青藏高原研究所是根据国家经济社会发展重大战略需求，面向世界科学前沿，按照新的体制和模式，经院党组决定，新组建的研究单元之一。2003年3月3日，中科院正式任命了青藏高原研究所的领导班子成员，12月2日，中央机构编制委员会办公室复字〔2003〕165号文件《关于中国科学院青藏高原研究所等单位机构编制的批复》，正式批准了青藏高原研究所的成立。

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