《中国学术期刊影响因子年报（自然科学与工程技术）》2020年版中：《中国科学院大学学报》2019年度复合影响因子为1.219（上一年度为1.005），在280份综合类期刊中排名第11位；影响力指数CI值为223.588，在280份综合类期刊中排名第17位。
《中国科技期刊引证报告（核心版）》2020年版中：《中国科学院大学学报》2019年度影响因子为0.519（上一年度为0.495），在61份自然科学综合大学学报类核心期刊中排名第15位，综合排名第9位。
据中国知网数据统计，13所985综合性高校（北京大学、南京大学、浙江大学、中国科大、武汉大学、中山大学、南开大学、复旦大学、吉林大学、山东大学、厦门大学、四川大学、兰州大学）学报中，影响因子排在我刊之前的仅有1刊，即《北京大学学报》（自科版）。
据中信所数据统计，13所985综合性高校学报影响因子排在我刊之前的有4刊，分别为《北京大学学报》（自科版）、《兰州大学学报》（自科版）、《四川大学学报》（自科版）和《中山大学学报》（自科版）。
高校学报是高校科技成果分享和传播的平台，当前国际科技竞争加剧，在国内“双一流”建设背景下，高校学报更应贯穿科技创新的始末，助力高校重点学科建设和重大科技突破。近年来，《中国科学院大学学报》的各项文献计量指标稳步提升，标志着期刊学术质量的持续提高及知名度、关注度和影响力的进一步扩大。2020年，学报再次获得中国高校科技期刊百佳期刊奖。
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