系统与进化植物学国家重点实验室位于北京西部香山脚下中国科学院植物研究所植物园内，是我国在系统与进化生物学领域的第一个国家重点实验室。实验室前身是1987年成立的中国科学院系统与进化植物学开放研究实验室；通过整合植物标本馆（含古植物馆）、植物分类研究室和古植物研究室，于2005年3月成为国家重点实验室。实验室利用我国植物种类丰富、古老和特有类群众多、地理和区域环境特殊等优势，研究植物物种多样性的式样、形成和变化，重建植物的系统发育，揭示生物进化的过程和机制；同时面向国家战略需求，研究重要资源植物的特征变异和遗传背景，尤其是关键性状形成的进化和发育机制，为我国农作物和经济植物的遗传改良及生物多样性保护和可持续利用提供理论指导。

　　重点实验室现有科研人员63人，包括中国科学院院士2人、研究员23人、博士生导师17人。其中1人入选国家“****”，4人获国家杰出青年科学基金，5人入选中国科学院“百人计划”， 1人入选“新世纪千百万人才工程”国家级人选。现任学术委员会主任为陈晓亚院士，实验室主任为汪小全研究员。

　　重点实验室曾主持和正在主持一系列重大科研项目，包括科技部“973”和国际科技合作重点项目，国家自然科学基金委重大、重点、创新研究群体和重大国际科技合作项目以及中国科学院重大项目等。主持的获奖成果包括国家自然科学一等奖3项、二等奖2项、三等奖多项。迄今培养了140多名博士和40多名硕士研究生，其中有2人获全国优秀博士学位论文奖，2人获中国科学院院长奖学金特别奖，11人获中国科学院院长奖学金优秀奖。

　　实验室拥有亚洲最大的植物标本馆以及12个专业实验室，包括化石分析室、结构植物学室、细胞学室、蛋白质分析实验室、生物信息室、组培室和实验温室等。主要大型仪器有扫描电子显微镜、荧光万能显微镜、AB3730xl基因分析仪、超速离心机、实时定量PCR仪、双向电泳系统、分子成像系统、蛋白纯化系统、大型计算机集群等。

　　系统与进化植物学国家重点实验室是我国进化生物学研究的重要基地和人才培养基地，其目标是成为该领域在国际上具有重要影响的实验室。