信息，课题组以统一流程和标准对植物深度测序数据进行了microRNA鉴定和信息整合，建立了一个综合性数据库，命名为植物microRNA百科全书（Plant microRNA Encyclopedia，http://www.pmiren.com）。PmiREN1.0于2019年10月发布，两年间全球累积访问量超过16万次。
此次发布的PmiREN2.0涵盖179种植物中的39751个miRNA相关数据，并对数据库功能从以下五个方面进行了升级：1）增加91个物种的microRNA、靶基因及相关信息；2）提供8个工具用于microRNA相关信息挖掘；3）提供3个用于microRNA分子遗传实验设计工具；4）构建植物microRNA信息交流和共享平台；5）UI和网站安全升级（如下图）。经过升级，新版数据库覆盖了更为全面的数据，同时也初步实现了由数据整理、分类向更深层次的数据挖掘和为用户提供更多实践的功能转变，将有助于推动植物microRNA功能与演化的研究，促进microRNA基因资源的深入挖掘与应用。
PmiREN2.0中新增的数据类型与功能模块
李磊和北京市农林科学院杨效曾研究员为该论文共同通讯作者，北京大学生命科学学院博士研究生郭仲龙、北大－清华生命科学联合中心已毕业博士生匡正、北京市农林科学院赵永欣和邓杨为共同第一作者。
同期，该合作团队在Briefings in Bioinformatics发表了题为“MicroRNA annotation in plants: current status and challenges”的综述论文，总结了植物microRNA数据挖掘的最新进展，并探讨了机器学习在microRNA鉴定中的应用。
上述研究工作得到国家自然科学基金、蛋白质和植物基因研究国家重点实验室、北大－清华生命科学联合中心的经费支持。
