邓明华
邓明华 教授、博士生导师
dengmh@math.pku.edu.cn
北京市海淀区颐和园路5号
北京大学


个人简介
邓明华，现任北京大学数学科学学院教授及概率统计系副系主任，北京大学定量生物学中心教授，曾任美国耶鲁大学医学院流行病与公共卫生系访问副教授。已发表70多篇SCI论文。先后主持国家自然科学基金面上项目5项，主持科技部863项目1项，参加科技部973项目3项，参加国家自然科学基金创新团队2项，合作主持国家自然科学基金海外及港澳学者合作研究项目1项，参加科技部重点研发项目1项。



主要研究方向
生物信息学

代表性科研项目
2019.1-2022.12 成分数据分析方法及其在宏基因组数据中的应用，基金委面上 （主持人）
2016.7-2021.6蛋白质机器三维结构导向的新型药物研发关键技术研究，科技部重点研发计划，（学术骨干）
2015.1-2019.12课题3：疾病相关生物分子网络的构建、动态演化及调控规律，科技部重大研究计划 （主持人：课题组长）
2015.1-2018.12 基于网络的全基因组关联分析方法，基金委面上 （主持人）
2012.1-2015.12 遗传相互作用网络的构建和分析，基金委面上 （主持人）
2009.1-2011.12 基于探针杂交机制的生物芯片数据预处理统计方法研究, 基金委面上（主持人）
2008.1-2010.12 蛋白质复杂网络构建与分析及其在肝癌疾病中的应用, 863项目 （主持人）
2006.1-2008.12 转录因子结合位点(TSBS)研究， 基金委面上（主持人）

10篇代表性论文
1.Huili Yuan, Shun He , Minghua Deng*. Compositional data network analysis via lasso penalized D-trace loss. Bioinformatics, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz098, Published: 14 February 2019
2.Yujuan Gao, Sheng Wang, Minghua Deng* and Jinbo Xu*. RaptorX-Angle: real-value prediction of protein backbone dihedral angles through a hybrid method of clustering and deep learning. BMC Bioinformatics 2018, 19 (Suppl 4) :100. https://doi.org/10.1186 /s12859-018-2065-x. APBC 2018 Best Paper Award.
3.Huili Yuan; Ruibin Xi; Chong Chen; Minghua Deng*. Differential network analysis using a D-trace loss. Biometrika 2017, 4: 755–770.
4.Changjing Wu, Hongyu Zhao, Huaying Fang and Minghua Deng*. Graphical model selection with latent variables.Electronic Journal of Statistics 2017, 11, 3485–3521.
5.Zengmiao Wang, Huaying Fang, Nelson Leung-Sang Tang and Minghua Deng. VCNet: vector-based gene co-expression network construction and its application to RNA-seq data. Bioinformatics 33(14):2173–2181, 2017.
6.Huaying Fang, Chengcheng Huang, Hongyu Zhao and Minghua Deng. CCLasso: Correlation Inference for Compositional Data through Lasso. Bioinformatics. 2015 Oct 1;31(19):3172-80. doi: 10.1093/bioinformatics/btv349..
7.Lin Wang, Wei Zheng, Hongyu Zhao, Minghua Deng. Statistical Analysis Reveals Co-Expression Patterns of Many Pairs of Genes in Yeast Are Jointly Regulated by Interacting Loci. PLoS Genetics 9(3): e**,2013.
8.Lin Hou, Lin Wang, Minping Qian, Dong Li, Chao Tang, Yunping Zhu, Minghua Deng, Fangting Li. Modular analysis of the probabilistic genetic interaction network. Bioinformatics 27(6):853-859,2011.
9.Hao Zheng, Xingyi Hang, Ji Zhu, Minping Qian, Wubin Qu, Chenggang Zhang, Minghua Deng. REMAS: a new regression model to identify alternative splicing events from exon array data. BMC Bioinformatics 10 (Suppl 1):S18, 2009. APBC2009 Best Paper Award.
10.Minghua Deng, Shepra Mehta, Fengzhu Sun, Ting Chen. Inferring domain-domain interactions from protein-protein interactions. Genome Research 12(10):1540-1548,2002. See also The ACM-SIGACT 6th Annual International Conference on Computational Molecular Biology (RECOMB02), 95-103, April, 2002.